1937年，日军打到山东时，东京大学高田真治教授上书日本军部:“山东作战，如破坏曲阜古迹，日本将负破坏世界文化遗迹的责任。”军部于是急令前线部队避开曲阜一带的战斗。日军进驻曲阜后，派兵把守孔庙，将领参拜。

1938年1月，曲阜沦陷。日军进入曲阜后，派兵把守孔庙，组织军官和士兵进行参拜。直到1945年8月日军投降为止，曲阜“三孔”在日军占领时期没有受到任何破坏。

日军曾表示，这是由于“日本人对孔子抱有尊敬之情”。

对于孟子庙，日军也采取了保护措施，日军贴在孟子庙前的告示是这样写的：“日本军人参拜孟子庙注意事项：一、孟子和孔子一样，都是支那人最尊崇的伟人，也是我们日本人精神文化领域的大恩人；二、日本军人参拜孟子庙时，也要像参拜日本的神社、佛寺一样，遵守注意事项谨慎行动；三、模范的行为能使支那民众更加亲近日本军队，这一点千万不能忘记。”

在曲阜没有破坏孔子庙宇，这并非日军良心发现，而是在于传统上儒学对日本有很大影响，所以日军面对孔子灵位才心怀敬畏之心。

日军对孔子十分敬重，不允许下级士兵到孔府孔庙骚扰，日军军官参观孔庙，甚至争相捐钱，成为孔府一笔不小的收入。

从1966年11月9日至12月7日，在曲阜的29天，红卫兵“带着深仇大恨”，砸毁国务院1961年立的“全国重点文物保护单位”的石碑，发了给国务院 的抗议信。

共毁坏文物6000余件，烧毁古书2700余册，各种字画900多轴，历代石碑1000余座。

其中包括国家一级保护文物的国宝70余件，珍版书 籍1700多册。

砸毁包括孔子墓碑在内的历代石碑一千余座，捣毁孔庙，破坏孔府、孔林、书国故址，刨平孔坟。