在《倚天屠龙记》中的武林为什么没有再出现全真教，这确实是个值得探讨的问题，毕竟《倚天》作为“射雕三部曲”的最后一部，在整个小说系统设定的世界里是同处一个武林。同一个武林中作为一个知名于江湖的一个门派消失，除了灭亡，就是小说中的故事情节不再涉及。全真教没再出现很明显是属于后者，因为在倚天设定的历史背景，正值全真教的兴盛时期，小说也不可能去杜撰它灭亡了。那么究竟是为何不再出现，正是因为历史上的这段时期全真教正值兴盛的原因，导致了金庸先生把他们隐去。

一个和当时的朝廷那么密近的一个名门正派，如果出现在《倚天屠龙记》这样的一个小说武林体系里，处境肯定会十分尴尬的。金庸先生很清楚这一点，他也不可能写全真教成为中原武林人士所称的“朝廷鹰犬”，把他们变成公敌。当年老爷子把尹志平的形象写坏后觉得有辱先人，也把这一人物改成了甄志丙。那么在这种情况下，金庸先生唯有把这个知名的门派在小说中隐去，不再涉及相关的故事情节，把代表道教的武林名门正派这一席位过继给了张三丰的武当派。

之所以在倚天中全真教没落，是因为这一时期的真实历史中它的确没落了。

全真教自重阳祖师仙逝，全真七子分别开宗立派，创遇仙﹑南无﹑随山﹑龙门﹑嵛山﹑华山﹑清静七派，其中已丘处机的龙门派最为兴盛。

丘处机曾受成吉思汗邀请为其讲道，被成吉思汗尊称为神仙。所以在元初时，全真教鼎盛一时，甚至出现了内丹派的南北合宗（全真教为内丹派北宗）。

在神雕中有提到的，重阳宫被毁，元气大伤，此后再也没有听说过全真教什么事迹！由此可见，全真教应该是倒闭了！但是部分人员还是在的，各奔东西，开山立派，丘处机就创立了武当派！接替了以往的全真教！

金庸小说都是世情和武侠和历史结合在一起的，大体框架上没有胡编乱造。宋朝就有全真教，元末明初就有武当派，在小说的基础上可以适当加工创作，但是绝对不会离谱。