N年前，尤弥尔弗利兹与“大地的恶魔”签下契约而获得了“巨人之力”，并以此创立艾尔迪亚帝国。在尤弥尔死后，将巨人之力分成九大巨人。继承了九大巨人之力的人，会在十三年之内死去，越是到了时限，身体就会越衰弱，若是在无人继承巨人之力的情况下死去，巨人之力会随机出现在刚诞生的艾尔迪亚人婴儿身上。

马莱人通过离间九大巨人，引发了艾尔迪亚帝国内战。并在大战中成功将“艾尔迪亚帝国”击败，夺取回大陆政权。

弗利兹王传至第145代时，145代弗里茨王卡尔弗利兹(初代雷伊斯王)反对战争，为了保护艾尔迪亚人，带领绝大部分艾尔迪亚人逃离到边境的帕拉蒂岛，使用始祖巨人的力量建立起三道巨墙，把自己困在其中，并以巨人为缓冲区，从此与大陆马莱政权互不相干。初始王利用始祖巨人之力篡改了墙内人的记忆，使他们在墙内安居乐业的生活了一百年。另外一部分艾尔迪亚人留在大陆上，被马莱人关在收容区的高墙内,自由受限。如有触犯法则，就被送往帕拉蒂岛注射巨人的脊髓液变成无脑巨人游荡。马莱帝国对新一代艾尔迪亚人进行洗脑，逐渐掌握了其他的八大巨人之力。

格里沙·耶格尔（主角他爹）小时候偷偷带着妹妹跑出了收容所去看飞艇。后来被马莱士兵发现，而哥哥被另一个马莱士兵狠狠地踢了一脚以作惩罚。妹妹被喂了狗。妹妹的死对格里沙·耶格尔影响很大，但是他看到母亲只会偷偷的哭泣，父亲只会奉承那些马莱军官，丝毫不在意他女儿的死。格里沙·耶格尔恨透了受马莱帝国支配的生活，他加入了艾尔迪亚复兴会，誓要推翻马莱帝国重建艾尔迪亚。

艾尔迪亚复兴会在马莱政府内线“枭”的情报下正如火如荼的发展，格里沙·耶格尔认识了最后一位拥有王族血统的艾尔迪亚妹子，他们结婚并生下了儿子“吉克”。13年一次的巨人之力宿主换届的时候到了，耶格尔想让他儿子吉克参加巨人之力宿主选拔赛的活动，从而夺取巨人之力。然而吉克居然举报了自己的父母以及艾尔迪亚复兴会成员。艾尔迪亚复兴会成员们，包括耶格尔的妻子自然被马莱政府送到了帕拉蒂岛注射巨人的脊髓液研变成了无脑巨人。就在格里沙·耶格尔的生死关头，“枭”出现了。他变成了巨人杀掉了这支马莱小分队所有人。原来那天看飞艇时抓住他的马莱士兵就是“枭”。枭的真正名字叫 艾伦·克鲁格。枭向格里沙·耶格尔透露，马莱帝国连年战乱不断，由于资源的匮乏，帝国首脑早就开始觊觎小岛丰厚的资源。但初代王无论如何是不会反抗的，初代王认为，艾尔迪亚民族即使灭亡也无法弥补自己的罪恶。可是马莱政府迟早要前往墙内寻找并抢夺始祖巨人之力，然后将墙内艾尔迪亚人杀得一个不剩。所以格里沙·耶格尔必须要抢在马莱帝国之前，找到始祖巨人，借助始祖巨人的力量解放艾尔迪亚人民。枭把这个使命和巨人之力交托给了格里沙·耶格尔。

格里沙·耶格尔进入了墙内，在里面成了家，生下了艾伦。而马莱政府也派出了4位拥有巨人之力的少年，任务是进入墙内获取始祖巨人之力。其中一位少年被岛上的无脑巨人吞噬。这位在小岛徘徊了60年的无脑巨人终于变回了人类，她就是尤弥尔。剩下的三位便是女巨人、超大型巨人、铠巨人。

