宇智波一族被灭族，就是为了塑造佐助背负深仇大恨，为了复仇不得已把自己遁入黑暗的一个剧情的需要，可能岸本老师在刚开始的时候，也没想过让鼬和带土联手灭族，但是故事发展到后面，岸本老师也刹不住车了。

如果自己内部发生叛乱，别的国家就会趁虚而入，到时候木叶就会自顾不暇，甚至会造成更大的伤亡，所以以三代为首的领导层，忍痛对宇智波一族痛下杀手。

早在二代火影在位的时候，就对宇智波一族充满着敌意与防备，所以设立了木叶警卫队，以此来消弱宇智波一族的政治势力，并且边缘化他们。到了三代的时候，团藏完美的继承了二代火影的思想，依然仇视宇智波一族。而且又听到了宇智波一族要叛乱的消息，所以以此为契机，杀之而后快。当时也是大势所逼，也不是三代可以左右的。

宇智波一族是因陀罗的后代，骨子里就有不安分的因素，加之他们具有强大的瞳力可以控制尾兽。拥有这么强大的力量，却不能收为己用，木叶留着他们早晚会后院起火，所以为了村子，为了所谓的火之意志，只能灭祖。

当时宇智波一族里数得着的有，宇智波富丘，宇智波鼬，宇智波止水等一众高手。前期宇智波一族在村里和其他人相安无事，是因为有千手一族这个强大的危险在，两个族可以起到相互牵制的作用。但是在二代以后，对于千手一族的描写就少之后少，貌似只有纲手一个人。所以说千手一族的没落，也是宇智波一族叛乱的重要导火索之一。