南京是中国著名的四大古都之一，有6000年的文明发展史，东吴、东晋、南朝宋、齐、梁、陈、大明、民国等相继在此建都，曾无数次庇佑了华夏之正朔，为长期中国南方的政治文化中心，沉淀了厚重的历史文化。杭州虽有8000年的历史记载，杭州也曾有吴越及南宋定都的短暂历史，其历史沉淀远不及南京，杭州一直为地方性的州郡设置，两者相较，南京历史地位远高于杭州。

杭州经济发展的很好，但不是长三角最好的。杭州前有上海，甚至苏州制衡，后有宁波和无锡虎视眈眈，可以说压力并不小。杭州以旅游休闲著称，城中环湖而建，依山傍水，风景独好，颇为宜人，所以就宜居层面，杭州无疑胜过南京，并且据说杭州的物价虽高（甚至超广州）但是薪酬水准是优于南京的。而回到经济层面的比较，民间普遍认为杭州的创业氛围与环境亦要优于国资扎堆的南京。

杭州是浙江省无可争议的龙头老大，向心力非常的强，这是南京无法比拟的，这样的向心力与认同感是一个省会城市重要的软实力，其实就有不少在经济文化层面在省内屈居老二的省会城市，这无疑是对城市综合实力的削弱。杭州有着世界出名的互联网产业，这是杭州未来发展最大的潜力，而南京却没有这种世界有名的互联网产业，这方面杭州略胜一筹。