但好景不长，随着战争的进行日本海军的实力也随之下降。1945年8月15日，裕仁天皇广播了投降诏书，已经到达攻击位置的三艘潜艇对这个消息很震惊，也引发了激烈的讨论。最后战队司令决定遵从东京的命令：将潜艇升至海面，挂起黑旗，销毁了所有资料，发射了所有的鱼雷，把全部的艇载机也抛进了大海。8月28日，在本州以东海面，美国海军接受了伊-400号潜艇的投降。此后，该艇被拖往美国本土进行进一步研究，其中伊-400号被拖至瓦胡岛外海自沉，至此这艘日本的大型载机潜水艇也从从人们的视野中消失了。