顺治十六年（1659年）五月十三，郑成功再次率领大军从浙江沿海出发北上。 此时，郑军共有大小舰船3000余艘，兵马10余万。 他首先攻占定海（今浙江舟山），全歼了清军定海水师，焚毁船只100余艘，基本消灭了清军的海上力量，也解除了进军长江的后顾之忧。

五月十九，郑军抵达吴淞口，郑成功派人秘密联络守卫此地的清朝苏松提督（相当于军分区司令）马逢知。 马逢知一直对清廷心怀不满，主要是因为清军的军制问题。 清军主要分为八旗军和绿营军两个系统。 八旗包括满洲八旗、蒙古八旗和汉军八旗，是清朝皇帝们最为信任的嫡系部队。 绿营又称“绿旗”，清初时大多由原明朝降军改编而来。 绿营的人数虽然远超过八旗，但得不到满清政府的真正信任。 因此，在武器装备、军饷待遇、军官升迁等方面都不如八旗军。 因此马逢知作战时消极怠工，只求保存实力。

六月初一，郑成功到达长江江阴水域，清军紧闭城门，不敢出战。 郑成功越过江阴溯江而上。 六月十六攻下瓜洲，六月廿二镇江知府戴可进开城投降。 郑成功大军顺利打开了通往江宁城的锁钥。

攻占镇江之后，郑成功的部将甘辉建议立刻派兵从陆路抄近道日夜兼程直取江宁。 当时清军刚刚大败，士气低落，江宁“城大兵单”，是进攻的最佳时机。 但郑成功却认为江宁早晚是自己的囊中之物，对甘辉的建议不以为然，坚持以舰队为核心，稳扎稳打逐步推进。

当时的郑成功并未意识到，稳扎稳打的战术并不适合从镇江到南京的水文条件。 此处江面狭窄，水流湍急，古时从镇江漕运至南京，在这段江面上常有运船翻覆。 而郑军的海船体型庞大，运转笨重，在江面上逆水而行，很多时候只能靠人力从岸上牵拉前进，速度极慢。 从镇江到江宁的短短距离，他们足足用了10多天，攻取江宁的第一个战机就这样错过了。 历史证明，郑成功成也水军，败也水军。