十九世纪末期，谭嗣同的思想发生了巨大变化，特别是甲午战争中中国败给了日本对他的影响特别的大。他对比了中国和日本在学习西方的不同道路，认为日本的近代化并不早于中国，几乎与中国同步。日本之所以能够迅速崛起，并超过中国关键是中国和日本两国的改革指导思想不同。这促使他进一步把东西方思想结合起来进行研究。十九世纪八十年代末期，虽然谭嗣同已经接受了达尔文的生物进化论，但是并没有把这种理论与国家的变革有效地结合。谭嗣同认为，要想在中国实现真正的变革，就应该结合中国人的传统习惯，进行正确的引导。

这就促使他以中国传统的阴阳理论为框架，同时吸收西方的自然进化论思想，形成了一种新的变易观。他既承认达尔文进化论的意义，用它来对传统的阴阳理论进行改造，又进一步将达尔文进化论吸收入阴阳易变的理论体系中。在汉代形成的古文学派与今文学派的对立中，今文经学派已经包含着“穷变通久”的变易思想。今文经学家主张社会历史是不断变化发展的，他们提出了所谓的“三统”和“三世”的交替变化说，也就是各个朝代由“黑统”到“白统”再到“赤统”的交替变化。历史发展先后经“乱世”到“升平”再到“太平”的变易，这个变易的源泉就是所谓的“天命”，这个变易的最终导致社会历史的不断循环。

谭嗣同看到了今文经学中所包含的变易观虽然对改革的论证有利，但是有一定的不足和缺陷。一方面，今文经学的重点主要放在量变上，忽视甚至否定质的变化；另一方面，今文经学主张社会变易的循环论。谭嗣同根据达尔文的进化论，对今文经学的观点进行新的论述，形成了其“三世说”的社会进化论思想。他认为世界万物自始至终都是运动变化的，不存在不是处于变化中的事物。人类社会也不是从来就有的，而是历史发展到一定阶段的产物，人类社会已经产生就不是处于停滞的状态，而是像自然一样处于不断的变化发展中。

那么人类社会又有什么样的变化规律呢?谭嗣同提出在世界的发展变化中，我们应该根据不同历史时期不同的社会状况采取不同的措施，因时因地而异，不能盲目的遵循历史经验，要考虑实际情况的变化。同时他还提出了政治权利的根基随着历史的发展在扩大，相反权力的要素却是在不停地下降。于是他认为历史的发展必须经历三个历史过程，即从乱世到升平世再到太平世。这类似于西方历史从封建君主专制到君主立宪制，再到民主共和制。这样人类的社会历史就不是不断的循环论，而是从野蛮的较低层次逐步发展到较高的层次，也就是说人类的历史是向前发展的。

然而是什么样的力量推动了历史的不断向前发展呢?谭嗣同指出这个力量来自事物的内部。他把中国文化中传统的阴阳观与西方的自然进化论结合起来，用这个进化论来来改造阴阳观。就是说事物的内部矛盾冲突是事物不断运动、变化和发展的不竭动力，同时社会的竞争使更多人的才华展露出来，社会向前发展。谭嗣同用自然进化论来改造阴阳变易论，把事物的处于平衡的状态看作是事物实际存在的状态和最终归宿，因此他把对立与和谐的阴阳关系看成是永恒不变的。同时他把自然与人类社会的进化理解为是从简单到复杂，从较低级的状态发展到较高级状态的运动变化。

在他的眼睛里，阴阳是不可分的，是紧密相连的，有此即有彼，相辅相成。但是由于阴阳之间又是此消彼长的，他们的平衡不断地被打破，由此进化也就发生了，他们又在新的基础上实现了新的平衡。谭嗣同由此出发把自由、平等和民主纳入到阴阳体系中。他主张，变革的目的也就是实现君权与民权的平衡，即君与民实现共存并荣。这样一种制度就是他所设想的最理想的制度。为了给这样一种制度提供合理的论证，谭嗣同把儒家的思想和西方的思想结合起来，提出了新的“民本”思想。

他认为民主思想并不是只有西方才有的，甚至不是起源于西方，而是来源于中国。中国古代的思想家已经提出了国家不是君王的私有财产的观点，认为国家是“天下之人公共同有之器”，它来源于“民聚，则谋公共安全之事”，由于不能“人人自为公共之事”，人民遂“公举人任之”。帝王在国家中所起的作用就是“代众民任此公共保全安乐之事”。由此，谭嗣同提出了国家的主权应该属于民，君主和人民应当共同的分享国家的权力。但是君主是由人民公开选举的，是广大人民的总代理，这是始终不变的。