未腐熟的粪肥，特别是禽粪含盐分较重、易使土壤盐化，升高土壤盐浓度，严重时会导致种子不发芽、烧苗、烧根。还会产生有害气体，毒害植物。而且禽畜粪便中有较多病菌、虫卵、杂草种子等，不经高温发酵，很容易给植物带来不良影响，同时还易引起病虫害。因此粪肥施用前要彻底腐熟，腐熟后分解快，有利于植物吸收，同时在60℃～70℃的高温厌氧环境下，有害虫卵、杂草种子大部分会死亡。

粪肥的腐熟目前有三种常用的方法：

一是结合高温闷棚进行粪肥腐熟。夏季棚室休闲期长，可结合高温闷棚进行粪肥腐熟，腐熟发酵的过程也是改良土壤的过程。在发酵腐熟过程中，土壤中的微生物非常活跃，能够促进土壤团粒结构的形成。

二是棚外堆闷。有足够的时间可以自然堆沤发酵，而时间较短时可以在堆闷腐熟时施用生物腐熟剂。

三是施用菌剂快速发酵。益富源菌肥发酵剂或粪便腐熟剂，能缩短发酵腐熟时间。

根据不同土质选择不同粪肥，有些大棚土壤沙性大，漏水漏肥的情况严重，因此，粪肥应选择纯鸡粪或纯猪粪，这种粪肥纯度较高，养分含量也高，因为粪质比较黏重，对漏肥漏水的沙土地有良好的改良作用。黏性土应施用有机质含量高而矿质元素含量少的粪肥，如羊粪、牛粪，或者是含有沙子、稻壳、秸秆的鸡粪、猪粪等，以改善黏性土壤的物理性状，提高其透水透气能力。这样的粪肥也非常适合改良土壤盐渍化板结较为严重的棚室土壤。