义和团运动是发生于1900年清朝末期，清朝甲午战败后，在西方列强划分在华势力范围、华北农村频繁发生教案、天灾频仍及宫廷权力争斗激化的情况下，由黄河北岸山东直隶农民首先发起的武装冲突。 1900年春季直隶，为了反对教士对于传统信仰的侵犯与对于司法的干预，成千上万习练义和拳并号称“义和团”的农民动用私刑处死了大量中国基督宗教信徒与西方人士，并纵火烧毁了教堂和教徒房屋；同年6月，北京清朝中央政府允许义和团进驻北京。义和团又先于清军进攻天津租界，最终引发八国联军侵华战争。
义和团运动又称庚子国变、庚子事变、庚子拳乱，原称义和拳，1899年毓贤改称义和团，义和团参与者被称为“拳民”、“拳匪”，对立方中国基督徒被称为“教民”、“直眼”、“奉教的”、“二毛子”。关于义和团的源头，史学界有不同观点。清末吴桥知县劳乃宣强烈地主张义和团源于白莲邪教，因此应当断然镇压。为此他刊布了小册子《义和团教门源流考》，而且亲自出马镇压义和团。当代义和团史著名学者路遥、李世瑜、佐藤公彦等也都认为义和拳与长期流行在山东一带的举着反清复明大旗的白莲教有关。但另有学者如周锡瑞、戴玄之等人认为义和团与白莲教没有多少关系，白莲教信奉无生老母，而义和团则不一定，义和团也不反清；义和团的揭帖中说“非是邪、非白莲”；义和团组织涣散，白莲教有清楚的师徒关系而形成严密的组织。普遍认为应当从鲁西北的社会文化中寻找义和团的源头。
清代民间武术团体。又称金钟罩，光绪二十年（1894年）前后，大刀会兴起于山东曹县、单县一带。因此，它又被称为“曹、单大刀会”。主要活动于鲁西南地区，以其成员练武时携带大刀而得名，练武时在场内横置大刀一口。主要习练排刀、排枪、排砖石等“金钟罩”硬气功。具有吞符念咒等迷信色彩，宣称可以神灵护卫，刀枪不入。
起初大刀会是除灭当地土匪，维护地方治安，受到官方的有条件的默许。但后来在民教冲突中，大刀会开始反对基督宗教，与教会发生了一拨又一拨的冲突，劫掠了教民财产，烧毁多家教民的房子。在德国和法国公使的胁迫下，山东巡抚李秉衡决定对大刀会进行弹压。在1896年7月处死了大刀会的会首刘士瑞和曹得礼。大刀会的公开活动在刘士端和曹得礼被斩首后便沉寂下去 。
1898年梅花拳拳师赵三多首次提出“扶清灭洋”的口号 。1898年10月26日赵三多、阎书勤等在山东冠县梨园屯（今属河北威县）蒋家庄马场发动首次义和拳武装起义，率众攻打基督宗教教 堂，杀死教民。赵三多为避免牵连同门将梅花拳改名义和拳，但此时的他们并没有像后来的义和团那样纳入了“刀枪不入”、“降神附体”、“神拳”的做法，他们 和席卷1900年的义和拳是两回事，两者虽然在名称、抗争口号上有类似之处，但不能将1900年的义和拳等同于赵三多的义和拳 。
“义和”的提法并不是赵三多首创，在此之前，以“义和”命名的组织也曾零星地出现过，譬如1774年王伦叛乱中曾提及一个组织叫义和拳，1813年癸酉之变八卦教也有一个组织叫“义和门拳棒”。1860年代威县为了对付捻军，组建三支团练，其中就有一支名叫“义和团” 。据目前所知，“义和拳”一名首见于1779年1月12日直隶总督周元理的奏折中。英驻清公使窦纳乐在1900年1月向英国首相索斯伯利侯爵谈到这个名称的意义；他说：“Boxers（拳手）这个名称，最初不是传教士就是新闻报纸提出来的，但它没有表达出中文名称的意义。这个名称所包含的意思是：为了维护正义事业（“义”），该结社成员应团结起来（“和”），在必要时使用武力（“拳”）。”
