海贼王里有着各种各样的组织，其中有的组织十分地神秘。有些就连海军元帅赤犬都无可奈何，甚至有些还能够影响到世界政府的最高掌权者五老星的决策。

1、CP9

CP9是直属于世界政府的谍报组织。这个组织的存在是完全隐蔽的，就像是黑暗正义的代言人。他们的存在是为了帮助世界政府处理一些没法光明正大解决的事情。除了收集各种情报，这个组织的另外一个作用就是杀人，普通人压根就不会得知他们的存在。

2、杰尔马66

杰尔马66是北海地底世界的王者，拥有高超的科技水平。这个组织的神秘之处在于，人们只在动画书中了解过，很多人都以为他们只是存在于故事中。殊不知，这是一支真正存在的杀人机器。

3、NEO海军

NEO海军是对海军心灰意冷的原海军大将泽法建立的。存在的目的就是彻底消灭世界上所有的海贼。它的成员全部都是由憎恨海贼的人组成。因此对于海贼毫不留情，一出手就是杀招。为了剿灭他们，赤犬甚至不惜动用海军本部的高级战力。

4、CP0

CP0是直属于天龙人的谍报机关，拥有着超乎常人的权力。因为他们只听命于天龙人，因此他们的存在是凌驾于世界政府和海军头上的。对于他们，就连赤犬也无可奈何，被路奇狠狠地教训了一番。而因为他们代表的是天龙人的意志，因此就连五老星做些决策都得听他们的，比如宣布明哥放弃七武海称号是假新闻这件事。

5、革命军

革命军是海贼王中一大相当神秘的事情，到目前为止，也仅仅是让我们了解到了他们的队长，其他的诸如联系的方式，存在的目的，人员的构成之类的一概不知。但是可以确定的是，革命军绝对是不弱于海军的庞大存在。

6、巴洛克工作室

巴洛克工作室是老沙为了颠覆阿拉巴斯坦而设立的。它的存在只有极少数的人知道。有些知道的人已经死了。如果不是薇薇公主深入内部，很多人都还被蒙在鼓里。可以说，如果不是路飞出面干预，阿拉巴斯坦早就易主了。

7、Joke地下组织

Joke地下组织是明哥在地底世界的身份，它是一个进行各种非法勾当的组织，像贩卖武器，交易恶魔果实之类的。这是一个庞大的地下交易组织，可以说波及到全世界各个国家。但是在得知明哥的Joke外号之前，就连海军都不知道它的存在。

8、G-5支部

G-5支部是海军的一个特殊支部。一方面，它是唯一一个设在新世界的海军支部，另一方面，它从来都不是直接听命于海军本部的。而且里面的人都是人们印象中的恶人。所以很多人会把他们当作海贼团来看待。