指导员，政治指导员的简称。是指解放军连级单位以及武警部队中队的政工干部，是和连长、中队长平级的首长。解放军实行的是“党指挥枪”原则（党对军队绝对领导），指导员一般担任连队的党支部书记，连长、中队长为党支部副书记。根据《内务条令》规定，连队政治指导员的职责是：根据上级的决议、命令、指示，以及连队党支部的决议，紧密结合本单位的实际进行工作。政治指导员应当以主要精力组织进行政治工作。

教导员，全称为政治教导员，正营级。是军队、武警、公安、民兵、等队伍中设置的一级首长职务。在解放军营级部队（武警大队），设营长（大队长）与教导员，他们是同一机构里的不同分工的平级首长，教导员的主要职责，就是做好政治思想工作和党的工作等。根据《中国人民解放军政治工作条例》规定： 政治教导员与同级军事主官同为所在单位的首长，在上级首长、政治机关和本单位党的委员会领导下，对本单位各项工作共同负责。政治教导员是本单位党的委员会日常工作的主持者。

所以指导员是正连级军官，而教导员为正营级军官，属于上下级关系。