袁崇焕被杀后，紧接着就是抄家和缉拿亲属。明廷兵分两路，一路去宁远袁崇焕家里，一路派人到广东东莞袁崇焕老家， 南北查抄。经过翻箱倒柜，掘地三尺来回折腾，崇祯三年年底，户部会同相关衙门向崇祯上报查抄成果。抄没之物分为两类，一类是皇帝历次赏赐给袁崇焕及其家属的委任状（诰敕），及玉带两条、蟒甲一领，还有刻有广运之宝字样的关帝像一尊。此类属于皇帝钦赐物品，不能随便处理，建议缴还内库，还有兵部勘合交回兵部，若干卷佛经转发寺庙。

其他财产包括铜钱九千二百文折合白银一十四两一钱五分，一共估价一千一百零三两八钱五分。这就是大明辽东督师兵部尚书袁崇焕的全部家产。当时一两白银能买一石米，明朝一石大概折合现在一百六十斤左右，现在一斤好米大约六块钱，如此折算一两白银约一千元，一千一百零三两八钱五分大概一百一十万元，以袁崇焕的官职地位而论，说家无余资，毫不为过。

至于袁崇焕老家，崇祯四年经地方官府一再查核，统算袁崇焕死去多年的大哥崇灿、崇灿之子后过继给袁崇焕的兆基、三弟崇煜，包括农田池塘房屋在内，根据地方官府的奏报，全部财产折合白银五千三百六十一两五钱五分五厘，但查抄范围未曾明言。根据奏报中还要追查袁崇焕族人袁初如的财产和请示袁崇焕同曾祖兄弟袁崇祖要不要流放来推测，很可能查抄范围不仅仅是袁崇焕父亲这一支。袁崇焕父亲袁子鹏经营木材生意，家境不错。在这么大范围内抄出五千两银子，也不算多。

同样是抄家，崇祯元年，魏忠贤死党锦衣卫左都督田尔耕抄没赃私银十八万四千八百六十两、金花首饰杯盘等一百二十三两、银器等一千三百两、铜钱二十四万八千八百文、玉带五十一条、金带三条、金钱带三条、当铺九所、住宅一所(当时的房子并不算很值钱，现在再抄家则先看房子有多少)、五犀琥珀玛瑙杯盘一百二十二件。

相形之下，袁崇焕真是穷得可怜。袁崇焕死后，锦衣卫马上捧着圣旨飞骑来到山海关。孙承宗照例接旨，尽管内心也为袁崇焕遭此下场而难过，还是不折不扣的执行了崇祯的指示，派人随同锦衣卫到宁远，逮捕袁崇焕的家属。在去年冬，孙承宗进驻山海关后，已经对袁崇焕的家属采取了实际是监视的保护措施。

锦衣卫来到宁远袁府，开读圣谕，袁崇焕的母亲叶氏和原配黄氏在东莞老家，宁远城中只有妾阮氏、继子兆基和两个小女儿，阮氏一听袁崇焕被凌迟，顿时昏倒在地，三个孩子吓得嚎啕大哭。

饶是锦衣卫官军凶残成性，见此情景，也不禁动容。新任辽东巡抚丘禾嘉把袁崇焕一家主人四人，仆人十五人共十九人押解至北京，崇祯责成刑部会同户部处理。户部尚书毕自严见了这一家家破人亡，巢覆卵破的惨相，不禁心生恻隐。回想他和袁崇焕共事一年多，彼此都能体谅对方的难处，相处还算融洽。己巳之变，他觉得袁崇焕并非没有功劳，后来身受凌迟，也太过残忍，只是摄于皇帝的淫威，不敢为袁保本。再加上，在他弟弟辽东巡抚毕自肃后事的处理上，袁崇焕一再强调毕自肃的成绩，毕自严对此心存感激。因此，决心在其职权范围内，不得罪皇帝的前提下，帮一下这家天下第一苦命人。

崇祯的旨意是将袁氏家属流放两千里，不准解回原籍，但没说具体地点，这就给毕自严提供了操作空间。毕自严在刑部、户部联席会议上，当场拍板，将袁氏家属流放浙江杭州府昌化县（今杭州西部，与安徽歙县毗邻）。浙江满足离辽东二千里外的条件，又是山温水软，气候宜人，袁家安置浙江，相比而言，不算太受苦。

毕尚书做主，余人无异议。袁家就被流放到浙江。不怕没好事，就怕没好人。崇祯四年九月，有人奏报崇祯，说毕自严私下捣鬼，徇私枉法，给犯官家属大开绿灯，分明是和袁崇焕藕断丝连。

崇祯让毕自严回话，吓得毕自严急忙检讨自己失察之罪，连声求饶，把责任推到司官阴化阳身上。毕自严在奏疏中转而大骂袁崇焕罪犯逆天、神人共愤，建议把袁家人转移到云南广西府维摩州（今云南丘北县）安置。崇祯知道目前还离不了毕自严给他搜刮银子，也就没有深究，只是把替罪羊阴化阳降了三级，同时下旨命令浙江巡抚陆完学将袁家人流放维摩州。

于是，袁家人又被从浙江赶到云南。袁崇焕的弟弟崇煜后来被流放福建邵武，也就是袁崇焕当知县的地方。一家人从此天各一方，生死不知。崇祯八年，山东巡抚余大成因孔有德叛乱镇压不力被发配广东电白，刚好遇见崇煜。余大成把随身携带的他任兵部职方司主事时袁崇焕所上的奏书副本都交与崇煜，二人洒泪而别，之后崇煜下落不详。

最可怜的是那两位小姑娘。一个六岁，一个三岁，一夜之间从尊贵的督师小姐跌落为人所不齿的逆贼之女，南北奔波、无依无靠，处处受人欺凛，跟随母亲阮氏在云南瘴疠之地忍辱偷生，苦捱岁月。无人知道她们后来的命运如何，也许早已死在流放之地，也许遭遇种种不测，也许若干年后与家人团聚，如果她们熬过了北明灭亡，清军入关后又是何种遭遇？…,但愿苍天有眼，留其一条活路。

神奇的是袁府男仆袁天赦，也许要感谢给他起这个名字的人，天赦，意味着老天爷也要赦免他。北京拘押期间，袁天赦在崇祯鹰犬环视之下，竟然脱身而逃，从此不知所终。崇祯闻知后极为恼怒，严令顺天府衙门限期缉拿，但一无所获。此后数年，崇祯一直念念不忘这个小小的仆人，多次严令各省督抚痛加缉拿，东北到辽东，西北到陕甘，东南到浙江，华南到两广，西南到四川云贵，找遍整个大明国，却始终不见踪影，成了一大悬案，也许这是让崇祯觉得袁崇焕案唯一不够完美之处。锦州请帑之时，崇祯嫌袁崇焕治军不严，没做到罗雀掘鼠，袁崇焕死后，崇祯对袁崇焕的处理倒是称得上罗雀掘鼠。