军事法院（MILITARY COURT）是国家设立在军队中的审判机关。
根据总政治部1986年颁发的《关于惩治军人违反职责罪暂行条例所列案件的管辖范围的通知》，军事法院直接受理下列案件：遗弃伤员案；虐待俘虏案。适用我国《刑法》中专门的军人犯罪。

军事法庭管辖的案件有：违反军人职责罪案件及现役军人、在军队编制内服务的无军职人员、普通公民危害与破坏国防军事的犯罪案件。

根据最高法院《刑诉解释》第20、21条的规定，对军队与地方互涉案件，原则上实行分别管辖的制度，即现役军人(含军内在编职工)和非军人共同犯罪的，分别由军事法院和地方人民法院或者其他专门法院管辖；但涉及国家军事秘密的，全案由军事法院管辖。

下列案件与军队有关但不属于军事法院管辖：

(1)非军人、随军家属在部队营区内犯罪的；

(2)军人在办理退役手续后犯罪的；

(3)现役军人入伍前犯罪的(需与服役期内犯罪一并审判的除外)；

(4)退役军人在服役期内犯罪的(犯军人违反职责罪的除外)。

而中华人民共和国人民法院是国家的审判机关。中华人民共和国设立最高人民法院、地方各级人民法院和军事法院等专门人民法院。民事法庭适用《民法》、《民事诉讼法》等有关民事案件的规定；刑事法庭适用《刑法》、《刑事诉讼法》等有关刑事案件的规定；行政法庭适用《行政法》《行政诉讼法》的有关规定。

说的简单一点就是，仅仅是被告人的身份不同，如对方是在役军人，就上军事法庭。但如果控方是军方以外的人或组织，那么在军事法庭上只参考普通法律，区别不大。如控方是军方，那么就参考军纪。比如临阵脱逃，拒绝执行命令等，普通法律没有这种条文，但在军队这就是犯罪。

军事法庭和人民法庭只是审判对象不同而已，都隶属于最高人民法院。