塔在中国建筑中并不少见，刚刚从印度传入中国时，是与佛教相伴而生的，塔在印度其实就是一种坟冢，是用来安放高僧遗骨的建筑。在中国古代，大名鼎鼎的高僧，莫过于唐僧了，也就是大唐的三藏法师。唐僧圆寂后，其顶骨舍利就被安放在陕西的紫阁寺塔。

唐朝末年，大军阀朱温将政治中心迁往洛阳，迁走前将长安大肆损毁，紫阁寺破败不堪。到了宋朝时，南京天禧寺一个叫可政的和尚，将唐僧的顶骨舍利从陕西迎回南京，并在天禧寺东侧建了一座石塔，将顶骨舍利安葬在塔下。

明朝时期，永乐六年天禧寺毁于一场大火，永乐十年朱棣在原址重建，取名为大报恩寺，并在三藏塔墓前修建了三藏殿，朝拜的百姓络绎不绝。

清朝时，外部列强环伺，内部起义不断，人民生活在水深火热之中。太平天国运动中，大报恩寺被全部烧毁，从此在人们视线中消失，生灵涂炭的百姓也没有精力关心这些，玄奘顶骨舍利从此长眠于地下，销声匿迹。

1931年，日本发动侵华战争，伴随着侵略和杀戮，日本的侵华史也是一部强盗史，弹丸小国早就垂涎大中国的富庶与瑰宝，如今终于逮到机会，到处挖掘皇陵、偷盗古墓。令他们吃惊的是，中国太神奇了，随便一挖竟能挖出大宝贝。

1942年11月，在南京的日军高森隆介部队正在大报恩寺三藏殿遗址上建“稻禾神社”，在挖地基时，挖出一个石函，上面刻有玄奘顶骨舍利迁移的渊源文字，并发现一个锦盒，里面存放的就是玄奘的顶骨舍利。

虽然日军严密封锁消息，但没有不透风的墙，相继被中国各大报纸报道，中国人民群情激愤，这也引起世界的广泛关注。此时日本在太平洋战争中已屡屡失利，锐气被挫了不少，迫于舆论的压力，日本与汪伪政府协商，将顶骨舍利分为两半，一半还给中国，一半偷偷运回日本国内。

遗憾的是，那一半玄奘顶骨舍利至今没有被追回，被日本供奉在慈恩寺和三藏院。日本人倒也虔诚，前来参拜的人络绎不绝，比拜自己的祖宗还用心。