《清史稿》的编纂自1914至1928年历时十四年，处于北京政府时期，而无论是袁世凯、徐世昌，还是段祺瑞，虽重视程度有别，财政支持有异，但都为清史馆提供了相对宽松的政治空间，官方与史馆基本处于游离状态，馆员们具有较大的历史书写自由，从形式的选定到内容的取舍，均取决于其主观裁决，几乎没有受到来自官方的严格监督与有意干预，而这在以往的易代修史中几乎不可想象。
上述现象的出现，既与当权者对民国与清朝关系的定位密切相联，又因史馆在社会转型过程中丧失了原有的政治威力，而时局的动荡更令当权者无暇顾及于此。
《清史稿》的纂修背后缺乏强有力的政权支撑，而人员较为混杂，历史观念有别、学术水平有异、用力程度亦不同，加之最后的审阅工作过于仓促，因此与传统官修史书相较在统一性方面有所欠缺，尤其表现在体例不合、内容抵牾等方面，但由于纂修人员以前清遗老为主，与以往站在新朝立场书写旧朝史颇为不同，故而在政治立场或思想倾向上又表现出高度一致，并充分折射出遗老在面对政权更迭和社会转型时的复杂心态，尤其表现在对待辛亥革命和西方入侵的态度等方面。
前清遗老们基本遵循“修故国之史，即以恩故国”的编纂原则，内清室而外民国的倾向亦较为明显。对于清代皇帝，极尽歌颂之能事；对于民族压迫，则极力回护。尤其是，对于直接导致清朝覆亡的辛亥革命及革命党人的事迹，《清史稿》少有记载或语含贬抑。
比如，关于武昌起义，史稿记载称：“甲寅，革命党谋乱于武昌，事觉，捕三十二人，诛刘汝夔等三人……乙卯，武昌新军变附于革命党……丙辰，张彪以兵匪构变，弃营潜逃……嗣是行省各拥兵据地号独立，举为魁者皆称都督。”相反，对于端方、赵尔丰等对抗革命者则多有立传，并称“或慷慨捐躯，或从容就义，示天下以大节，垂绝纲常，庶几恃以复振焉”。
其他如使用干支纪年而不用民国纪年，有意不书孙文之名，将梁济、王国维载入《忠义传》等皆说明，清史馆虽属于民国时期的政府机构，但纂修人员却大多站在清朝立场上进行历史叙述。这正是《清史稿》后来被南京政府查禁的主要原因。
1928年6月，清史馆被故宫博物院接收，《清史稿》随即被封存。同年10月，刘赞廷呈请南京国民政府将《清史稿》启封发售，以“供诸民众，共见共闻，俾得详尽之批评，以便正确之修订”。12月，故宫博物院院长易培基建议行政院禁止《清史稿》发行，认为：
（《清史稿》）系用亡清遗老主持其事……彼辈自诩忠于前朝，乃以诽谤民国为能事，并不顾其既食周粟之嫌，遂至乖谬百出，开千百年未有之奇……故其体例文字之错谬百出，尤属指不胜屈。此书若任其发行，实为民国之奇耻大辱。
并指出其存在的19项错误，而前六项为反革命、藐视先烈、不奉民国正朔、例书伪溢、称扬诸遗老、鼓励复辟以及反对汉族等，其余则为体例或史实方面的问题。随后，《清史稿》被当局查禁。
《清史稿》在民国前后期的不同遭遇，实则是政治理念转换的必然结果，北京政府意在维持皇权正统，而南京政府则标榜民主共和，革命与忠君的观念再度发生碰撞，设馆延聘前清遗老纂修清史的法理依据已然丧失，而立场的转换使得《清史稿》的正当性不复存在，故难逃被查禁的命运，这也说明官方修史的政治属性要强于文化属性。
对于这一问题，孟森持有不同看法，认为应区别“表扬清室”与“触犯民国”：
“在馆秉笔诸人，当时采清代旧望，来者多以元遗山自况，用修史以报故君，故疑其内清而外民国，此诚有之，但意主表扬清室，与敢于触犯民国，并非一事，其可疑与否，当据书中内容而言，不当以揣测之故，湮没甚富之史料。”
事实上，在审稿总阅阶段，纂修人员确在一定程度上做了一些修改，如金梁曾谓：
“近人每责史稿，谓以民国官修清史，不应立言多背时制，而不知史馆修史十余年，实未成书，及议校刻，实临时集款，购稿分印，特仓卒报成，不免疏陋，实多可指耳。然当时亦颇注意，即如洪秀全传……其中贼匪等字，均已校改为敌字，即此可概其余矣。”
再者，遗老们虽对辛亥革命多有排斥，但同时又部分承认共和取代皇权的进步性，如袁嘉谷、陈敬第就曾明确主张：“革命之党人，共和制原因也，讳言革命则清室之禅让为无名矣。”当时，忠于逊清与拥护共和分别具有价值层面和道义层面的正当性，而两者无法兼于一身，郑孝胥所谓“共和”为“佳名美事”而人为“有义之物”，就充分说明时人在两者之间的徘徊与纠结，而少数遗老显然也试图在《清史稿》的纂修中寻找一个平衡点。
此外，纂修人员还面临以往所不曾出现的新问题，即中西文明之间的文野转换。以往正史在处理中外关系时，多设有“外国传”，而《清史稿》并未遵循旧例，认为“传者专纪一邦事实而已，志则于国际大纲，必指其要领所在，且必于事之始终本末一以贯之”，故设置了“邦交志”。
但是，形式的创新却无法掩盖内容的守旧，该志充满了陈腐的史观、史法，缺乏洞悉时代变化的史识，正如蒋廷黻所言：
近百年来中外关系之大变迁何在？其变迁之根本理由又何在？《邦交志》非特无所贡献，且直不知此二问题为撰《邦交志》之主要问题也……《邦交志》虽为创新，然《邦交志》之书法及其根本史学观念，则纯为袭旧。
面对西方列强的入侵，纂修者虽已抛弃旧有的夷夏观念，但本着为清朝讳的原则，对于丧权辱国之事多语焉不详或轻描淡写，如记载南京条约的签订时称：“八月戊寅，耆英奏广州、福州、厦门、宁波、上海各海口，与英国定议通商。”《耆英传》中记载虽略微详细，但只记赔款通商，对于割让香港、协定关税则只字未提。
而且，由于知识结构的局限，《清史稿》有关西方的论述多有错漏，如称“俄国界近大西洋者，崇天主教”等。当然，《清史稿》虽存在诸多缺陷，然其价值不应被一笔抹杀，正如金毓黻所言：
平心论之，是书积十余年之岁月，经数十学者之用心，又有国史原本可据，而历朝所修之实录、圣训及宣统政纪，并将蒋、王、潘、朱四氏之东华录，采摭甚富，史实赅备，囊括以成一代大典，信足以继前代正史之后而同垂于奕祀矣。
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