道光二十三（1843）年，洪秀全得怪病后自称受上帝启示，要清除邪教，拯救世人，传播天主教，洪秀全的族弟洪仁玕(公元1822—1864年)与李敬芳和冯云山成为了最初三个教徒，是洪秀全拜上帝最早的人，但洪仁玕没有参加金田起义，他受过正统的基督教训练，自称精通战略，他一手策划了二破江南大营，亲自带兵出征，但却在安庆城下一触即溃，打仗一塌糊涂，可他会隐忍伪装，潜伏卧底却有一套，他一路上千辛万苦投奔天京这段近乎玄幻的历险，足以堪称洪仁玕是太平天国第一谍报人才。

早年的洪仁玕没有随同洪秀全参加金田起义，1850年冬天，上帝会起义的消息传到花县，由于受到牵连，未参加起事的洪仁玕不得不仓皇逃跑，在基督徒的掩护下跑到香港，投奔了瑞典传教士韩山文。1854年，太平军已定都天京，国力蒸蒸日上，洪仁玕决定前往投奔。这年阴历三月，他拿着韩山文给他的钱，坐轮船从香港去了上海，想借助上海租界的洋人送他去太平天国控制区。可当时清军正在和上海起义军小刀会接仗，通往天京的道路被严密封锁，且小刀会的人根本不相信他跟洪秀全的关系，把他晾了几个月，花光了银子的他只好跑回香港，又居住了四年。

1858年春，一直压制住洪仁玕，不让他去天京投靠兄长的洋教士理雅各回了英国，洪仁玕的母亲也在这年去世。他已无孝道可尽，传教士詹马士被洪仁玕说服，资助了他一笔去天京的不菲的盘缠，并允诺每月用7块银元供养洪仁玕在香港的妻子、儿子（1860年他托人将这些家属送到天京），就这样，没有了后顾无忧，1858年，洪仁玕再次踏上了天京的旅程。

洪仁玕即刻动身前往天京投靠兄长，临别时赋诗一首：

枕边惊听雁南征，起视风帆两岸明。

未挈琵琶挥别调，聊将诗句壮行旌。

意深春草波生色，地隔关山雁有情。

把袖挥舟尔莫顾，英雄从此任纵横。

到广州后，洪仁玕一度被巡防的清军抓捕。由于他已经经历过被清军四处追捕的艰苦逃亡和上海围城两军对峙的惊心动魄场面，因此他将自己打扮成一幅行脚的医生，清军一点也没有看出他就是一个造反的人物，清军草草搜查了他包袱时，只搜到了医书和银钱，因而轻而易举地从清兵手里蒙混过关，他大约是1858年阴历六、七月动身的，从南雄过梅岭进入江西，经过赣州、吉安到达饶州境内，那年八月，在饶州，洪仁玕遇到了与太平军开战的大队清军，当时清军驻防的副将是广西客家人人蔡康业，正在和太平军大将杨辅清打仗，然而让人意想不到的是，洪仁玕没有去投靠太平军，而是去了清军的大营。

洪仁玕凭借一口地道的广东音和蔡康业部下一个郑哨官攀上了老乡，由于当时旅途艰难，出门在外投靠同乡是常事，靠一口客家话依傍同乡军官，确有很多方便，洪仁玕宣传也很有一套，且在香港见惯中西大世面，口才也十分了得，郑哨官没文化，三两下就被这个同乡书生折服，把洪仁玕带到军营去做帮办书案。

洪仁玕混进清军大营，这是太平天国战争史上少有的奇闻，洪仁玕混进清军大营后，并没有去刺探军情，而是设法和各路大头兵交好，希望通过清军队伍靠近天京。

洪仁玕不去投靠太平军杨辅清，却投了蔡康业，这实在是洪仁玕的机智之处。要知道，两军交战，局势混乱，两军对仗时，只身穿越战线很容易被击杀，且洪仁玕是洪秀全族弟，身上没带有身份证明，却冒然跑去太平军的军营说自己是洪秀全族弟，杨辅清也不认识他，会相信他这一套吗？很有可能还会被当做间谍给抓起来，更何况杨辅清是东王杨秀清的亲信，万一杨辅清在此寻天京内讧时的仇，找个借口把他杀了，你说咋办？相比之下，在清军这边，他有蔡康业手下哨官作担保，呆在清营反而更安全。

