同治陕甘回乱的终极目的是要建一个回教国，太平军陈得才、顺天军蓝大顺、捻军张宗禹等起义军进攻陕西，给其提供了直接暴乱的机会，而回、汉之间的夙怨则成为相互屠杀的动因。

当时，当太平军进入陕西的消息传来后，负责渭南安保的团练训导赵权中，率领了500回勇前往秦岭隘口布防；当回勇听说太平军已经越过秦岭，进至尹家镇时，就各自解散了。而回首洪兴、禹祥等人趁机派人“赴尹家卫输款”，主动引太平军东进。解散的回勇中有个叫叶三元的回勇路过圣山小张村时，看上了王老汉家的竹子，以后就发生了著名的“圣山砍竹事件”。这一天正是同治元年（1862年）四月二十三日。双方约了一次群架之后，回民有两人当场挂掉，汉民死伤不详。也就在这一天，太平军攻占了华州赤水镇，洪兴、赫明堂、任武等头子通过煽动、蛊惑，啸集了三千多人的回民队伍，其中也包括参加砍竹打架的回民。洪兴假装请求抵御太平军，实为逆谋。于是东至同州（大荔县），西至华州（华县）、渭南的回民开始蠢蠢欲动。

此后，又发生了团练头目张映兰、白祥生在麦地诛杀17个回民间谍的事件。于是回、汉矛盾进一步加深，回、汉大械斗开始。清廷早已觉察到陕西回民谋逆的迹象了，多次紧急谕令陕西巡抚对回民要“密为防范，毋令反侧”。陕西回乱从四月二十四日正式开始，由团练焚烧回村秦家滩、乜家滩等事件引发。回民有歌谣曰“事由先赶秦家起，火烧秦川八百里。”

小便这里再次介绍一下团练。团练是清廷在无兵可调的情况下让地主、官员临时拼凑起来的民间防御组织，有汉民也有回民，就相当于现在的治安联防队员，没有财政编制，自行解决工资。团练往往是一群乌合之众，由游手好闲的流氓、地痞组成，打架斗殴、敲诈勒索是他们的长处，一旦上了战场就不行了，正如清人李启讷在《忧愤疾书》中所说：“团练之设，名曰弭乱，实为乱阶。推原其由，善良者畏事，绝不与闻；刁滑者喜事，争先恐后。迨至充为团练头目，吓诈乡邻，借端索求。又有无赖游民，每日支得口粮，百十为群，抢劫成风，此风一炽，天下多事矣。如今岁关中回、汉相杀，虽属回民滋事，实由汉人有以激之也。”为了古文小白阅读方便，这里翻译一下，“团练的设立，名义上说平乱，实为祸根。推究其原因，善良的人怕事，绝不参与；流氓喜欢搞事，争先恐后的参与。等到了当上团练头目后，就恐吓地方百姓，借故勒索钱财。其中又有无赖，每天领了口粮后，成十上百的集在一处去抢劫，这个风气一旦炽盛，天下又多事了，如今年回汉相互仇杀，虽然是回民滋事，其实是汉人激发的！”

太平军在进攻华州赤水镇前，团练确实抓到一个回民间谍，被处死了。这就不得不让官府和团练怀疑整个回民的举动。于是团练包围了回民聚集的秦家滩和乜家滩，声称回民造反，要进行清剿。秦家村的回民自知无罪，苦苦哀求，团练不答应，趁机抢劫了秦家村，并放火烧毁，当然也杀了人。根据推理，秦家滩和乜家滩的回民应该是无辜的，因为暴乱的回民都是些精壮男子，他们在团练到达前已经到渭河北岸去了，留下了老弱妇幼。刘东野在《壬戌华州回变记》中说：“华阴义和村各团行至下庙，闻回族北渡状，且望见迤北烟火，遂烧秦家庄、乜家滩。佥议分守渭河南岸，孟村里弋连珠、毕步高，侯坊里李永吉、平定坊、魏家庄先后渡渭击贼，辄陷没。”可见团练行至下庙时，回匪已经渡过渭河北岸了，而且是一路烧杀，于是团练就烧了上述两村。总有些人说是团练想要屠尽回人，回民才反抗起义的，团练为什么要屠你呀？怎么不屠普遍百姓？他有病呀！别忘了团练中有汉民也有回民。