在义和拳兴起之初，山东当局希望在一定程度上保护拳民的积极性，在主观上有利用拳民的力量与外来势力相抗衡的政治或外交目的，为义和团的发展创造了有利的外部条件。当局希望将这一民间自发的力量官方化，采取将拳民编入乡团的 政策。拳会是民间私立的非法结社，与清政府官办的乡团自是两种不同性质的组织，两者的关系在历史上基本上是势同水火。于是，山东巡抚张汝梅于1898年6 月30日上奏清廷，建议清廷充分考虑“化私会为公举，改拳勇为民团”的建议，将拳民编入乡团，得到了清廷的默许。对于匪徒，他采取杀一儆百的手段来防止群 体失控，所以他采取了更为宽容的政策。他在给直隶总督裕禄的电报中明确地表示：“（拳民）凡安分者、自保身家，原不禁止；若真有捉人勒赎、抢掠无忌等情事，亦即派队查拿。” 1899年8月下旬，山东兖沂曹济道彭虞孙在给总理衙门的信中说：“（拳会）阳谓自卫身家，实则寻教构衅。……时奉文举办团练，当轴（即巡抚）韪其义举，不加深察，一视同仁，意谓寓兵于农，正可备御侮之选。故有练习技勇保卫身家例所不禁之示。小人得逞其志，何所惮而不为。”此外，毓贤还采取了“惩首解从”的政策，就是当拳民滋事之时查拿首要，而将随从人员解散。由于官府采取了这些特殊政策，。
在山东西南地区的大刀会和直隶山东交界的赵三多义和拳被镇压下去后，山东西北地区的茌平、平原、高唐、恩县、禹城、长清等县突然兴起了一种新的拳场，当地人称之为“神拳”。最开始的时候它也被人称为“金钟罩神 拳”，其中的一个显著特征便是借用了鲁西南地区大刀会的金钟罩武术和“刀枪不入”的观念。神拳最吸引人的地方在于“降神附体”，仪式简易，人人可参与。大 刀会并不是所有人都可以参加，入会需要交香火费。但神拳没有这方面的要求，谁都可以参加。另外，大刀会的金钟罩武术属于一种硬气功，需要较长时间的练习。 但神拳不一样，他们不是通过练习达到，而是在各种拳术的基础上，通过“降神”来完成 。
练习神拳的人中逐渐出现了两个著名的人，那就是朱红灯和心诚和尚。1899年，朱红灯已经获得了很大的名声，附近贫苦民众纷纷拜朱红灯为师学习神拳。后来，神拳也改名为义和拳。 但从大刀会到赵三多的义和拳，再到朱红灯的义和拳，之间并没有组织上的继承关系。朱红灯所领导的义和拳是真正意义上的义和拳，具备了1900年义和拳的所 有特征。从大刀会中借用了金钟罩和“刀枪不入”的观念，从赵三多的义和拳借用了名称、扶清灭洋的口号等，然后加上了降神附体的巫术。
义和团并未从山东扩展到河南、安徽等地，而蔓延到直隶，是与当地的频繁天灾有直接关系。1898年，黄河发大水；但1898年洪灾之后，1899年、1900年山东、河北又连遭大旱；同时，山东又遭虫灾。迷信的百姓遂迁怒教徒和教会，以为是他们得罪了老天爷，义和团的反教揭帖就说“天无雨、地焦干、全是教堂止住天”。 《天津政俗沿革记》中记载：“光绪二十六年（1900年）正月，山东义和拳其术流入天津，初犹不敢滋事，惟习拳者日众。二月，无雨，谣言益多，痛诋洋人， 仇杀教民之语日有所闻。习拳者益众。三月，仍无雨，瘟气流行。拳匪趁势造言，云：‘扫平洋人，自然得雨’。四月，仍无雨。各处拳匪渐有立坛者”。当时某个传教士也说：“雨水对我们来说意味着安全，正是由于久旱无雨，他们才在这里闹事，并不是因为义和团……他们本来都是安分守己的人，但他们现在被饥饿折磨得绝望了。”据杜金印回忆：“庚子年前总是涨大水，穷人的日子真是没法过。”据张恩回忆：“庚子前一年没收成，蝗灾水灾各种灾都有。”据张恩喜回忆：“李鸿章做直隶总督的时候，三年两头涝，老百姓吃野菜稗子。”但1900年天津是大旱。
