黄大仙祠俗称黄大仙庙，在旧芳村区东漖北路北段西面、百花路东段北面。现花地河南岸有花海街，花海街南侧有一条小巷名杜家巷，民国时称黄仙街，因南面曾是黄大仙祠。

黄大仙是道教著名人物，民间尊为“普济劝善，有求必应”的神仙，这种民间信仰大约始于明末清初，至今绵延了数百年。不过广州人建祠以供奉，却是迟至清代后期，相传是建于清咸丰六至八年（18561858），亦有确指其建于咸丰三年（1853）或咸丰七年（1857）的。那就是芳村黄大仙祠，地点在当时花地大凼尾即今芳村新复建之黄大仙祠之西北侧。当年古祠北边是花地河，东畔是花地河的支流桃溪，西边也是花地河的支流名桃湾，南边则是开阔的田园，当时堪舆界人士认为这是“泗水回归，龙盘之地”。意思是说黄大仙祠位于珠江众支流的环绕之中，将来必定香火鼎盛，如龙之腾飞。

据考，这座芳村黄大仙祠是广东境内最早以黄大仙命名的庙宇。不过，在其初建之时，只是一座三进的普通庙宇，亦就是三间简陋平房（亦有传原来只是一幢民居，光绪十五年该祠重建，才建成三进的庙宇），那时民间的黄大仙信仰远非如后来之盛，因而这祠并没有多大的名气，但已有了给穷人赠医施药的义举。因为传说中的黄大仙擅医术，有赠医施药以拯救黎民的种种善行。

光绪十五年（1889）曾重新修葺祠庙。此庙真正风光起来，是在清光绪三十年（1904）。相传当时的广东水师提督李准的母亲得了怪病，遍寻广州城中名医，却俱束手，以致历久不愈。李准偕母亲到黄大仙祠一试，并许诺若母病得愈，必重修庙宇，再塑金身。祠中草医认为李母并无大病，只是进补太多积滞而已，开了几剂大泻大消之药，服后果然奏效，老太太病愈。李准为报谢神恩，发动城中富商和海外侨胞捐资，并请来能工巧匠重修黄大仙祠，完工后捐款犹有剩余，便在院后购得百亩果园，作为黄大仙祠的永久产业。

这座重修后的庙宇颇为壮观，占地达30多亩（约合2万平方米。一说占地面积8万多平方米。一说占地130亩那是把院后的百亩果园也计算在内），成为芳村地区三大寺庙之一（另二处为大通寺和小蓬莱仙馆）。

祠深三进。祠前建一座雄伟的石牌坊，牌坊外立一对深雕达11厘米的，雕有云纹、花卉、飞禽的花岗岩石柱状如华表（今幸存的一柱断为两截，共长3.8米，其中刻有对联的半部“暮鼓若晨钟”）；祠额石刻楷书阴文“赤松黄大仙祠”，门两侧嵌一副花岗岩石刻对联:“叱羊传晋代，骑鹤到南天”（今幸存半块，上刻三个凸出的楷书大字“叱羊传”，余字缺）。上款是“光绪三十一年乙已孟秋上瀚毂旦”（光绪三十一年即公元1905年）。石联宽0.9米，长约1.6米，雕工非常精致。联上首正中刻有“万兴店”，右刻“杨教忠”，左刻“李石保”。据传，万兴是当年佛山的一间石店，杨、李则是两位雕石名师。二人各刻一边，互相竞技。这是一件十分珍贵的石雕艺术品。而从此半石联推断，当时祠门墙高当在4米以上。

第二进为中殿，正中供奉如来、弥勒、文殊三佛，右为观音大士，左为护法神韦驮。第三进即后殿，是二层建筑，底层是道士、香烛杂工起居之所及会客之处，二层是藏经阁。大殿两侧为青云巷，方便出入；隔青云巷有两庑，一是赠医施药处，内设药房，费用随缘乐助，贫者不收分文因而此祠实兼有慈善机构性质。另一处是解签及出售香烛用房。这庙宇建成后即名闻广东，成为芳村地区最宏伟之灰墙绿瓦建筑。当时的黄大仙祠与四周的大通寺、东园、恒春园、合记园、听松园、杏林庄、康园、小蓬仙馆等名胜构成了芳村地区最著名的多姿多彩的园林景区。

辛亥革命后，广东军政府提倡破除迷信，黄大仙祠于是日渐萧条。逐渐荒废。当时陈景华返穗任警察厅长，有感于社会对荏弱女子的摧线，曾在祠中办过广东妇女教育院。辛亥革命志士潘达微亦在黄大仙祠故址上创办花地孤儿院。这是广州较早的慈善机构。后易名为广东省公立孤儿教育院、广州市公立孤儿教养院。据统计，至1933年，在该院毕业的孤儿共有1100多人。当时祠中院落仍十分宽敞，殿后的百亩果园遍植荔枝。每到年节，仍保留了从前的热闹，在寺前广场办庙会，唱大戏，该院亦同时开成绩展览会及售物，专船迎送，游者络绎不绝。同时举办义卖活动，不少文人雅士也会在当天到此挥毫义卖，筹集社会救济资金。收入用于孤儿开支。

自建孤儿院后，旧黄大仙祠实际上已不存在。20世纪20年代初期，市政府下令取缔市内一切淫祠庙宇，黄大仙庙属取缔之列，香火顿失。1938年10月广州沦陷，旧祠成了日伪宪兵司令部。1939年遭拆毁，青砖、大梁被变卖，旧祠从此消失。黄大仙祠庙会停止举办。抗日战争胜利后，此地又复建为孤儿院。当时犹可见废碉堡和被害者遗骨。1952年，政府将重修的孤儿院改名为儿童教养院。后废置。1958年，政府大力宣扬破除迷信，普济坛（黄大仙庙前身）被封闭，建筑物被拆。1967年“文革”期间，红卫兵将其全部摧毁，普济坛变成了耕地，相传当时尚存一块石碑，上书“赤松黄大仙祠”。现尚存几根石柱和几块石雕门饰而已。

一座古祠庙经历了如斯沧桑，彻底消失了。1993年12月23日，黄大仙祠重建奠基仪式举行。新黄大仙祠坐北朝南，占地面积1.56万平方米，总面阔3米，深两进130米，建筑面积3800平方米。垒土为高台，再在上面修建殿堂，即采用升高建筑，远远便能看到，显得气势恢宏。

新祠于1999年2月6日（春节）对外开放，其位置在旧祠遗址东南侧，大殿位置便是旧祠的门前广场。新建黄大仙祠没有沿用传统寺观三进院落小空间模式，而是引入现代建筑大空间、大尺度等手法，采用纵向中轴线布局。主体建筑黄大仙殿位居中心，宏伟壮观，中轴线两边的建筑结构均衡，疏密有序，整体建筑风格与香港的黄大仙祠相近，但规模比香港黄大仙祠更大。