1950年10月，志愿军进入朝鲜境内，与人民军并肩作战，首先遇到的问题就是军队指挥权的归属，这也是结成军事同盟双方必须解决的一个问题。为此，中朝之间发生了严重分歧。

在1950年10月周恩来赴苏与斯大林讨论武器装备和空军援助的问题时，中朝已经开始商谈中国出兵的具体事宜了。不过，因情况紧急，双方并未就出兵后的一系列问题进行讨论，更未达成任何协议。10月8日毛泽东致电金日成，通知中国已决定出兵，并要朝鲜内务相朴一禹到沈阳商议志愿军入朝诸项事宜。

当日黄昏，朴赶到沈阳，但并未谈及志愿军入朝的具体事项，只是根据金日成的要求，称美国正在朝鲜继续增兵，催促中国部队立即出动。朴还说，目前金日成已转移到平壤以北的德川，金希望志愿军的指挥所也设在那里。这说明朝鲜人实际上已经考虑到中朝军队的统一指挥问题。

起初，金日成的想法比较简单，即在敌情紧迫的情况下，请求中国出兵帮助他顶一阵。这样，军队指挥权由他掌握。当他得知中国要派几十万部队分批入朝作战后，才感到事情重大，不便直接提出由他来指挥中国军队。因此，他提出双方指挥所合在一起。

但是，作为志愿军司令员，彭德怀则另有一番考虑。

首先，斯大林在10月1日建议中国出兵的电报中明确表示，志愿军“当然由中国的指挥员统率”。

其次，在朝鲜的情况，令彭对朝鲜人的军事指挥能力担忧。他在给中央军委的电报中说：“朝鲜党征兵问题异常严重，16-45岁男子全部征调入伍。入伍工人家属无人过问，一般群众没饭吃”；“军事指挥异常幼稚，19日下令死守平壤，结果3万人未退出多少”；朝方“虽同意在人民军中开展党的工作和政治工作，但不同意建立政治委员制度”等等。

彭对人说：“我要对中朝人民，对几十万士兵负责啊！” 在彭看来，根本不存在将中国军队交给朝鲜指挥的问题。

至于对朝鲜军队的指挥，此时还不宜提出，一则不了解朝鲜方面的主张，二则人民军主力部队已经溃散，新组建的兵团正在中国境内整训，尚无法直接参与军事行动。因此，10月21日，彭、金在大榆洞第一次会面时，双方均未提出统一指挥问题，只是在谈到两军如何配合时，金日成同意派朴一禹驻志愿军司令部，以保持联络。10月25日，中共中央正式任命朴一禹为志愿军副司令员兼副政委，党委副书记。

随着战事发展，两军统一指挥的问题渐渐提到议事日程上。在第一次战役期间，彭德怀屡次报告，因中朝之间缺乏协调——语言不通、地形不熟、朝鲜党政军民撤退堵塞道路等等，致使志愿军行军作战受阻。

特别是还多次发生过人民军误击志愿军的事件。

11月4日，志愿军第39军在博川东南围攻美第24师时，遭到奉命向顺川挺进的人民军坦克师的误击，致使被围之敌逃脱。

在物资供给、交通运输等方面，由于没有统一的协调指挥，也出现了混乱的局面。

为此，彭德怀通过北京委托中国使馆人员向金日成提出作战中的协调统一问题，希望人民军总部能够靠近志愿军总部。11月7日，彭又请朴面见金日成，反映几个与军事行动有关的问题。但商谈的结果令人失望：金日成坚持只派参谋担任通信联络，交换情报，既不同意两军总部靠近，更不同意采取联合的形式。

于是，彭德怀请求中央军委转告金日成，人民军第6师尚有6200多人，且已同志愿军第125师会合，希望让该师留在当地协同志愿军作战。但金坚持将该师调走了。后人民军第7师5000余人又与125师会合，彭再次提出留下该师，金日成则不予答复。此外，朝方和驻朝苏联军事顾问还反对彭德怀提出的后撤几十公里设伏的第二次战役作战方针，主张志愿军应继续向清川江以南追击敌人。