1899年秋天，在鲁西北，朱红灯带领的反教运动开始登上舞台。9月17日，在鲁西北的平原县发生民教冲突，平原知县蒋楷前 去弹压。10月9日，朱红灯率高唐、茌平、长清等地义和拳众二三百人开赴平原县。朱红灯整齐队伍，正式竖起了“天下义和拳、兴清灭洋”旗帜。11日，知县 蒋楷率领勇役数十人前往弹压。朱红灯指挥拳民击败蒋楷。蒋楷向上级要求派兵。16日，济南知府卢昌饴、统领袁世敦带兵前来，一开始劝谕朱红灯解散。朱红灯 抢劫之后转移，于17日晚，率两千多团民移驻森罗殿，准备攻打恩县城西的刘王庄和庞庄的教堂。18日，朱红灯率团民在森罗殿与前来弹压的清军七百人交战， 激战数小时，击毙击伤清军十余人。在此次战斗中，拳民第一次自称“义和团”，而且此后这个称谓的频率越来越高。森罗殿之战后，朱红灯趁机转移，退回茌平。
毓贤认为蒋楷处事不妥，弹压实属孟浪，将蒋楷革职，永不叙用，袁世敦受到了撤去统领之职的处分。镇压义和团的人受到了惩处，使得许多人认为毓贤在支持义和团，自以为受到了毓贤的嘉许。11月初，茌平义和团竖起了“毓”字黄旗及山东巡抚部院“保清灭洋”大旗进行活动。
11月，朱红灯、心诚、于清水率人开始对禹城、茌平、长清、博平各县的天主教教堂和教民频繁发起袭击。4日，他们袭击禹城县苗家林的四户教民。8日 在刘家集袭击教民，又袭击长清县李家庄李公堂家，夺取银钱，拐走其父，要求赎金二十千文。9日，掠夺王香老庄的教民；袭击长清县的郑家营和朱庄的教民；当 夜，入茌平张官屯，掠夺教民之家并放火焚烧，又将教民王观杰杀害；向马沙窝的教民父子三人勒索赎金。9日、10日、11日，连续抢劫梁庄、姚家庄、吴官 屯、小张庄、八里庄、焦庄的教民。11日，来到博平县，抢夺和绑架教民，要求赎金。14日，烧毁博平县玉皇庙庄教堂与十九户教民房屋。15日，烧打茌平县 大张庄教堂，其后强制教民背教，要他们请戏班唱戏作为赔偿。17日，朱红灯、心诚袭击了吴庄、杨庄，得银七百两，接着又袭击了博平县的教民。在17日，拳 民因分这七百两银子起了内讧。21日，朱红灯被拘捕；同日，赵官镇李继浩率十余人袭击了长清县辛店屯的教民王鸿庆等六户人家，胁迫他们用银子赎“跟从洋教 罪”，请戏班子演戏三天，去县城申请退出教会；然后又去南水坡庄，要挟三户教民拿出罚钱和酒席钱，更让教民写下“背教文约”。23日，心诚和尚被抓捕。 24日，李连江、李开木等人袭击了马官屯的教民。25日，于清水到禹城县抓了教民作为人质，26日袭击了禹城的房家庄。此时禹城当局接到毓贤命令后贴出告 示：“汝（义和拳）原为良民，因受教民欺侮始聚集以图报复。然，仇怨宜解，且抚宪已既往不咎，受此莫大之恩，故应速速解散。谨勿再啸聚。此乃至要。”
朱红灯在鲁西北开展一系列反教运动之后，山东的教会产生了危机感，陆续与驻北京公使联系，诉说自己极其危险的境况。各国公使、领事的抗议不断增加， 并将矛头直指山东巡抚毓贤。就连一向不太多事的美国公使康格也向总理衙门提出强烈抗议，说毓贤将弹压匪徒的官兵以“擅杀之罪”论处，指责毓贤对保护教会和 教民的要求置若罔闻。在各国公使的压力下，清廷终于让步，于12月将毓贤解职并召回北京，由袁世凯接替。12月6日，上谕下达，吩咐毓贤“来京陛见”。7日，毓贤答复：“俟袁中丞接印，遵即北上。”
12月4日，李继浩、官东岭、王成章在仁里集附近的辛店屯向教民勒索钱财。6日，李继浩胁迫教民办迎神赛会，逼迫教民背教。8日，李继浩、官西岭、 汪昌沅、朱启明在辛庄勒索。20日，官东岭、朱启明等人袭击燕家窑孔家。21日，袭击柴家洼教民，索取赎金。24日，袭击三官庙平民魏家，南乡的封家庄、 李家庄教民。
24日，毓贤在离任前处死朱红灯、心诚 。毓贤离职后到北京觐见慈禧太后，向她提出招安义和团；之后获得调任山西巡抚。26日，袁世凯抵达济南。
