公元1247年西藏萨迦派宗教领袖萨迦班智达应蒙古汗国皇子、西路军统帅阔端的邀请，在百塔寺成功地进行了历史性的会谈，即“凉州会谈”，颁发了《萨迦班智达致蕃人书》。从此，西藏正式纳入中国版图，成为中国领土不可分割的一部分。

凉州会谈之后，萨班并没有返回西藏，在凉州驻锡讲经说法，5年后在白塔寺圆寂。阔端王亲自主持大典，为萨班修建了高16寻（一寻等于八尺）的灵骨大塔，以此纪念萨班。后又以这座大塔为中心，周围陆续修建了99座小塔，因为大塔小塔共有100座，因此白塔寺又称为百塔寺。

99座小塔，高度和造型各不相同，总共是有5个尺寸，分别为5米、7米、9米、11米和19米，8种塔的造型是藏传佛教当中最具代表性的如来八塔（从如来的出生、转世、得道、降魔、圆寂、升天等八个境界，修了八种塔形）。