金日成不愿交出对朝鲜军队的指挥权，在断送几十万朝鲜军队后要指挥几十万中国军队，一则是不了解莫斯科的立场，二则是误解了中国人的某些说法。

为了避免刺激美国，中国对于进入朝鲜的中国军队特别强调其非官方的性质，所以在公开谈到部队指挥权的问题时特别谨慎。10月25日中国军队与联合国军开战的消息传出以后，金日成希望中国同意公布志愿军参战的事实，以鼓舞士气。毛泽东11月7日批示：金日成在演说中可以提到“中国人民志愿部队在朝鲜人民军统一指挥之下配合人民军反抗侵略者”，但不宜多说。周恩来也在答复中特别强调，不是“中国志愿军”，而是“中国人民志愿军”。11月12日，周在电报中再次强调，金日成演讲的措辞一定要改为：“中国人民志愿部队在朝鲜人民军总部指挥之下的参加作战。”然而，这都是一些掩人耳目的说法。实际上，中国并没有考虑过把军队交给朝鲜指挥。相反，毛泽东还特别建议要金日成尽快与彭德怀和高岗直接见面，商谈中朝两军联合作战的事宜。会谈要解决的核心问题就是军队指挥权的归属。

11月15日，金日成和什特科夫应邀来到志愿军总部，高岗也专程从沈阳赶到。会谈一开始，性情直率的彭德怀便提出了两军必须统一指挥的问题。高岗随后解释说，朝鲜半岛地域狭窄，战役上没有统一指挥不行。显然已经了解到斯大林的意见，什特科夫明确表示应该由中方统一指挥，并批评人民军以最好的苏联装备打了败仗，而赞扬志愿军以劣势装备消灭了大量敌军，认为对中方指挥的正确性不应存在任何怀疑。但金日成在发言中只介绍了人民军的情况，而对指挥权和有关政策问题却闭口不谈。情急之下，彭德怀干脆直接提出了自己设想的方案，即由金日成、什特科夫和他本人组成一个三人小组，负责对军事问题进行协商和统一指挥。

对此建议，金日成仍然不置可否，而什特科夫因未请示莫斯科，也不便表态。最后只好决定，待第二次战役结束后召开会议再行讨论。

事关重大，毛泽东不得不请求莫斯科表态。11月13日，他给斯大林的电报中转述了彭的建议并特别指出：“现在的重要问题是朝、苏、中三国在那里的领导同志们能很好地团结，对各项军事政治政策能取得一致的意见，朝鲜人民军和中国人民志愿军在作战上能有较好地配合，并能依照您的提议有相当数量的朝鲜军队和中国志愿军混合编制在一起（保存朝鲜军队的建制单位），倘能如此，胜利是有把握的。”

17日，毛泽东致电彭、高说，斯大林已回电，完全赞成由中国同志来统一指挥，并将电告金日成和什特科夫。另外，苏联驻中国军事总顾问扎哈罗夫也赞成统一指挥。毛泽东要彭观察金日成的反应。

鉴于莫斯科已表明态度，金日成便提出要去北京与毛泽东商谈。在12月3日的会谈中金说，斯大林有电报指示中朝军队应统一指挥，因中国志愿军有经验，应由中国同志为正职，朝鲜同志为副职，朝鲜劳动党政治局会议对此已同意。随即，毛泽东告以中国方面推彭德怀为司令员兼政委，金日成则提出金雄为副司令员，朴一禹为副政委，并确定以后联合命令即由彭、金、朴三人署名，对志愿军的单独命令仍照以前署名不变。联合司令部成立以后，凡属作战问题及前线一切活动均归其指挥，后方动员、训练、军政、警备等事则由朝鲜政府直接管辖，但联司需向后方提出要求和建议。

会谈后，周恩来起草了《中朝两方关于成立中朝联合指挥部的协议》。

金日成返回朝鲜后，12月7日同彭德怀再行商议具体事宜，“所谈甚为融洽”。双方商定数日内组成联合司令部，金保证今后不再直接干预军事指挥，而且接受了中方的建议，取消此前对人民军第三军团的部署，令其就近听从志愿军第九兵团宋时轮指挥。彭德怀对此表示满意。

至此，在莫斯科的干预下，中朝两军统一指挥的问题从组织机构的角度得到了解决。