26日白天，有一支拳民队伍到平阴县毛家铺抢劫教堂和数户教民；当晚，有约两百拳民袭击了平阴县的白云浴天主教堂。28日，拳民袭击翟家庄教民。30日，拳民袭击薛庄教民；同日，甲士卫等人火烧了袁儿庄的教堂，烧死一名妇女；这日，赶往平阴的英国传教士卜克斯在路上遇到三十名拳民，被抓。晚上，卜克斯趁机逃跑，后被追上打死，头也被斩掉。1月2日和3日，拳民袭击南方寺头庄。直 隶东南毗邻鲁西北，所以在这一带的故城县、景州、吴桥县、阜城县、东光县、献县、河间、深州、枣强县，反教活动在1899年末也渐渐兴起。
袁世凯来到山东之后，采取了与毓贤不同的作法，他认降神附体为邪术、拳会为“邪教”，主张严格取缔，下令张贴解散拳会的告示，要“于各府州县村庄通行张贴，以期家喻户晓”；还大量刊刻劳乃宣所著的《义和拳教门源流考》；采用行政手段调动各级地方官、乡绅的力量来实行查禁，责令“各村首事庄长出具不得设厂习拳甘结”，要求各村庄的庄长劝导乡民“不得设厂习拳、聚众滋事”；对各处拳厂，认真查封；把大部兵力分布在交通要道驻扎，将各地义和团分割隔离，阻止其流动和聚集，用小部巡查、晓谕、弹压。如此，袁世凯使得山东的义和拳活动渐渐沉寂下去。山东的义和团分两路大军进入直隶，一路从山东德州进入河北沧州，另一路从河北保定白洋淀进入天津。
直隶总督裕禄开始对义和拳会比较轻视，在1899年12月答复袁世凯时说：“近日查该拳匪情形，并无大技俩，但能捕获首要，胁从自易解散。”他对滋事的拳民极力镇压，但对拳会的态度则较为模糊，直到5月清军统领杨福同在涞水被杀之后才意识到问题的严重。由此可见两人的差别是，袁世凯防患于未萌之时，他积极地消除火灾隐情，但是裕禄是在火灾发生后四处救火。
1900年1月11日，清廷颁布上谕，要求地方官只需查拿滋事的匪徒，无须过问练拳的和平乡民：“若安分良民，或习技艺以自卫身家，或联村众以互保 闾里，是乃守望相助之义……地方官办理此等案件，只问其为匪与否，肇衅与否，不论其会不会、教不教也”，承认拳会是“安分良民”、“习技艺以自卫身家”， 是“守望相助”之义，而不是“邪教”，无须查拿。清廷的这一举动代表着一个根本性的变化。清朝律例一向禁止私人结社，把集会结社看做是谋反的潜在因素。1898年戊戌政变之后，清廷恢复了禁止结社的政令，以取缔在变法期间十分兴盛的各种学会。现在，清廷的这一政策是在告诉义和团，它是一个合法的组织。但袁世凯事实上并未理会，仍然取缔各地拳会。裕禄没有主见，一心想符合谕旨，因此义和拳会在直隶继续蔓延，义和团的活动有增无减，加入义和团的人数也在日益攀升 。
4月初，各国公使又一次联合照会，而且有海军示威。4月16日，京报上发表了直隶总督裕禄要求禁拳的上奏。但4月17日，京报上又颁发上谕，重申不禁拳的精神。4月21日，清政府又颁布上谕，重申“只问匪不匪，不问会不会”，与1月11日的上谕精神一致。清廷政策的反复性和随意性，让各国公使失去了对它的信任，觉得再在此事上纠缠也没有多大意义，遂放弃在此事上的要求。义和拳会继续蔓延。
5月初，慈禧就能否将拳会编为团练征求袁世凯和裕禄的意见，裕禄在5月17日（当时涞水事件已经发生）上奏否定了团练的建议，但接着说：“如查有学习拳技之处，谨遵前奉谕旨，只论其匪不匪，不问其会不会，分别妥为办理。既不可姑息养奸，亦不可累及良善”。
6月6日，裕禄电告总理衙门，称团民自焚毁铁路电杆之后愈加猖獗，明目张胆，不服劝谕，也在天津焚杀教民；虽芦保、津芦铁路有兵分守，仍肆意焚毁， 在各处拆毁教堂，各国洋人已甚忧愤，“而天津租界之洋人尤感惊恐，屡以中国办理太松，欲派兵助剿为言，此时我军自行剿办，尚可操纵自如，若至外人干预，则 事更难措手”，目睹现在情况，拳民断非劝导所能解散，“趁此匪势初起，必须剿抚并用，尚可克期而定”。