格里沙·耶格尔在墙内暗中调查，终于发现了王族，他吃掉了拥有巨人之力的王族血统的人，获取了始祖巨人之力。王族人也被他屠戮殆尽。但他不知道，由于“不战之约”的限制，始祖巨人之力只能在拥有王族血统的人身上起作用，但即使是拥有王族血统，也会在继承初代王的记忆后被他的思想所支配，即永远的将艾尔迪亚人圈养在墙内。

由于玛利亚之墙被超大型巨人和铠巨人摧毁，墙内人类失去了1/3的领土。那一晚，格里沙·耶格尔在幸存者营地找到了儿子艾伦，含泪将使命和巨人之力托付给了艾伦，嘱托艾伦一定要夺回玛利亚之墙，一定要进入自家地下室，那里有很重要的东西。对墙内人来说最宝贵的，这个世界的真相。给艾伦注射了巨人药剂之后，艾伦变为巨人吃掉了他的父亲并从他父亲那里继承了始祖巨人之力和之前巨人宿主的全部记忆。但是由于副作用，记忆会暂时的忘记。

由于记忆被篡改，墙内人已经很少有人能记起这个世界的真相了，但是也有记忆力不受巨人之力影响，因此无法被篡改的几大家族。阿克曼家族便是其中之一，由于阿克曼家族一直主张不对人民的记忆篡改，因此受到了其他几大家族以及王族的迫害。。凯尼便是少数的知道真相的人之一，因此他恨透了王族，恨透了宪兵团。他最大的愿望就是刺杀墙内的王---乌利·雷耶斯。那一天他进入了乌利·雷耶斯的庭院，以一敌百的实力杀到乌利面前，但乌利·雷耶斯变成了巨人，最终将凯尼制伏。拥有始祖巨人的乌利·雷耶斯明白杀戮最后的结果，而他的思想最终也打动了凯尼。此后，凯尼当上了宪兵团队长，秘密的为王族效力。始祖巨人依然在王族中一代一代的传承。凯尼回到王都地下街前去探望的妹妹，他发现他妹妹已经死去很长时间了，角落里发现了妹妹的孩子-利威尔兵长。凯尼教会了这个孩子在王都地下街生存的能力，然后离开。凯尼作为掌握世界真相的人，他的任务自然也不同于普通的宪兵团成员。他帮助王族维护王族的统治权。

王族为了保护初代王的秘密和维护自己的统治权，调查兵团最终成为了王族的肃清对象。凯尼借一桩命案将埃尔文团长拘捕，随后又将克里斯塔和艾伦抓获，并将仅剩7人的调查兵团全部列为通缉对象。那一晚，凯尼和仅剩的王族成员-罗德·雷耶斯 联手，将克里斯塔和艾伦带到雷耶斯家族教堂地下，企图让克里斯塔吃掉艾伦从而取回被夺走的始祖巨人。作为罗德·雷耶斯的女儿，克里斯塔明白即使取回始祖巨人的力量，她也会被初代王的思想支配。最终，一旁的罗德·雷耶斯明白胜利无望，他舔食了地上的巨人药剂的液体，变成了120米的畸形巨人，但最终被克里斯塔斩杀于城墙之下。这一战重伤了凯尼。利威尔找到了奄奄一息的凯尼，凯尼说出了利威尔的身世，并将巨人化药剂给了利威尔，随后升天。克里斯塔重新使用原名希斯特里亚当上女王，而调查兵团也成功的夺回了政治的主权。

玛利亚之墙夺还计划随即重启。调查兵团组成的208人的队伍，承载着人民的希望上路，前往破墙开始的地方----玛利亚之墙的希甘希纳区，也就是艾伦的故乡。希甘希纳区内外调查兵团与兽之巨人、超大型巨人、铠之巨人与被控制的无脑巨人展开战斗。最终，调查兵团以牺牲199人为代价获得胜利，兽之巨人被利威尔兵长击败，铠之巨人被三笠等人击败，而艾尔敏则吃掉了拥有超大型巨人的贝尔托特。随后调查兵团前往了格里沙·耶格尔家，也就是艾伦家的地下室获取了墙外世界的真实面貌。帕拉迪岛，最终被调查兵团占领。一年以后，调查兵团探索到了帕拉迪岛的边缘，那是一片大海。调查兵团的成员们感受到了从未体验过的、自由的感觉。

此时艾伦指着大海说：大海的另一边，是敌人。