清宫太庙采用明朝太庙原址，在天门之北端门之南的东侧。清朝迁都北京，第一件大事便是将其祖、父、太祖、太宗的神位供奉于太庙中。最初，太庙只供奉太祖、太宗神位，后来逐渐充实。在前、中、后三殿中，中殿为太祖、太宗及其后妃，后殿为远祖神位，前殿左侧为有功王爷的神位，右侧为有功大臣的神位。凡国家有大事或四时节令或生辰忌日，便由皇上本人或派官员祭拜太庙，一年到头香火不断。

但孝心极盛的顺治皇帝总觉得这样对待祖宗很不够，希望祖、父，能像生前那样，一日三次总接受到子女的问候才好。便于顺治十三年在皇宫景运门的东侧建奉先殿，以供奉列祖列宗神牌。景运门在清乾清宫外东侧，在其东侧北面是诚肃门，正好与奉先殿北之奉先门相对。

顺治皇帝朝定，每逢皇上生辰、册封大典或皇上出入宫禁都要亲到奉先殿行礼祭告。一年四季节令的日子及每月初一、十五两天都要焚香祭告，同时，像对待活人一样伺候饮食。在列祖列宗的忌日更加隆重。平时都有内务府掌仪司专门负责这些事。立春、端午、重阳及四月初八等特殊的日子都要到奉仙殿后殿陈设香灯，每个神位前摆设着酒肉、水果等供品，这些准备完毕，由一太监打开神龛，由内务府掌仪司的司官穿着礼服上香行礼。

皇上一般在奉先殿前殿行祭告礼。礼仪、祭祀用的器皿与太庙一样，只是减去了许多繁文缛节。

顺治皇帝到南苑或城外其他地方狩猎，凡事亲自猎到的野味。总是派人趁新鲜送回宫中，先于奉先殿祭祀，而后再将一部分献给母亲孝庄太后。