从6月初一直到宣战前，清廷因为与列强还没有撕破脸，还需要维护表面的友善，所以为堵住洋人的嘴，仍然颁布上谕喊着“查拿”、“严禁”、“解 散”；当各县令去向顺天府尹王培佑“请示机宜”，询问应如何执行“拿办”义和团的上谕时，王培佑答复说：“近日拿匪明文，非政府之意，特以西人哓哓不已，故发此旨。汝等奉行故事，即属尽职”，意谓敷衍一下就可以，根本不必认真执行，“否则定遭参办”，各县令始恍然而退。
6月7日，在清廷许可之下，大批拳民开始进入北京。他们头戴义和团的红巾标志，扛着大刀、长矛从各城门进京。
6月9日，慈禧从颐和园回宫，并调董福祥的武卫后军进城，驻扎在永定门内。董军中不少士兵参加了义和团。董福祥还与义和团首领李来中结拜兄弟。越来越多的义和团拳民陆续进入北京，最多时北京的拳民超过十万。是日起，北京东交民巷外国使馆区对外通讯断绝。
6月11日，大臣文瑮上 奏：“步军统领衙门、顺天府、五城均有缉捕匪徒、稽查地方之责，岂容此类混聚辇毂，纷纷扰扰、摇惑人心……责成步兵统领衙门、顺天府、五城……各分汛地、 严密巡查，遇有形迹可疑及结党持械、造言生事之人，立即严拿惩办，毋稍疏纵。……臣等闻近日有形迹可疑之人……由各门混入，复由各门散出，出入自由，肆行 无忌”。朱祖谋也同日上奏：“相应请旨，添设劲旅，申严门禁。”
6月11日，日本驻华使馆书记杉山彬在永定门内被刚调入京的董福祥甘军所杀，被开腹剖心，受到载漪的嘉许。
6月12日，义和团开始在内城焚烧教堂。
6月13日，德国公使克林德命 令使馆卫队开始“猎取拳民行动”。同日，义和团在内城烧毁孝顺胡同亚斯立堂、双旗竿（今外交部街西口外）伦敦会、八面槽（王府井）天主教东堂、灯市口公理 会、东四五条西口的美国福音堂、交道口二条长老会、鼓楼西鸦儿胡同长老会、西直门内天主教西堂、西四羊肉胡同基督教堂、石驸马桥安立甘会、宣武门内天主教 南堂共11所教堂。有3200名天主教徒逃入（有42名法兵占据）天主教北堂，2000多名基督教徒逃入东交民巷的使馆区。拳民在北京放火烧掉教堂和一切 与西洋有关的事物。13日，天津武清义和团焚毁了马家场、范家庄、洪家坟、牛房、龙庄、韩庄各处教堂，静海全县被义和团占领。
6月14日，义和团“焚烧顺治门（宣武门）大街耶稣堂”，“顺治门内天主堂，并施医院两处，又焚烧西城根拴马桩、油房胡同、灯笼胡同、松树胡同教民之房屋百间，砍杀男妇教民无数”。同日，天津拳民焚烧鼓楼东仓门口教堂，蔓延到附近二十家，又焚烧鼓楼西的伦敦会教堂。
6月15日，义和团围攻北京西什库教堂，又“焚烧绒线胡同教堂”。同日，天津的义和团焚烧了马家口及望海楼等地的教堂，拆毁东门外天后宫北教堂，砸毁藏有教民的粬店街怀庆会馆；拳民又与防卫紫竹林租界的外国士兵发生战斗，死伤四百人。
6月16日，前门一带约千家商铺因老德记洋货铺及屈臣氏西 药房大火而被烧成废墟，正阳门楼、北京24家铸银厂也遭烧毁。拳民同时四处破坏教堂攻击教民，庄王府前大院被当成集体大屠杀的刑场。除了屠杀教民外，义和 团更滥杀无辜，诬指许多市民（包括许多妇女小童）为白莲教而烧死戮死。同日，天津数百名义和团展开了第二次进攻紫竹林租界的行动，但被一阵齐射挡了回去。
6月22日，清廷发给义和团2万石粳米，并悬赏杀洋人，“杀一男夷者，赏银五十两；杀一女夷者，赏银四十两；杀一稚子者，赏银二十两”。
早5月底，北京东交民巷使馆区人员在感觉到危险即将来临时，向外发出求援，于是一支432人，由八国海军人员组成的联合部队（法国75人，俄罗斯79人，英国79人，美国53人，意大利39人，日本24人，德国水兵51人、奥匈士兵32人），在得到清廷默许后，于6月1日从大沽经铁路抵达120公里左右的北京城，协助使馆人员防守。
