在通过绯红女巫血洗整个变种人世界后，Marvel世界迎来了有史以来最大的内讧，并且上升为一场波及所有人的战争--内战。Marvel超级英雄在以前也玩过分裂和内斗，但与这一次内战相比，完全是小巫见大巫。这场内战将超级英雄间的矛盾扩展到最大化，复仇者联盟这座原本有些小裂纹的房子，彻底分崩离析为对立的两面。

这场内战的罪魁祸首，其实也并不能完全归罪在政府头上。世界政府与超级英雄们之间一直存在龃龉，没有哪个上天入地的英雄甘心沦为政府的工具，听候政府派遣。许多英雄认为自己是世界的神，凌驾于法律之上，随意通过暴力等手段维护自己所认可的正义。随着变种人等事件的坏影响以及最近发生的一起超能力者引发的重大伤亡事件被电视台转播后引起了巨大的反响，政府终于决定推出超级英雄注册法案。

这项法案可以说是内战的导火索。法案要求所有的超级英雄必须接受政府注册成为国家公务员，受政府和法律控制，为政府效力。这对自由惯了的英雄们来说，完全无法接受。因此，为了让法案更好施行，政府以新任神盾局局长和国防部长的利诱招降了钢铁侠托尼斯塔克，钢铁侠于是联合神盾局一起开始招降其它超级英雄们。但美国队长首先站出来表示了反对，作为自由派的代表，他表示政府无权以法规限制行侠仗义的英雄。而钢铁侠则是亲政府派的代表，斯塔克有自己的算盘，他欺骗了一些复仇者成员和被权势引诱的英雄支持自己，对待持反对态度的一些，他甚至将他们抓起来关进监狱。由于政府的支持，亲政府派的势力一度压倒了自由派，美国队长为了保存实力不得不带领自己的党羽转入地下，等待时机决战。

最后的决战终于到来。两派势力在曼哈顿区展开决战。双方英雄、曾经的战友，如今却拼的你死我活。BOSS间的对决在钢铁侠和美国队长间展开，经过一番苦战，队长制服了钢铁侠，并要杀死这个忘恩负义的人，却被一群平民拦住，并说服队长，队长明白内斗只会带来伤害，于是悲壮地选择了投降。内战自此结束。但故事并没有结束，投降的队长在被送往法庭的途中，遭人枪杀。代表美国精神的美国队长倒下了。

可以说这个故事中，美国队长是以亚伯拉罕林肯为原型的，那个为了国家的统一做出巨大贡献的伟人最后同样遭到谋杀。但毋庸置疑的是，他的精神流传了下来。美国队长也是如此，史蒂夫罗杰斯倒下了，但对于和平信念，在人们心中驻扎的却更加牢固了。