小龙虾喜欢打洞穴居，具有利用洞穴保护自身的本能。打洞的位置通常在池埂、岸边水位线上下20cm的范围内，方向是笔直向下或稍倾斜。夏季洞穴深度一般为30cm左右，冬季达80~100cm。小龙虾白天入洞潜伏或守在洞口，夜间出洞活动；春季喜欢活动在浅水中，夏季喜欢活动在较深一点儿的水域，秋季喜欢在有水的堤边、坡边、埂边和曾经有水、秋天干涸的湿润地带营造洞穴，冬季喜欢藏身于洞穴深处越冬。

小龙虾掘洞时间多在夜间，可持续掘洞6~8h，成虾一夜挖掘深度可达40cm，幼虾可达25cm。成虾的洞穴深度大部分在50~80cm，少部分可以达到80~150cm；幼虾的洞穴深度在10~25cm；体长1.2cm的稚虾已经具备掘洞的能力，洞穴深度在10~20cm。洞穴分为简单洞穴和复杂洞穴两种：85%的洞穴是简单的，即只有一条隧道，位于水面上或水面下10cm；15%的洞穴较复杂，即有2条以上的隧道，位于水面以上20cm处。小龙虾一般不在池塘底部打洞。苗种生长期间不善打洞，所以，小龙虾是否掘洞可以作为判断其是否性成熟的标志。

繁殖季节每个洞穴中一般有1~2只虾，但冬季也常发现1个洞中有3~5只虾。小龙虾在繁殖季节掘洞强度增大，在寒冷的冬季和初春，掘洞强度微弱。