不过随着局势不断恶化，6月9日，英国驻华公使窦纳乐透过电报向西摩尔称，北京城内局势每小时正在恶化，要求西摩尔为进军北京作好预先安排。6月10日，北京使馆区与外界的电讯联络中断。因此各国急商，增派一支由2157名各国海军及海军陆战队人员（英军916人、德军540人、俄军312人、法军158人、美军112人、日军54人、义军40人、奥匈军25人）组成的援军入京，决定由英国副海军上将爱德华?霍巴特?西摩尔任联军司令，美国海军上校麦卡加拉（Bowman McCalla）为副司令、俄国上校沃嗄克任参谋长，从天津搭火车出发前往北京保卫使馆。
6月10日，西摩尔军经过聂士成军防区，根据上司荣禄的命令，聂士成容许联军先遣队火车通过天津，旗下武卫军士兵对联军的态度亦显得友善，并没有意图攻击联军的举措。
不过西摩尔向北京行军的举动惹怒清廷，因此支持义和团的端王载漪迅即取代庆王奕劻，成为总理各国事务衙门大臣，并命令武卫军聂士成、董福祥甘军攻击联军。另一方面，清廷又透过招募义和团成员入军，以保卫首都，阻止西摩尔的行军。
联军火车通过天津后，义和团阻击联军，将铁路破坏掉，使联军无法前行。在6月11日至14日的几次战斗中，义和团每次出动几百到上千人，都被联军击 退。由于前面的铁路被破坏，西摩尔军只得边修路边前进。到廊坊之后，前面的铁路被破坏得更加严重，联军无法乘车前行。16日，联军放弃由铁路进京计划，决 定改走水路由白河前往北京，先返回杨村，然后在该处组织乘船进京。
6月18日，正当西摩尔军由廊坊回撤之时，大批义和团向滞留廊坊的联军发起进攻，奉太后之命阻截联军的董福祥甘军开到廊坊，投入战斗。双方激战数小时，联军伤亡严重，西摩尔认为联军已不可能突破重围进入北京，于是决定撤回天津。清廷称此役为廊坊大捷。
由于杨村至天津的铁路已被破坏，联军只得沿白河撤回，期间征用4艘中国渔船，沿着河岸牵着绳索，载上所有伤员及剩余的食物、弹药及医疗用品前往天 津。6月19日至20日在由杨村至北仓的撤退途中，联军不时遭到义和团和清军的阻击。6月21日联军与聂士成军在北仓进行了数小时激战，付出重大伤亡代价 后占领北仓。6月22日联军占领清军的西沽武库，发现除了有德国克虏伯野战炮外，还有大量步枪与数以百万计的子弹，连同数百万斤大米和充足的医疗用品。
得到充足的军事物资后，西摩尔决定坚守待援，并派人向各国公使告知联军的困境。联军在待援期间遭到清军、民团日夜不断的攻击，处于崩溃的边缘。直到 6月25日，一支1800人组成的援军（其中俄国900人，英国500人）解西摩尔之围，在战场使用了价值超过300万英镑的弹药数量后，终于在6月26 日清晨成功接应西摩尔联军撤退，西摩尔行军北京期间总计损失62人，有225人受伤。
当时被困在北京使馆区的外国人对西摩尔充满信心，认为西摩尔军队离自己很近，他们很快就会安全，完全无视西摩尔的军队拯救失败的事实。
6 月12日，俄军1200人登陆大沽。15日，联军要求天津镇总兵罗荣光于17日凌晨2时以前交出大沽炮台。15日和16日，义和团与紫竹林租界守卫士兵发 生战斗。6月16日，天津租界之对外电报中断；各国海军将领会议，决定占领大沽口炮台。6月17日，联军攻击大沽炮台，罗荣光发炮还击，战争爆发。据北塘 渔民黄永力和董得六回忆：“在营外（大沽于家堡东面的督标营）被打死的爬营的日本兵，尸首差不多和营墙一样高，整个打了一宿，第二天弹药库爆炸营盘才被攻破，500多人没有一个活的，许多士兵临死时还端着枪。”大沽炮台失守后，俄罗斯军从塘沽火车站向天津市进攻，日本军从海河向天津市进攻。天津之战从1900年6月14日开始到7月14日结束，历时一个月，中经大沽之战、老龙头火车站争夺战、紫竹林租界攻坚战和八里台保卫战，最后天津在7月14日被联军攻破。8月1日起，清军恢复对使馆的炮击，但猛烈程度远不如7月13日以前。8月11日起，清军重新对使馆发动十分猛烈的进攻，直到北京陷落为止。8月4日，联军开始进军北京。8月12日，占领通州。8月14日，联军攻入北京。