秦家滩、乜家滩等沿渭一带的回村被团练烧杀之后，回民纷纷北渡，向渭北仓头镇和大荔沙苑回民聚居地方集结，于是出现了传帖杀回的谣言！事态开始扩大，回民也开始传帖杀汉。大荔、华州、渭南的回民分别于四月二十四、二十五、二十六日开始暴乱，纷纷向南王阁村和渭南仓头镇等地集结。于是回匪于四月二十五日血洗了八女井村，二十六日合围八女井之二朗庙，团练大败，死伤近千人。随后回民又占领了羌白、王阁村等。二十七日，赵权中族人刘锡裕与二回民头目，强邀赵权中往礼拜寺议事，结果双双被杀，回民又烧毁了孝义镇。到了五月二日，回民北进蒲城，击败伏龙、平路各乡团，攻克兴市镇、王庄堡，歼灭团练1700多人。五月四日，巡抚瑛棨派张芾前去招抚，结果张芾被任武等回匪大卸八块，余人亦遇害。五月九日，渭北回民南渡渭河，横扫了东至华州城、下庙，西至赤水、大涨，南至田村、郭村、双碑、涨村等地的团练。

张芾被杀后，清廷以回民“攻城戕官，劫留官绅”已属叛逆行为，遂决定派兵入陕镇压。此时，省城东路之蓝田、临潼，北路之高陵、富平、蒲城、泾阳、三原、同官，西路之咸阳、兴平、户县、乾州、邠州、礼泉、凤翔、宝鸡等已为回民所据，整个陕西遍地烽烟。

五月中旬，西安形势已岌岌可危，仅有孔广顺的3000人防守。另有梅锦堂、石仓团练数千驻扎西关金胜寺。

五月二十一日，回军围攻同州府城。八月四日，崔伟在东关麻家崖起事……

当时陕西回乱初期有六个中心：一是大荔王阁村、羌白村中心；二是渭南仓头中心；三是泾阳、高陵、临潼中心；四是省城四乡沙河中心；五是咸阳渭城、苏家沟中心；六是凤翔府城中心。

1、大荔王阁村、羌白一股回军的领导人有赫明堂、于彦禄、陈林、禹得彦、大瓜旦、于六阿訇等。

2、渭南仓头一股回军的领导人有任五、马进林、洪兴、于快三、马彦英、于三元等，此外还有阎兴春、蓝明泰等。

3、泾阳、高陵、临潼一股回军的领导人有杨文治、马生彦、毕大才等。

4、沙河一股回军的领导人有马德兴、马正和、孙玉宝、白彦虎等。咸阳一股回军也归毕大才领导。

5、凤翔回军首领是崔伟。

陕西回军共成立了十八营元帅，分别是马正和、白彦虎、余彦禄、崔伟、陈琳、禹得彦、冯君福、马长顺、杨文治、马正刚、马生彦、毕大才、阎兴春、蓝明泰、哈连金、邹保和、张代雨、马维骧等，另外还有赫明堂、孙义宝等。随着多隆阿入陕平乱，陕西回军节节败退，开始撤往甘肃董志原地区。多隆阿殉职后，左宗棠接任，平定陕甘回乱。最后陕西回军十八营首领战死七人：马正和、杨文治、张四明、王明章、沙学德、赫明堂、冯君幅，另外任武、洪兴等人也挂了；投降九人：禹得彦、崔伟、余彦禄、蓝明泰、阎兴泰、邹保和、陈林、马生彦、华大才，只有白彦虎一人走脱，去了中亚。