乾隆三十九年（1774），一个海南岛的回民，带了回经，取道桂林返回大陆，桂林知府贵中孚得知，立即将他拘捕，奏请押解北京惩办，还奏请将著经、译经、刻经、传经、赠经的一切人等，统统拿来究治！

贵中孚之所以如此煞有介事，是因为清朝最高统治者一向推行民族歧视的政策，一向鄙夷回教，一向贱视回民。雍正皇帝认为伊斯兰教“一无可取”、回民“率皆鄙薄之徒”。乾隆皇帝也说回经“鄙俚者多”。他们不仅把回族人民诬为“回子”、“回逆”、“回贼”，而且，把“回”字甚至也写作“犯”，以表示回族人民“不侔（等）于人类”！

其实，回族很早以来就是中华民族大家庭中的一员。古书上的“回回”，指的是波斯、阿拉伯一带信奉伊斯兰教的人。唐代时，他们到中国经商、传教的很多。唐、宋之际，他们已和汉人、回纥（回鹘）人有了融合。元代，成吉思汗、拔都西征，又把他们大批地征调来，作为“亲军”、“卫军”打南宋，后来，忽必烈更进一步征调他们，使他们充军、务农或经商，而蒙古人也大量地信了伊斯兰教，这样，就更促进了他们和汉人、蒙古人等的融合而加速了回族的形成。明朝的许多开国功臣（如常遇春、胡大海等），都是回族人。回族散居全国各地，但主要集中在新疆、甘肃、青海和陕西一带。

居住在陕、甘一带的回族人民，不满于清朝入关后的屠杀政策，顺治年间，曾在米喇印、丁国栋等率领下，举行过起义，参加的回民有十万人，号称百万。乾隆时期，居住在甘肃省循化厅（今青海省循化撒拉族自治县及附近地区）的回族和撒拉族人民，遭到沉重的盘剥。最初，政府规定：水田下籽一石，交粮一斗五升；旱地下籽一石，交粮一斗。这个负担已经不算轻了，后来，政府还要在正赋之外，按田亩抽厘谷十分之一二。徭役、兵役也不少：征金川、征西藏、征准部、征台湾，打缅甸，都抽调回民和撒拉族人民。受灾，政府发点“娠济”，官吏们从中克扣，装进自己的腰包。布政使王亶望，吃驴肉只吃活的（从活驴身上一脔一脔地割取），吃豆腐得拿肥鸭汤煎煮！此外，朝廷还在循化厅设置“循化营”驻军，并指使地方官员挑起回族、撒拉族人民间的宗教斗争。

以前，回族是十几户、几十户、百户、几百户独立地聚居，各不相属，因此，伊斯兰各教坊也各不相属，教长也实行着聘请制。明末清初，尤其到了清朝鼎盛时期，随着生产的发展、人民间联系的加强，回族中地主势力的增大，于是，西北地区的回族中，便实行了世袭的地主教长制（门宦制）。这种门宦制的教长，既通过租赋盘剥教民，还通过念经勒索羊、布。回族、撒拉族人民，对此很是不满，恰好听说安定（今甘肃定西县）有个叫马明心的，从叶尔羌、喀什噶尔学习回来，创立了一个新教派，主张只诵墨克经，聘诵者不需交羊、布，只交56文“新忏钱”就可以，大家就把他请了来，和总教长韩哈济唱对台戏。早就和官府通气的韩哈济，再次报告官府，官府便派兵把马明心撵回，韩哈济依仗官府又不断向新教派挑衅，使矛盾越来越大了。这是乾隆二十七年（1762）的事。

但是，新教派却在受压抑中不断得到了发展，十二工的回声和撒拉族人民，竟有九工信了新教！

乾隆四十六年（1781），查家工的苏四十三，干脆请来马明心，要立新掌教，又遭到了旧掌教韩三十八的坚决反对；新教徒忍无可忍，便在苏四十三的统率下，进攻旧教各庄，杀了韩三十八和旧教徒40个。韩三十八的儿子跑到兰州陕督衙门告状，陕甘总督勒尔谨立即派兰州知府杨士机领兵前来，杨士机杀气腾腾，还扬言要清洗新教，这更激起了广大贫苦教民的义愤。4月14四日夜二更，新教徒男女二千，在苏四十三的率领下，袭杀了杨士机等官兵，夺了他们的器械攻下了河州城。

