1853年，美国在提出了一系列与日通商协议而未得到通过后，最终决定向日本派遣一队武装舰队，以给其适当的压力。1853年夏的一个清晨，日本江户湾浦贺海面上突然出现了四艘巨大的“黑船”，这些钢铁巨兽不仅通体漆黑，而且还冒着浓黑的烟尘，轰鸣着行驶在海平线上。当时日本人对“黑船”并不陌生，虽然日本闭关锁国，但他们知道，强大的中国在鸦片战争后，就是在这些邪恶的黑船的淫威下屈服的。所以这次黑船的到来，使整个日本立时陷入了一片恐慌之中。随着黑船的日渐逼近，江户地方的民众甚至能看到黑船的身影，能听到黑船上轰隆隆的炮声。面对从来没见过的大口径火炮，幕府下令江户全城戒备。黑船来袭的大震动很快就在日本全国蔓延开，而虚弱的幕府却已经没有办法去解决这个困难了，于是一时间日本全国上下掀起了祈祷的风潮，希望这次黑船也像13世纪的元朝大船一样遇到神风的阻挡，最后返回。

然而尽管连孝明天皇都祈祷了17天，却依然没能召唤来神风。由美国将军佩里率领的四艘黑船依然靠近江户，并提出了通商的要求。此时的幕府如同热锅上的蚂蚁，急得团团转却又不知如何是好。如果拒绝开国的要求，幕府自度无力抵挡黑船；如果答应，又不甘心。就在此时，幕府将军德川家庆因为年老经受不住刺激而离开了人世。德川家定继承了幕府将军的职位，成了第13代将军。但幕府实际上由当时的老中阿部正弘掌控。阿部正弘早就认识到日本闭关锁国政策的错误，所以他是主张开国的，但在各藩的强烈反对下，阿部正弘没有废除这一错误的政策。然而佩里不断向幕府施加压力，在从未见过的蒸汽快船和大口径火炮的威胁下，德川幕府最终被迫接受了美国的通商要求。幕府答应了美国的三条要求，即日本开港、保护美国遇难船员、提供补给，并与美军统帅佩里讨论了开国的框架。

但因为佩里当时还身负与琉球进行交涉的紧急任务，所以双方未能协商开国通商的细节问题，而是定于次年再谈。然而就在美舰返航时，突然开入了江户湾深处，并仔细地测量了水道。当怒气冲冲的日本官员质问其原因时，佩里略带玩笑口气地说道，他明年春天将要率领一支更大规模的舰队来，现在正在寻找一个更大的停泊地。他还警告幕府，如果明年春天幕府的答复不能满足美国的要求，美国将不惜诉诸武力。在美国嚣张的恐吓下，同时考虑到中国的前车之鉴，日本只好无条件接受了美国的通商条件。1853年7月17日，佩里舰队经琉球返回上海，1854年春又再度返回日本，并与日本幕府签订了《日美亲善条约》，又称《神奈川条约》，两个月后又追加签订了《下田条约》。日本基本上无条件答允了美国的通商要求，日本国门被迫打开。黑船的到来，使日本自1635年德川幕府实行锁国政策以来，第一次对中国和荷兰之外的国家开放，统治日本近三百年的德川幕府不得不承认自己的实力的衰弱，并将权力逐步下放到各藩地，引起了幕府统治的严重危机。

随着美国打开了日本的门户，西洋其他各国也接踵而至。1854年春，在与美国签订了《日美亲善条约》后的短短几个月时间里，日本又先后同俄、英、荷等国签订了类似的“和亲条约”。到1858年，德川幕府还与美、俄、英、荷、法五国签订了有关开港、领事裁判权、居留地等内容的《安政五国条约》。从此，日本正式开国了。当然，日本的此次开国也为其以后的明治维新以及20世纪的迅速繁荣奠定了基础。随着1854年《日美亲善条约》的签订，西方其他发达国家也垂涎日本这块拥有巨大商业潜力的土地，纷纷与日本签订了一系列的条约，这引起了日本当局的极大震惊。所以从1854年开始，日本大力培植海军势力，加大军事投入，海军得到了很快的发展。当1863年西方列强再次以强者的身份无通告地到达日本下关地区的海域时，长州藩给予了强烈的反击，历史上称之为“下关事件”。

中国在鸦片战争中的惨败，令日本的国家民族危机意识高涨，同时日本在黑船事件以后，开始逐渐陷入半殖民地危机中，这些都使日本的统治者——德川幕府内部就如何应对突变的形势产生了分歧，开始了争夺统治权的斗争。1858年6月，幕府将军德川家定病重不能理政，主张对内专制、对外妥协的井伊直弼上台，担任了幕府中掌握实权的大老一职。井伊直弼上台后，面对西方发达国家的压力采取了一系列措施，如与拥立德川庆喜为首的“一桥派”雄藩大名对立，拥立德川庆福为幕府将军，与美国签订《日美友好通商条约》及其附件等。这些都以出卖日本利益为条件，以期取得西方国家的支持。与此同时，一直致力于改革的阿部正弘一派也掀起了改革的热潮。伴随着越来越高的改革呼声，井伊直弼为了进一步巩固政权，开始破坏改革。他罢免了幕府中主张改革的官员，又以将军的名义大力打击主张改革的大名。

在扫清了统治阶层的障碍后，又开始大肆迫害反对派，这就是有名的“安政大狱”活动。在这次活动中，很多改革派领袖遭到迫害，他们或被免职、幽禁，或被流放，有的甚至被处死。在经济上，井伊直弼严厉打击商品经济的发展。他颁布法令禁止各藩商人私自与外国商人进行生丝等五种重要出口商品的交易。为控制各藩势力，施行高压政策，这激起了各藩及改革派的强烈反抗。为了反抗井伊直弼“对内专制，对外妥协”的政策，各藩尤其是在京都的长州、萨摩等西南诸强藩的武士们做出了两方面的措施，一方面他们开始回家乡，准备在本藩的大名带领下起兵，实施由下而上的改革，进而改造幕府，驱逐外国侵略者；另一方面，为了尽快摆脱井伊直弼的高压统治，制定了暗杀井伊直弼的计划。在这两个措施实施的过程中，前一个计划很快就在井伊直弼的打压下破产了，而后一个计划直到1860年才得到机会。1860年3月24日上午8时，已经掌握了政权并自以为完全打压了改革派势力的井伊直弼，在60名警卫的保护下准备登上江户城。

就在井伊直弼到达江户城的樱田门外的时候，早已埋伏在那里的18名水户和萨摩藩的武士，对井伊直弼发动了袭击。袭击太突然了，以至于警卫还未反应过来，井伊直弼的头就已经被砍了下来，这就是日本历史上有名的“樱田门事变”。“樱田门事变”拉开了以中下级武士为主，地主、富农、商人和手工工场主参加的“尊王攘夷”运动的大幕，从此中下级武士走进了政治舞台中心。“尊王攘夷”运动得到了广大藩主的支持，尤其在长州等西南诸藩地区，因为这些地区的藩主大多势力很大，但长期受到幕府排挤，他们希望借助这次运动扩大自己在国家政治中的影响力，因此对“尊王攘夷”运动采取支持态度。“尊王攘夷”运动在全国开展得声势浩大，到1863年5月的时候，随着幕府宣布攘夷，掀起了这次运动的高潮。