那些身穿长袍的教士，不由分说地驳斥异端，不分轻重地判处极刑，不恤老弱地刑讯鞭笞，一切敢于挑战权威的人，都会被送上绞架或火柱。

这是对宗教裁判所的描绘，自从392年天主教成为罗马帝国的国教以来，教会通过组织农业生产和商业贸易活动，以及各种宗教仪式渗透到社会日常生活的方方面面。

天主教以教诲和修道院对整个社会的教育垄断了几个世纪之久，其不仅引导着社会价值观的趋向，并从社会的统治者发展到了精神世界的控制者，并用精神控制强化对社会的控制。

神圣罗马帝国皇帝亨利四世前往卡诺莎城堡恳求得到教皇的宽恕

最终，教皇可以与欧洲君主一较长短：格列高里七世（Pope Gregory Ⅶ）进行了一系列提升教皇地位的努力，并逼得德皇亨利四世（Heinrich IV）跪在雪地里三天三夜；乌尔邦二世（Pope UrbanⅡ）凭他的三寸不烂之舌挑起了第一次十字军东征，在这个疯狂的年代里成了整个西欧的精神核心；号称“万皇之皇”的英诺森三世（Pope Innocent III）直接向世俗王者开战，奠定了西欧的政治格局。

然而纵使是英诺森三世也得打足精神对付异端，面对这些与正统天主教思想不同的异端们，英诺森三世选择了残酷的镇压，由此形成的传统则长久地在历史上发挥影响。其侄子、继任教皇的格列高利九世（Pope Gregory IX）创办了宗教裁判所（inquisition），并宣称迫害异教徒是教廷的职责之一。而英诺森三世创立的用火刑烧死异教徒的做法也被沿袭了下来，火刑柱后来成为无数坚持真理不盲从教廷的志士的殉难标志。

值得注意的是，美国学者E.彼得斯指出，“宗教裁判所”这一程序的创立本意是维持社会秩序，给弱势群体以司法的保护，对不名誉者的彰显之罪名由公诉人法官着手调查和审判。1184年，教皇卢修斯三世（Pope Lucius III）决定给那些被指控的异端分子获得公正审判的机会，审判将由知识丰富的法官主持，并按照教会证据法的规则进行。这是宗教裁判所的前身。

而在宗教世界看来，异端们只是离群的迷途羔羊，主教有责任按照耶稣基督的教诲把他们带回正途。但是，一旦那些审判法官确定，某只“羔羊的离群”是出于故意，宗教裁判所就只能“别无选择”地将不知悔改和顽固不化的异端分子予以毁灭。

异端分子会被视为危及这个政治宗教体系稳定的不良因素？毕竟教皇的权威就是建立在民众信仰的基础上，且无可替代。

英诺森三世面对政敌，仅用革除教籍一招就能让一国君王失去民主的支持，不严格控制民众的思想，让他们对天主教产生怀疑，教会的权威还能保持吗？所以为了威胁和强迫异端们回归“正宗信仰”的轨道，告密、秘密档案、随意的缺乏确凿证据的逮捕、连同恐怖的火焚和严刑，宗教裁判所使用的手段越来越恐怖。他们甚至连死人都不放过，许多死人被从坟墓中刨出来，再执行火刑。在宗教裁判所存在的约500年间，西欧各地受到迫害的人何止百万，据统计，仅仅西班牙一地，就有38万人被判为异端受到迫害。