进行亲子鉴定，无论最终结果如何，受到伤害最深的首当其冲的当是其中牵涉的未成年子女，鉴定结果往往会对未成年子女的身心健康带来极为不利的影响，从而对其之后的身心健康成长形成障碍，影响其正确价值观以及世界观的形成。

一个原本和睦的家庭，其中一人萌生了亲子鉴定的想法，这原本就是对家庭互信互爱的和谐环境的猜忌与不信任，使家庭成员之间的血缘关系处于一种不确定状态，已是对亲密无间的和睦家庭的一种破坏，若一方再采用欺瞒的方式私下哄骗未成年子女去进行亲子鉴定，不管得到的是肯定抑或是否定的鉴定结果，都将会对婚姻家庭中另一方精神与心灵上造成无法弥补的伤害，同样是对家庭成员之间互信、和睦的关系亦将带来不能修复的裂痕。显然，若亲子鉴定所得出的结论否定了之前的法律意义上的亲子关系，那么对上述这样一个信任关系已遭到破坏、感情基础亦炭发可危的家庭而言更是雪上加霜，面对这样的结果大多数人会选择结束之前的婚烟生活，离开孩子，那么家庭即面临解体，原本拥有幸福家庭的孩子不得不面临失去和睦家庭的残酷现实，并且还要面对社会的舆论，同时鉴定结果更是揭露了孩子的出生违背了社会传统的伦理道德规范，这对于未成年子女的人生观的形成无疑将造成不利影响。

亲子鉴定往往还会造成对他人隐私权的侵犯，从而进一步影响到亲子鉴定相关当事人在社会生活中原本应当受到的公正对待及评价，进而使其名誉降低，人格尊严感亦因此而受到影响。所谓隐私权，是指自然人享有的对自己的个人秘密和个人私生活进行支配并排除他人干涉的一种人格权；而作为隐私权的客体的隐私则是指仅与特定人的利益或者人身发生联系且是权利人不愿为他人所知晓的私人生活和私人信息。