故事前期主要讲述了主角楚行云遇暗算重生少年时代，意外成为弱小的废物少主，但却靠一柄长剑和前世强者的记忆再次踏上强者之路，扫平一切阴谋者，后遭遇女主被夺之恨，但还是靠着努力的修炼和天赋报了夺妻之恨。

中后期主要是主角楚行云慢慢解开前世遇袭的原因，以及背后操纵者的图谋，并且成为祖级大能--魔祖，遨游宇宙星空，成为真正的至尊。当然这只是一些粗略的介绍，真正的精彩只能靠阅读去体验。

在动漫新剧情中，女主水流香因为本身体质原因遭受反噬，楚行云不得不去百宝楼炼制当前可以延缓的丹药，在女主水流香飞起楚行云出手接住女主风撩起裙子时，却没有像其他动漫一样把女主大腿以及其他方面暴露出来，而是用内衬裤子做了遮挡也就是安全裤。
虽然大家一直开玩笑说安全裤阻碍了人类前进的脚步，不过对于动漫女性角色我们还是应该做到展示女性优美但不低俗的程度，《灵剑尊》动漫可以处理到这些细节，这是国漫走向成熟走向巅峰的一种表现。