埃及起义：公元前405年，在第二位阿米尔泰乌斯（大概是第一位的孙子）领导下，三角洲地区爆发了起义。他在位时期的6年被年代学家归入出自赛斯的第28王朝；本土的年代史家说到“他在位时期的法律”。起义迅速蔓延到尼罗河上游；在凯尔奈克，蒙图神庙向南扩建了一座大门。埃利潘蒂尼的犹太雇佣军尽管声明自己忠于波斯，并且在上次流产的起义期间尝够了埃及祭司的苦头，还是被迫改变了他们的忠诚。根据其档案库一份时间最晚的纸草文书（写于阿姆尔提斯15年7月25日），耶布要塞阿拉米人那波库杜里之子米拿现之女萨卢阿2谢克尔—这是银子，还有1斯泰特；如果他不在5天之内付出，钱数就将翻倍。斯泰特作为交换单位使用，证明在即将到来的埃及独立期间，希腊的影响稳定上升；在强烈的民族主义君主统治下，殖民地的命运几乎不可能是幸福的。

库那克萨战役和万人行军：叙利亚总督阿布罗科马斯已经调集了一支大军，准备前去重新征服埃及。居鲁士出现之后，阿布罗科马斯退却了，尼罗河流域获得了长期的喘息。入侵者沿着幼发拉底河而下，行军到距离巴比伦只有60英里的库那克萨，没有遇到顽强的抵抗。

大量变节者纷纷出城，希望因为第一个迎接未来的胜利者而得到奖赏。阿尔塔巴里马斯打算效仿这些人的榜样，但被察觉并被扔进大火中烧死。受到这些变节行动的鼓舞，小居鲁士准备迎战其兄率领的庞大军队，阿布罗科马斯现在也与其兄联兵一起。公元前401年9月3日，进行了一场决定性的战争。由于克里尔库斯娴熟的指挥，雇佣军打败了右翼的对手。希腊指挥官曾建议居鲁士不需要暴露自己，但当他看见对面的兄弟时，忘记了警告，愤怒地向其兄冲过去。他虽然杀伤了阿尔塔薛西斯，但自己却被杀死了。

阿尔塔薛西斯亲自使小居鲁士的尸体四分五裂，还命令割下居鲁士的首级和一只手，这对幸存者是个重大的打击。因为他将它们到处展示，以证明自己取得了胜利。帕里萨提斯已经名声扫地。因为在居鲁士回到自己的行省，征募军队准备入侵时萨提巴赞尼斯指控奥龙特斯与王太后有染。御医克特西亚斯坚持认为控告是毫无根据的。但是，阿尔塔薛西斯显然并不这么想，因为奥龙特斯被处死了。

听到入侵已经失败，她心爱的儿子已经死亡的消息，帕里萨提斯急忙前往巴比伦。经过多次争论之后，她说服倔强的儿子交出了小居鲁士遗体的残余部分。最后，它们在苏萨得到体面地埋葬。剩下来的事情就是复仇，悲痛的王太后迅速实现了目的。巴加帕特斯被割下首级，虽然他是奉王命行事。但是，帕里萨提斯掷骰子赢了他，王太后命令将他活剥并钉死在十字架上，他只能软弱地屈服。她将据说是杀害小居鲁士的卡里亚人折磨至死。总督米特拉达特斯醉酒时自夸曾经鞭打过尸体，受到了同样严厉的惩罚。

提萨费尼斯已经进宫。他的警告都已证明是正确的。国王需要他的帮助以解决最迫切的问题帝国心脏大量训练有素的希腊军队。梅农因为小居鲁士公开偏爱克利尔科斯而不满。他很容易就被争取过来了。应普通士兵的要求，包括多疑的克利尔科斯等将领被劝诱去见提萨费尼斯。很快，他们就被戴上镣铐，送到巴比伦。在那里，阿尔塔薛西斯伤后复原。克特西亚斯竭尽全力帮助克利尔科斯，帕里萨提斯竭力想放了他，但是，她为朋友所做的事情，没有她对敌人所做的那样成功。斯塔泰拉的主张占了上风。除了变节分子梅农之外，所有的人都被杀死了。帕里萨提斯只能命令宦官在克利尔科斯坟墓周围暗地里种上棕榈树，以示纪念。

缺乏纪律的希腊人使他们的将军送掉了性命。军队对这次灾难的反应，最能体现自由人的自律。新的领导被选举出来了。这支失败的雇佣军服从新领导的命令，在亚美尼亚寒冷的冬天，一直向北前进。公元前400年春，万人大军到达了期盼已久的特拉佩祖斯海边。这次长征成就非凡。后来的演说家从来就没有停止过颂扬，而且反复引用万人远征来证明庞大的波斯帝国是多么容易被摧毁。但是，对于黑海北岸的城市来说，要应付这些衣衫褴褛、喜欢争吵和寻衅闹事的雇佣军，这些从希腊世界各个角落来的流氓无赖，以及他们无休无止的食物供给要求，绝不是一件浪漫的事情。他们并没有因为英勇的功绩得到期望的那种承认和理所当然的奖励，他们总是被迫从一座惊慌的城市前往下一座城市。

阿里亚尤斯追随小居鲁士入侵，参与库纳克萨大战。小居鲁士死后，他被赐予空缺的“王位”。但他拒绝了。他在逮捕希腊将领的过程之中扮演了重要的角色。作为奖赏，他得到了大弗里吉亚行省。第二年（公元前400年），在苏萨的一次平常宴会中，王太后鸩杀了王后，从而结束了控制软弱国王的斗争。阿尔塔薛西斯非常恐惧，将帕里萨提斯驱逐到其出生地巴比伦。但由于斯塔泰拉去世，他必须依靠某个强有力的人物，帕里萨提斯很快又回到宫廷中。