“土司制度”是中国元代以来中央王朝用来解决西南少数民族地区的民族政策，其义在于羁縻勿绝，仍效仿唐代的“羁縻制度”，也是维系中国多民族统一国家的重要制度之一。土司制是当时封建政治体制的组成部分，又是统治少数民族的特殊地区政权。土司制度虽然在历史上起过有益的作用，可是随着社会的不断发展和进步，土司制度的弊端越来越明显，已经不再适合边疆少数民族地区的发展和中央的统治了。

明朝建立后，明太祖朱元璋一方面参照元制在西南地区继续推行土司制度，另一方面在条件比较成熟的广西忻城废除了土司，改以流官取代土官，开始推行改土归流政策（改土归流就是把少数民族土司管理的方式，变成汉族式的官员管理方式）。明太祖朱元璋还借鉴了忽必烈遣子忽哥赤为云南王世守云南的政策，派遣养子西平侯沐英世守云南，加强西南地区的统治。后来，明朝在陆续在西南地区推行改土归流政策，先后设置贵州三司和云南三司，贵州作为省级行政区诞生，同时，设置四川行都司管理西南地区军政事务。明廷还很重视川边安定，并在今四川松潘等川藏边境添置卫所加强管理。明朝的改土归流政策有利于多民族国家的统一与融合，对于西南地区的经济文化发展有着无可替代的作用，也符合了历史的发展趋势。

但是，由于历史的局限性，明朝断断续续推行的改土归流政策，结果并不理想，有时伴随着暴力。改土归流后，部分上层土司不甘心失败，时刻图谋复辟。明朝中后期，西南大土司杨应龙、奢崇明、安邦彦等叛乱被平定后，土司的力量受到了极大削弱，此举也为清朝治理西南打下了坚实的基础。元明清三代对西南地区的控制是远超历代的，主要就是加强了改土归流治理。

历史上有目的、有计划的大规模改土归流主要是发生在清代雍正年间，雍正将世袭的土司改为由朝廷任免的流官。为了推行改土归流的政策，清朝发动了对少数民族的多次战争，但是土司制度直到清朝结束也没有完全消失，中华民国时期宁夏、青海一带的马步芳武装接受民国政府的任命，但对于其辖地仍然自行管辖，实际上和前朝的土司制度没有不同。中华人民共和国成立后，经过剿匪、土地改革、民族区域自治等阶段，土司制度彻底被废除。2015年7月4日，在德国波恩召开的第三十九届世界遗产大会上，中国申报的“中国土司遗产”成功列入世界文化遗产名录。