洪仁玕在清军兵营里面混得相当好，把一帮广东同乡们哄得团团转，要知道，清军打仗就是为了发财，各级军官都在找机会做生意，赚私钱，而要赚私钱，就需要洪仁玕这种人帮忙，不但要口才好，有人缘，而且阅历广。

闻说天京被清军围困后物资紧缺，城内已开始杀马充饥，洪仁玕就想到了一个脱身办法：到天京去走私。

他忽悠那些同乡大兵，说洪秀全在南京里有金山银海，就是缺粮食，说南京城被围困重重，太平军物资进不去，倒是“咱们大清兵”可以过得去，可以让围城的清军给袍泽开点方便之门，咱们干一票走私定能发一笔大横财。

蔡康业手下的两广清军听了这个发财妙计后，感叹这读书人脑子就是灵，大家商拟好后，就让郑哨官代表大家和洪仁玕去天京走私。跟着清军的兵爷走私，沿途清军都不会为难，太平军肯定也有意放这些走私的商人去天京，这正是最安全的去天京的方法。

在洪仁玕去湖北龙平采购物资时，途经湖北黄梅，又被介绍去见同乡黄梅知县覃汉元。这个覃汉元从金田起义起就开始和太平军作战的团练首领，一路打斗到黄梅，是清朝镇压太平天国态度最坚决的强硬派，且对太平天国情报相当熟悉，甚至连曾国藩手下最有名的情报专家张德坚编《贼情汇纂》也要请教他。

这个精明强悍覃汉元并没有察觉到此书生就是清军要逮捕的“贼首”之一。恰逢覃汉元的侄儿患头风病症，听闻洪仁玕学过医术，就请洪仁玕帮诊治，结果药到病除，覃汉元十分感激，给了洪仁玕一大笔酬金。因有了这层关系，覃汉元不时会和洪仁玕见面闲聊，洪仁玕又拿出了十二分的口才忽悠这位知县，而且很顺利地完成了采购，畅通无阻地东下安徽。

洪仁玕读过十多年圣贤书，在香港又学到了许多西方知识，中西结合效果相当好，几下子就把覃知县折服了。覃瀚元见他有才学，能办事，起了爱才之心，于是推荐他去罗田县当师爷。洪仁玕假意答应，以行商身份到了安徽辰塘河地界，他发现当地有一支太平军驻扎，就甩开同伴，带上覃汉元给他的酬金，跑去自报家门，并见到了太平天军守将黄玉成，表明身份后，黄玉成不敢怠慢，当即派兵把这位“天王的弟弟”护送到天京，到达的那一天，是己未九年（1859年）三月十三日，见到了洪秀全后，大家才知道，这个清廷通缉的要犯，居然成功地骗倒了清军和知县，并成为他们的心腹，合伙干走私杀头的勾当，甚至被推举做官，才有机会逃脱并来到天京城，天京之旅可谓十分之惊险，情节曲折，过程离奇，手无寸铁的只身男子携带盘缠，很易被乱军所杀或裹挟，而洪仁玕却能几次在遇到清军后，都能靠自己的机智和口才脱险。不能不说是一个奇迹，因而说他是太平天国第一谍报人才也不为过。

到天京后，因洪秀全“内举不避亲”， 四月初一就封洪仁玕为开朝精忠军师、钦命文衡正总裁、干王福千岁，任命他为军师“总理朝政”，一跃而成为太平天国的第二号人物。洪仁玕接受了此任务之后，向洪秀全呈奏了一篇文章：《资政新篇》。这是他的一篇施政纲领， 倡导向西方学习，进行经济、政治和文化改革，不应当再走中国传统的老路，必须学习当时先进资本主义国家的政治和科学技术。