摘要：本文主要介绍了Circos绘制一张图所需要配置的最少参数，让你对circos绘制圈图有个整体印象。

关键词：Circos、圈图

Circos最简绘图

下面先绘制人的24条染色体的一个大概形状，直接看代码吧！

# circos.conf

karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt

<ideogram>

<spacing>

default = 0.005r

</spacing>

radius = 0.9r

thickness = 20p

fill = yes

</ideogram>

<image>

<<include etc/image.conf>>

</image>

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>

<<include etc/housekeeping.conf>>

在Circos绘图中，<>和</>表示一组设置的开始和结束，比如<ideogram>和</ideogram>，从这个脚本中我们可以看出Circos绘图需要的参数有哪些？

  • karyotype 描述核型的文件，包括染色体的个数，大小等信息；

  • ideogram 这个配置参数主要是关于绘制染色体的设置，包括染色体显示的宽度以及是否进行填充等信息；

  • image 关于图像的设置，比如输出格式是svg还是png或者是同时输出，以及输出文件文件名字等信息；

  • colors_fonts_patterns.conf 顾名思义，这个配置文件是关于颜色和字体的一些设置

  • housekeeping.conf 这是基本框架的一个配置文件，一般直接导入进来就可以使用；

在这样的配置下，运行命令行circos -conf circos.conf，即可得到结果，如下

PS：明天将通过一系列的设置，来让这24个基因组的信息更加的丰满！