“江东风流 六朝迭兴”（历史馆 4展厅）
公元三至六世纪，吴、东晋、宋、齐、梁、陈六国相继在南京建都，史称“六朝”。相对北方地区的战争频仍，六朝则社会较为稳定。北方大量南迁，江南经济得到发展，逐渐赶上并超过黄河流域，中国经济重心南移。六朝时期思想多元，科学、技术、艺术诸领域皆取得辉煌成就，开创了风采绰约的六朝文化。
南京市出土西晋青瓷羊
南京市出土青瓷鸟兽人物堆塑罐
南朝“竹林七贤与荣启期”模印砖画
五代时期，吴建都扬州、南唐建都金陵，成为当时诸国中经济最富庶的国家。烈祖李昪和中主李璟的南唐二陵，位于南京牛首山麓，其出土文物反映了南唐的历史文化。南唐二陵是新中国成立后最早发掘的帝陵，为五代南唐先主李昪及其妻宋氏的“钦陵”和中主李璟及其妻钟氏的“顺陵”，它们的科学发掘对新中国的考古事业意义重大。南唐二陵还出土了大量的文物，其中人首鱼身俑就在展览上展出。用拟人化手法表现了《山海经》中半人半鱼带双翼的“海神”形象，人首昂立挺颈，头戴道冠状帽子，背鳍突出，酷似鲫鱼，肩部突起的脊棱似鸟类羽翼的基部。人首鱼身俑并非帝陵专属，而是在唐宋墓葬中的随葬器物，也被称作“仪鱼”，是唐宋时期的镇墓神怪俑中的一种。
“江淮多姿 宋元气象”（历史馆 5展厅）
宋朝结束了长期群雄割据的局面，社会步入了新的发展时期。南宋时，江南地区社会相对安定，成为全国的经济中心。粮食产量远超前朝，时谚云：“苏湖熟，天下足”。丝麻棉业生产逐渐专业化，髹漆工艺商品远销海外。
元代，扬州是“十二省治所之一”，苏州、南京和松江成为全国的丝织业和棉纺业中心。
宋代白釉黑花瓷镜盒
上海出土元代白釉镂空瓷座、白釉双耳瓷瓶
苏州吴中出土元代如意云纹金盘
“盛世江南 明清辉煌”（历史馆 6展厅）
明清时期，江苏社会经济空前发展，农业、水利、丝棉纺织业和制盐业等均处于全国的领先地位。苏州、南京、扬州成为全国最繁兴、最富有的城市。经济的发展带来了科技、文学、艺术的繁荣。
明清时期，江苏成为全国的书画中心，画坛名家辈出。文学创作涌现出施耐庵、吴承恩、曹雪芹等一代大师。南京云锦、宜兴紫砂、扬州漆器、苏州玉器、刺绣等工艺领全国之先。明清时期江苏经济繁盛，文化鼎兴，有“盛世江南”之美誉。
上过央视《国家宝藏》的大报恩寺塔琉璃拱门，大报恩寺为永乐皇帝朱棣为纪念其生母而建，大报恩寺琉璃塔建于永乐十年（1412年）九层八面。琉璃拱券门框饰有佛教题材无色琉璃砖。
南京出土明代青铜灶
清代红木雕荷花蟹虫笔洗
南京博物院历史馆的陈列内容丰富，从江苏考古到长江中下游文明，再到整个中国文化，三个层级递进展示。在各个展厅穿梭，仿佛游走在文化历史的长廊中，尤其是江苏、南京的文化历史一览无遗。
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