“清教徒”一词第一次使用是在16世纪70年代，但是清教徒运动出现于16世纪60年代，其本身是一场清楚国教会中使英国国王蒙羞的天主教仪式的教会运动。对于新教徒来说，任何宗教仪式是否有用或虔诚，关键是看它有没有在《圣经》中提及，如果没有被提及，新教徒就认为该仪式应该被废止。

1563年，清教徒又与国教徒就牧师服饰衣着问题产生争执。1570年，剑桥大学的神学教授卡特莱特发表了一系列批判英国国教会的演讲。这些演讲使卡特莱特被开除，并发生一场小册子言论的冲突，卡特莱特和其他一些激进的清教徒攻击了主教权力，并要求对方采用长老制教会的治理方式。

伊丽莎白憎恨清教徒，把清教徒对主教权力的攻击视为是对她的攻击，于是迅速地采取行动予以镇压。她挫败了清教徒的举措，并召开议会放逐了清教的领导者。

清教徒斗败之后，便采取了一个新的战略，他们通过邀请世俗信徒参加牧师的定期会议，寻求国教徒的皈依，他们假传的“神谕”传遍了英国的整个东南部。在那些会议中，牧师们强烈地要求教徒们尊奉《圣经》的独有权威、保持《圣经》的解释权（因为他们觉得自己来阐释才是圣洁的），且敦促皈依者接受先定论教义，他们因为相信自己是上帝特选之人而感到欣喜，这给了长老们努力坚持净化教会的力量。

16世纪80年代产生了古典运动，牧师们在地方会议中聚会，商量修改祷告书，推选未来的牧师候选人，并举行圣职授予仪式，清教徒也参与其中，甚至举行自己的全国性集会。伊丽莎白认为这些运动中潜藏着危险，1577年，她下令大主教镇压这些运动，在大主教拒绝之后，伊丽莎白给予其停职处分。1583年，伊丽莎白任命了反清教的新主教，并果断地迫使牧师们尊奉国教，根除了古典运动。

清教徒后来转向议会求助，在1586年和1587年，他们组织了议会运动试图从君主手中夺取教权，但伊丽莎白毫不让步，挫败了清教徒的所有企图。

那些不尊奉国教的清教徒早在1581年便建立了一个独立的教会，其信徒聚集起来信奉上帝，立誓只对上帝效忠。这些人中有一个著名人物罗伯特·布朗，他是一个非常有才能的传道者，但是政府很快把布朗分子驱逐到荷兰去了，虽然伊丽莎白统治晚期，清教徒数量已经非常少了，但是伊丽莎白只是掩盖了矛盾而并没有解决清教的问题，清教主义继续在乡绅和伦敦市民层中蔓延和集聚起来，到了詹姆斯一世统治时，清教主义再次爆发，愈演愈烈！