提到海盗，现在的人们首先想到的可能是加勒比海盗。但实际上，在咱们中国历史上不仅也有海盗，而且其历史比加勒比海盗久远得多。据《晋书》等相关历史记载，中国早在东晋就已经有海盗活动了，这支海盗的头目就是本文讲到的“海盗之祖”——孙恩。

孙恩出身琅琊郡的孙氏家族，祖上是西晋“八王之乱”中司马伦的谋士孙秀，世代信奉五斗米道。尽管孙家在北方算是士族，但跟着东晋政府来到南方后相关特权已经丧失，变成了下层百姓，不能参与东晋“九品中正”选官了。

变成下层百姓的孙家自然要靠自己的努力谋条生路，于是孙恩的叔父孙泰就拜了老师杜子恭学习秘术。之后，孙泰不仅靠着这些学来的秘术成了南方五斗米道的首领，教徒遍天下，还成了东晋会稽王司马道子的座上宾。

人有了实力往往就膨胀，孙恩的叔父孙泰也是如此。当时，东晋朝廷兼任宰相的会稽王司马道子委托品行不端的王国宝（出身东晋王氏家族，谢安的女婿）处理政事，自己则终日沉湎酒色玩乐，不务正业，因此朝政昏暗。由此引发了驻守京口的大将王恭起兵“清君侧”的事件。一时间，东晋小朝廷鸡飞狗跳，处处显露出将亡之兆。看到这一切，孙泰认为谋反当皇帝的机会来了。

正当孙泰紧锣密鼓准备造反之时，司马道子察觉了他的阴谋，于是立刻把他杀了，并四处搜捕余党。此时，孙恩也在被抓捕之列。为了避免束手就擒，孙恩带着孙泰的余党百余人逃到了浙江沿海的一个海岛（据史学家推测，这个海岛应该是舟山群岛），伺机为叔父报仇。

公元399年，孙恩等待的这个机会来了。这一年，发生了司马道子的儿子司马元显强征因三吴门阀免除官奴身份而成为佃农的广大民众到建康（今江苏南京）以充实兵员的事件，引起了各地门阀贵族和普通百姓的不满。趁着人心不稳的势头，孙恩带着手下的人马先后攻破东晋多个郡县，杀死会稽内史王凝之等多名高级官员，兵力也激增到了数万人。当时，东晋三吴地区的八个郡都有人响应他，兵力很快又进一步增长到数十万人。此时的孙恩本想借这个势头攻进建康（南京），推翻东晋。但很快，为东晋镇守北方的名将刘牢之率兵回援了。在刘牢之的进攻下，孙恩被迫逃回了海岛。

公元400年五月，不死心的孙恩再度登陆，连克多个郡县，杀死了东晋重臣谢琰等多名官员，抢掠了大批财物，最终在刘牢之等将领的进攻下再度逃回海岛。（刘牢之简直就是孙恩的克星）

一年后的公元401年，孙恩再度大举向东晋大举进犯。但这一年的两次进犯都很不顺利。三月份，他刚一登陆就在句章（今宁波一带）被刘牢之所败，第三次逃回海岛。五月份，第四次登陆的孙恩选择直接扑向东晋首都建康，但却陷入了和东晋另一位名将刘裕的多次苦战，实力锐减，被迫第四次逃回海岛。

公元402年，趁着权臣桓玄刚刚取代司马道子掌握朝政，人心不稳，孙恩再度来犯。这次，孙恩被临海郡（即今天的温州、丽水一带）太守辛昺击败，人马死得只剩下了几千人了。此时的孙恩感觉自己穷途末路了，害怕被朝廷俘获，就跳海自杀了。孙恩剩下的部分余党则在其妹夫卢循的领导下继续活动，曾一度攻陷广州，占据岭南十七郡八年之久，直到411年才被刘裕彻底剿灭。