勒尔谨把安定的马明心抓进了兰州城，起义军便渡过洮河，直逼兰州城下。他们拆断了黄河上的浮桥，使清军不得入援，随即将兰州城团团围住，四面大呼释放马明心。当时，兰州城里只有督标兵八百，在西关与起义军打了一仗，已经损失了三百多，布政使王廷赞强迫马明心登城谕众，未成，杀了马明心，起义军于是更加群情激昂。勒尔谨这时正在河州和起义军打仗，并在循化厅大捕起义军家属，听得消息，星夜赶回兰州城。

消息传到北京，乾隆皇帝大为震惊，一面速造大剑子手阿桂、领侍卫内大臣海兰察领京师健锐、火器二营两千兵进“剿”，又令西安将军伍弥泰、提督马彪等驰援，一面又指示“以贼(回族，撒拉族中信旧教的人)杀贼（起义军）”。清军凑足了万余，但都落营于城东，不敢攻打驻扎在城西南高地的起义军；起义军又在城西南关外自由往来，清军仍不敢轻举妄动。清军和起义军小有接仗，也都败了，因此，每天夜里都自相惊扰，只好通宵达旦地放枪放炮壮胆。清军中的新兵，一见起义军，更是“惶递”哆嗦。由于海兰察率旧教回军袭击起义军，起义军才不得不从龙尾山退居华林山。华林山“崖坑陡立，斜通一径”，形势险峻，加之山上牛马驴骡、粮秣火药充足，清军因而还是一筹莫展。乾隆皇帝一气之下，撤了勒尔谨的陕甘总督职，同时下令调来四川、西藏兵一千，蒙古兵七百，共同“会剿”。

6月份，清牢围住华林山，开展了争夺西南大卡的车轮战。起初，起义军还是屡战屡胜，后来，起义军见清军又被打败，就回营休息，不料清军的伏兵却突然进行了袭击，占据了西南大卡，并截断了起义军的水源，使起义军处于十分不利的地位。

起义军突围不成，于是决定继续死守。不幸，8月12日，苏四十三在反击战中牺牲了。清军乘机再次猛攻，被起义军用石头砸退；清军抛掷火弹，妄图烧毁营门，也因天雨而未能奏效。8月15日，起义军撤入华林寺，在韩六十个等的率领下继续抵抗。清军攻之不克，放火烧寺，但起义军没有一个人出来投降，全部在烈火中壮烈捐躯，表现了回族、撒拉族人民反抗剥削、反抗压迫的崇高气节。

镇压了华林寺的起义军，清军又扑向洮南、安定、河州、唐家川、洪济桥，大肆屠杀起义军的余部和家属。家属中的女子，统被发配伊犁为奴，幼男全送云南监毙！他们不仅毁了各地新教寺堂，强设“乡约”，不准教民互相来往，而且还叫陕西提督移驻固原，固原总兵移驻河州，对回族、撒拉族人民进行严密的监视。

然而，人民斗争的火种是扑不灭的。家住通渭（甘肃）小山的田五（马明心的信徒），就在当年（乾隆四十六年，1781）冬天，又开始在远离家乡二三百里的地方，修筑了石峰堡，第二年加固它，在那里聚众礼拜，修造旗帜刀矛，挖窖储粮，以它作为重新斗争的基地。

乾隆四十九年（1784）5月，田五把回族、撒拉族人民的起义队伍部署在伏羌县的鹿卢山、静宁州的底店山、潘陇山，决定六月四日起义，不幸被内奸李应得告密，只得提前起义了。六月，田五首战负伤牺牲。战友马四圭等率众攻下通渭县城。甘肃提督刚塔强迫回民带路，被回民导入无人之境；西安副都统明善由静宁赶来，中途被起义军伏击毙命。起义军声威大震，顿时发展到几千人，横扫千余里，拿下村庄1200余处。

乾隆皇帝下令逮捕陕甘总督李侍尧和甘肃提督刚塔，派福康安、海兰察带了火器营二千兵和川、藏、蒙兵万余，费了九牛二虎之力，才在八月中旬，把这次起义镇压下去。

回族、撒拉族人民两次起义，使乾隆皇帝尝到了厉害。因此，在起义被镇压下去之后，他一方面下令要“诛无孑遗”，一方面也不得不稍稍改变主意，告诫地方官，要他们“设法化导，不可区别新（教）、旧（教）之名，转资犄角也！”这就是说：别再划分什么新教、旧教了，别再挑起矛盾了，无论是新教还是旧教，都要统统设法开导。他害怕回族、撒拉族人民再起义。