第一任指挥使在历史上没有明文记载，不过有锦衣卫指挥使名分的第一人是毛骧，毛骧制造了胡惟庸死后的牵连大案，最后自己也被朱元璋为了平息众怒而杀头。
第二任是蒋瓛(huán)，历史上蓝玉谋反的罪证就是他秘密禀告朱元璋的，《明史》（卷134）：“二十六年二月，锦衣卫指挥蒋瓛告玉谋反，下吏鞫讯。狱辞云：“玉同景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舳舻侯朱寿、东莞伯何荣及吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等谋为变，将伺帝出耤田举事。”狱具，族诛之。列侯以下坐党夷灭者不可胜数。手诏布告天下，条列爰书为《逆臣录》。至九月，乃下诏曰：“蓝贼为乱，谋泄，族诛者万五千人。自今胡党、蓝党概赦不问。”蓝玉案之后也被朱元璋赐死。此后到建文时代都没有常设。
第三任是明成祖时的纪纲，一度成为权焰熏天的权臣。永乐十三年（1415年），他将《永乐大典》总裁官解缙置于雪地冻死。永乐十四年（1416年）因为支持汉王夺嫡被杀。清张廷玉评：“纲善骑射，便辟诡黠，善钩人意向”。
明英宗时，锦衣卫指挥使是刘勉和徐恭，《明史》记载他们“皆谨饬”。王振上位后，提拔亲信马顺作了锦衣卫指挥使，明英宗被俘后，作为王党“余孽”被活生生的打死在朝堂上。
明景泰时，卢忠当了指挥使，指挥了一把景泰朝的“金刀案”，扑朔迷离之后，卢忠甚至装疯，一把刀引发的血案被内阁和司礼监联手压了下去。“夺门之变”后的指挥使是逯杲（lù gǎo），史载其性强鸷，曾摘群臣细故称帝意。公然索贿，胡乱按罪，被准备谋反的曹吉祥（曹公公？！）的侄子曹钦发现了无间身份后砍了，为事业献身。接任的是门达，也不是好人。
明宪宗继位后流放广西。不过天顺朝最出名的指挥使是皇帝的大恩人袁彬，《明史》评：夫始之不能制其不出，出不能使之早旋，枕藉疆场，无益于败。然值仓皇奔溃之时，主辱臣死，志异偷生，亦可无讥于伤勇矣。明朝只有他服侍了两代皇帝且皆是正牌卫使。去世时官爵为光禄大夫、上柱国、左军都督，为帝国超一品的大员，连母亲和妻子都是一品诰命。另一位在同期做过锦衣卫指挥使的是蒙古人哈铭，他和袁彬是唯二与英宗在“土木之变”后共患难的。还留下一本回忆录《正统临戎录》。
宪宗朝的第一位指挥使是万贵妃的弟弟万通。后继者朱骥持狱公正，风评不错。弘治朝的牟斌也是个厚道人。
正德朝时，锦衣卫指挥使石文义与张采攀附刘谨，刘瑾倒台后也被处死。接任指挥使的是钱宁，钱宁从小被太监义父“嬖之”。做御前侍卫时更是跟武宗同睡一张床，后来被武宗皇帝亲近江彬扳倒。江彬继任锦衣卫指挥使和武宗皇帝也是“出入豹房，同卧起”，且同时兼管东厂。武宗死后，江彬也被杀。
嘉靖朝锦衣卫指挥使更迭很快，朱宸、骆安、王佐、陈寅都是嘉靖在安陆兴王府的旧部。之后就是陆炳，他是嘉靖奶娘的儿子，而且还于火灾中救过嘉靖的命，居官并无过甚之恶迹，并且对士大夫折节有礼，不曾陷害一人，为朝士所称。明代唯一的以三公兼三孤，中年暴毙。
嘉靖三十九年接任的是朱希忠，他是“靖难”功臣朱能的后人，袭封成国公。万历朝张居正时代的指挥使是刘守有，他是名臣子弟，出身好。后期是骆思恭，到天启四年，在“移宫案”中出了大力，可惜被魏忠贤陷害。接任指挥使的是田尔耕。
崇祯皇帝继位后完结。接任的是骆思恭的儿子骆养性。多尔衮入京时降清，任天津总督，请豁免明季加派钱粮，未允。又因擅自迎接南明弘光帝使臣左懋第而革职，但仍加太子太傅、左都督。后授浙江掌印都司。不久逝世。之后是吴孟明，缓于害人而急于得贿。
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