二战期间，日军军队的确出现过吃人现象。

1943年日本入侵新几内亚，新几内亚是太平洋上的岛国，后勤补给严重依赖海路运输，太平洋战争后期，海上交通逐渐被美国控制，新几内亚开始处于断粮状态，一些日本士兵为了活命，开始以人肉充饥。

1944年11月18日，日本陆军第41军团长签发和下达了禁止士兵吃人肉的秘密命令书。其中写道：“近日，抢劫，杀人，吃人肉等事件不断在军团的管辖区里发生，给士气带来了恶劣影响。因此，有必要对犯罪士兵采取措施，严加管制。”命令书还附有禁止士兵吃人肉的详细措施，其中：“吃人肉是人最大的罪行，一旦查实应处以死刑！”但又明确写着：“如果吃的是敌军士兵的人肉，则不在此惩罚范围之内”等。

可见日军上层是知道士兵有吃人肉这件事情的，但碍于当时形势并没有制止，命令书的本质在于避免军队内部的混乱，而并非阻止士兵吃人肉。

据后来当地媒体考证，在几内亚不仅有日军俘虏的澳大利亚士兵被吃掉，还有部分土著也遭到日军毒手。，总量可能超过百人，为此战后澳大利亚还起诉了部分日军军官和士兵，在新几内亚的战犯法庭上一名日本军官就因犯有食人罪而被处以绞刑。

除了自己吃人肉，日本人还强迫劳工吃人肉，日军1942年以修建机场等军事设施为由，从朝鲜半岛掳走800至1000名劳工前往马绍尔群岛米利环礁修筑机场，后期由于补给困难，动起了人肉的脑筋。1945年部分劳工发现日军提供的“鲸鱼肉”与以往不同，而同期有劳工不断失踪，怀疑吃的是劳工的肉，1945年2月28日，将近120名朝鲜人劳工杀死7名日本人监工后发动起义，后被日军血腥镇压，据2006年韩国“对日抗争时期强征受害调查及国外强征牺牲者支援委员会”发布的《马绍尔群岛朝鲜人抵抗事件和日军镇压真相调查报告》显示，这些人都是因为拒绝吃劳工人肉还被日本人杀害的。

在这场吃人大潮中，美国也没有独善其身，1944年9月2日，美国空军轰炸机在轰炸小笠原群岛过程中被日军击落，八名飞行员跳伞后被俘虏，后全部遇难，其中4人开膛破肚之后吃掉了肝脏和大腿上的肉。而唯一逃走的飞行员就是后来的美国总统老布什。

而二战日军士兵原长一在《骷髅的证词》一书记载，1944年菲律宾棉兰老岛的战斗中，走投无路的日军竟然发生过自行残杀吃肉的血腥景象，简直无法想象。