清朝皇室逃往西安途中，命令各地官兵剿灭义和团。9月7日，清廷发布上谕，称“此案初起，义和团实为肇祸之由，今欲拔本塞源，非痛加铲除不可”。同时，清政府派庆亲王奕劻及李鸿章为全权特使，与各国和谈。
1900年10月，李鸿章抵达北京，向八个占领国展开谈判。当中俄国志在另约取得中国的东北；但英、美则以商业为重，希望保持在华的贸易利益，对俄国的扩张存有戒心，故此反对各国的领土要求。李鸿章从国际法上，提出义和团为叛逆，皇室之前的宣战诏令是被挟持之下发出，不承认中国与十一国交战，事件是外国派兵来华助剿叛乱所引起。故此各国无割地的理据，而中国则只有赔偿军费的义务。最后达成的《辛丑条约》的正式名称，亦只是一个中国与十一国之间的赔偿协定，而并非交战国之间的正式和约。至今，西方国家仍然以“拳民暴乱”（Boxer Rebellion），来称呼整个义和团及八国联军事件。
慈禧太后一直被视为义和团事件的罪魁祸首，因此李鸿章在“惩办祸首”的问题上与列强多番据理力争，最后得到保证，列强在“惩办祸首”的条款中不提及慈禧太后的名字，变相不再追究慈禧在义和团事件中的主要责任。
此外，根据《辛丑条约》的规定，作为战败国的中国，不能在天津市及京津铁路沿线驻兵，袁世凯就从他武卫右军挑了3000人，换上警察制服，接收天津的防务，变相收回了京津沿线主权，这支三千人的部队就是中国最早的警察队伍。仅用了半年时间，天津就被外国人描绘成世界上拥有最好的警察制度的城市。
1901年9月7日，清政府被迫签署《辛丑条约》，需要向各国给予总计4.5亿两白银的战争赔款，分39年偿还，史称“庚子赔款”，由关税及盐税中扣付。这个数目的意味着要向每个中国人惩罚一两白银。对此申报发表社论说“中国不能保护使臣致惨遭毙……曲诚在我……不得谓外人过于要挟也。”赔款的总值按当时银价，约为3亿330万美元。这笔赔款金额过于庞大，后来在美国国务卿海?约翰（Hay John）和美国驻华公使柔克义（William Woodville Rockhill）、中国驻美公使梁诚、美国传教士明恩溥、美伊利诺伊大学校长詹姆斯的交涉下，美国退还了部分赔款；应付赔款2444万，美国将当时尚未付足的1078万从1909年1月起退还帮助中国建立海外留学教育系统。最初称为“清华学堂”，为留美预备学校，即后来清华大学的基础，成为后来中国最优秀的高等学府之一。其他收款各国也都陆续模仿这一模式进行了不同程度的退款来进行指定用途的在华文化事业第一次世界大战爆发后，北洋政府于1917年8月对德意志帝国和奥匈帝国宣 战，并停止向这两国赔付庚子赔款。一战后到1924年中国政府先后与德奥匈俄达成了停付的协定。其他各国也都先后达成了全部或部分庚款退款协定规定将此后 收到的庚款用于指定在华事业，1937年中日战争开始起停付日本款，1939年停付法国庚款，1943年国民政府废除一切不平等条约，从此彻底停付。
在义和团运动中，有240多名外国传教士及2万多名华人基督徒死亡。义和团事件中，全国各省，主要是华北的直隶、山西，以及内蒙古和东北，普遍发生针对外国人及中国基督徒的大规模集体屠杀事件。天主教、新教、东正教教职人员及中外信徒皆有死伤。以下伤亡情况和死亡数字大都根据教会人士的统计，中国官方未有正式史料证实。
