家庭教育亲情缺失、学校教育安全缺失和社会教育空白是产生"留守儿童"心理问题的主要原因。

1.亲情的缺失是留守儿童问题产生的直接原因

由于父母长期外出，缺少孩子成长过程中必要的关爱，留守儿童成了某种意义上的“孤儿”。这种感情的欠缺影响到他们对外界的认识，缺少了起码的与父母交流的机会，父母无暇顾及他们的情绪情感的变化，这对他们的心理健康极为不利，常引发种种心理病症。留守儿童正处于成长发育的关键时期，他们无法享受到父母在思想认识及价值观念上的引导和帮助，成长中缺少了父母情感上的关注和呵护，极易产生认识、价值上的偏离和个性、心理发展的异常，一些人甚至会因此而走上犯罪道路。

据相关数据表示，在将近2千万留守儿童中虽有88.2%的留守儿童能通过打电话与父母联系，但其中53.5%的人通话时间在3分钟以内，并且64.8%的留守儿童是一周以上或者更长的时间才能与外出的父母联系一次，甚至还有8.7%的儿童与父母没有联系。其中有49.7％的孩子表示想和外出打工的父母在城市生活，但也有44.1％的被调查对象明确表示不想和外出打工的父母在城市生活，有24.2％的留守儿童与照顾他们的监护人很少或从不聊天。这些数据足以证明留守儿童严重缺乏亲人的关爱，这已经成为了留守儿童问题产生的直接原因。

2.监护人的溺爱或放纵加重了留守儿童的问题

原父母的监护责任除了向家庭一方转移外，还呈现出监护责任向祖辈转移，由孩子的祖父母或外祖父母监护，这是一种隔代监护。隔代监护的监护人大部分对留守孩子过分溺爱、迁就、百依百顺、百般呵护，生怕不能在儿女面前交上一份满意的答卷。所以过分的要求一般都能得到满足，并且有时还要替孩子所造成的过错承担责任。另外，由于受到中国传统习惯的影响，隔代亲成为了教育的障碍，老年人与留守儿童思想观念差异极大，存在明显的沟通障碍，教育管理上弊端较多。监护人的过度溺爱或放纵在无形中助长了留守儿童在心理等各方面的不良发展。

3.学校的教育忽视了留守儿童群体的特殊性

我国城乡二元结构的长期存在和国家政策上的倾斜,导致城市和乡村的发展极度不平衡，教育上也是如此。特别是农村税费改革以后，义务教育投入的缺额越来越大。以某一省为例，其缺口已达9亿元，并且目前尚无有效的办法来弥补这一缺口。全省农村中小学教育负债达25.3亿元，占全省教育负债的79.7%，严重的负债率导致了农村学校连教师的基本工资都不能保证，而且政策性补贴及福利费全靠学校自己解决。教育资金的严重缺乏使得农村学校教师结构出现不合理的现象, 农村基础教育师资薄弱。教师大多身兼数职，专职行政人员比较少，基本没有专门的心理教师、生活指导教师，所以只能实行大众化教育，不能给“留守儿童”更悉心的关怀。“ 留守儿童”由于家庭的缺陷大多在学校表现不积极，性格孤僻成绩较差，很难得到老师和同学的帮助，一个更需要特殊关怀的群体却也正是学校和老师放逐的对象。

4.政府部门对留守儿童关注不够

政府部门对留守儿童的关注度相当不够，使得留守儿童的问题变得更加突出。据有关人员调查中的三个镇政府竟然没有一个有外出务工家庭的任何专门资料，没有一个对有多少农民工离家有多少留守儿童做过详细统计，更没有明确提出解决问题的相关政策。关注只是停留在媒体等表面形式上，所谓照顾也就是每年象征性选择小部分“留守儿童”家庭送一些礼物，根本解决不了留守儿童任何实际的问题。薄弱的社会教育，匮乏的教育资源，陈旧的教育观念，这些因素导致了不能有效地弥补留守儿童家庭教育关怀的不足。此外，农村的相关部门对一些娱乐场所（如：网吧、游戏厅）不能有效管理，使一些留守儿童沉迷其中而不能自拔。