大三巴天主教艺术博物馆位于大三巴牌坊后，于一九九五年修建成博物馆，1996年10月对外开放。大三巴天主教艺术博物馆展室在地下层，陈列有多件宗教艺术品，表现了澳门丰富的传教历史。

馆藏精品有:宗教画、 雕刻，如：圣味基圣像》、《日本长崎的殉道圣人》

耶稣会会士于1565年开始在澳门定居，随即以宣扬基督精神为宗旨，有利于东西方文化的交汇与共存，在推动教育事业以及传教工作上有密切的关系。自1602年起，学院设有一座新圣堂，因为之前几座教堂均毁于火灾。圣堂是一座具有三个殿堂的宏伟大教堂，其外貌就如后来考古学者在该处进行一系列重修及兴建博物馆工程之图画所记载的一样。

在建筑上，圣堂由中国和日本的工匠参与兴建，为教堂竖立一个各种文化的典范特征，为耶稣会所颂扬。数世纪以来，圣堂内丰富的内容使参观者留下深刻的印象。

1762年，耶稣会士被逐，并交由市政厅处理。后来在这里设置军营，历时数十载。1835年，在兵营厨房突然起火，波及其余的附属建筑物，摧毁了教堂，并差点摧毁了整座名胜建筑。1990年至1995年，在昔日圣堂的地点进行修工程，并兴建成博物馆。

收藏的展品中有宗教画、 雕刻以及礼仪装饰品等, 这些展品是从澳门所有的教堂和修院的藏品中精挑细选出来的。

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