义和团运动的结果之一是1902年清政府延续戊戌变法的思潮，启动了一场政治体制改革——新政，以求避免清朝灭亡。在中国仕绅阶级看来，统治威信大幅下降，东南各省总督在事件中擅自违令行动，事后反而得到褒奖（即东南互保）。各地督抚开始出现不受中央控制的政治意向，统一集权的态势开始解体。十年后，南方革命党反政府的活动激进化，团结各省新军于1911年武昌爆发辛亥革命，南方各省直接违抗清政府自行宣布独立或观望。最终袁世凯进逼清帝退位，中华民国得以肇建。而地方政治实力上升所造成的割据局面，导致民国军阀混战的政局。义和团对清末经济造成严重损失，不仅倾力破坏华北大地上所有现代化设施，而且导致北方商贸活动迅猛凋敝，负面影响覆盖全球三分之一强的国际贸易活动。上海是 当时中国对外贸易中心，因拳乱缘故，为免中途意外，举凡天津商人及货物都停滞上海。从外商定购的各类日用洋货如纱、布、药等均堆积如山，无人提取。天津一 地的商业阻滞，受影响更严重的是中国北方省份。天津枢纽不运转，则行销于东北乃至北京直隶一带的通货只能囤积上海港口，而且日积月累，越来越多。义和团运 动也导致国家税收锐减，银行（钱庄）倒闭。各处钱庄连本金都收不回，倒闭势所难免。北京的钱庄，则有相当数量被烧被毁。列强也在此时蠢蠢欲动，俄国乘机占据了大量中国东北（或称满洲）的领土。俄国对辽东的租界（1898年）被正式得到承认。俄国的行动威胁英美所希望维持的中国的领土完整及贸易开放（门户开放）政策；并最终与在辽东和满洲东部省份希望扩展势力范围的日本冲突。经过两年的谈判，最终双方关系破裂并在1904年2月爆发了惨烈的日俄战争。根据辛丑条约，日本可以在中国一部分地区驻军，保护侨民和交通路线，这为日后的中日冲突埋下了祸患。此外中国的大批文物在此次浩劫中遭到毁灭性损坏。
义和团事件的起因十分明白：一是经济上的原因——农民对于帝国主义侵略的反抗；一是政治上的原因——清廷反动政局趋于极端之结果。若 因为参加义和团运动者为全民中之少数，则参加辛亥革命与“五四”运动者，也是全民中之少数，我们决不能只据实际参加者之数量，便否认其质量上代表全民族的 意识与利益。文明的绅士学者们，说义和团事件是少数人之罪恶，说列强不应该惩罚到义和团以外的人，不啻是向列强跪着说：我们是文明人，我们不曾反抗；汝们 惩罚少数的义和团，不应该皂白不分连累到我们大多数安分屈服的良民。情形如果是这样，还幸亏有野蛮的义和团少数人，保全了中国民族史上一部分荣誉！义和团运动是中国人民顽强地反抗帝国主义侵略的表现，他们的英勇斗争是五十年后中国人民伟大胜利的奠基石之一。但是义和团的行为除了杀害无辜的外国人外，也直接造成许多无辜的中国人受害，而且针对对象也包括光绪帝（所谓一龙）、李鸿章、奕匡（所谓二虎）、京官大臣（所谓十三羊，或谓三百羊，宣称京官除十八人外全应杀），除屠杀外，也奸淫据掠， 无法无天，其不人道处比八国联军更甚，实属野蛮残暴。而且盲目排外，义和团的口号是扶清灭洋，“洋”代表了与西方有关系的一切人和事物，因此都在消灭的范围内，这其中既包括信教的洋人和不信教的洋人、“洋教”、与洋教有关系的中国教民，也包括从西洋传来的西药，洋布，等等。所有城内外凡沾洋字各铺所储洋货，尽行毁坏，或令贫民掠取一空。并令住户人等，不得收藏洋货，燃点洋灯。于是家家将煤油或箱或桶泼之于街。又传言杀尽教民后，将读洋书之学生一律除去，于是学生仓皇失措，所有藏洋书之家，悉将洋书付之一炬，数百年精华尽矣。延及城阙， 火光烛天，三日不灭。
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