时至今日，罗马天主教、东正教和新教中的大多数基督徒都接受了察尔西顿决议的精神，并把它作为拯救、独一无二的神一人耶稣基督信仰的基础。然而，即使在当时，近东和埃及就有相当多的教会，不肯接受新的信仰决议，察尔西顿会议不仅受到埃及主教的反对，也遭到安提阿主教的抵制上述地区逐渐脱离大公教会，组织自己的独立教会。某种程度可以这样说，察尔西顿大会及艽基胬信仰理论的结果，直接导致了东方教会内部的永久性分裂，埃及的科普特教会就是这种分裂的典甩代表衫章。察尔西顿会议之后，埃及基督教会逐渐脱离了大公教会的范畴和帝国的控制，走上独立发展的道路。尽管被贴上“一性论”的标记，并冠以“科普特”的名号，实则不过是埃及教会按照自己方式发展的代名词。独立的科普特教会一直延续到伊斯兰征服之后，直至今天依然存在。独特的科蒈特语言、文学和艺术，也是埃及基督教留给现代世界的重要遗产。

察尔西顿会议上的失败，使得亚历山大教会的地位急剧衰落，通常还被贴上“一性论”异端的标志。但从此之后，埃及民族主义意识更加高涨，导致直接反对大公教会和君士坦丁堡国家的统治。尽管在后来的君士坦丁堡大公会议上，“一性论”得到皇帝夫妇的支持，埃及教会的地位又有了一定程度的提高，但始终未能像以前一样成为东部教会的领导，而—个科普特“一性论”民族教会最终成为了事实。对埃及和亚历山大而言，451年意味苕从丙方和希腊教会中分离出来。直到这时，亚历山大某种程度上还是东部教会世界的领导。代表东西教会共同利益的阿塔纳修斯主教的思想在后尼西亚时代扮演中心角色。亚历山大另一位强有力的主教圣希利尔在成千上万修道士的支持下构建了稳固的阿塔纳修斯派的基础。同时他还努力清除阿里乌斯和聂斯脱利异端的影响，并在“一性论”运动中被尊称为权威人士。其理论就是耶稣是单一的神人特性，而不是正统教会的神人二重性。

经历了431—450年激烈的教义争辩后，一次不期而遇的会议在察尔西顿召开了。会议承认了“两性论”而迪责了“一性论”，更重要的是亚历山大主教狄奥克昝斯被罢免了。伴随这一灾难性决议，埃及教会不得不给自身找一个新的出路。当狄奥斯克鲁斯倒台和察尔西顿大会决议被接受的消总传回亚历山大后，埃及人凑怒，随即在这里发生了暴动。尽管从君士坦丁堡派来的军队迅速恢复秩序，但教会却永久性地分裂了。在察尔西顿会议上，随同狄奥斯克鲁斯的17位埃及主教默认其领导的失败并签署大会决议。在回去之前，这些人商量决定由狄奥斯克鲁斯最信任的长老普拉特里乌斯继任主教。普拉特里乌斯最终赢得了主教一部分帕克米乌斯修道士和少数有影响的城市，如奥克西林库斯的支持。然而大多数修道士和亚历山大人反对他，为作为亚历山大主教如果不能维护自己的民族利益、只知道一味迎合帝国的政策，在埃及人民眼中无疑就是一种“背叛”。

甚至454年9月狄奥斯克饩斯在放逐屮死于格拉之后，他的也没有什么变化。455年8月皇帝马尔西安亲自写信给埃及地方长官，谴责埃及和亚历山大是欧迪奇斯异端的崇拜者。从此“一性论”异端的帽子就一直压在了埃及教会的头上。哪里有压迫，哪里就有反抗，埃及教会的革命并没有长时间推迟。457年1月底皇帝马尔西安去世，2月中消息传到亚历山大，当地立刻就有一些持不同意见的教会人土组成了修道士委员会。同年3月，这个委员会废除由政府权威任命的“拜占廷帝国温顺的朋友”普拉特里乌斯的亚历山大主教一职。随即由埃及人选出了希利尔派的长老提摩太阿竹乌斯作为自己的主教。而此后代表科普特教会的亚历山大主教都是“一性论”教徒，直到今天他们还很难溶于东方正教。由于不能消除对帝国的敌意，激进的修道士们和其他信徒最终采取令人震惊的报复行动。在原主教皆拉特里乌斯被撤除职务仅两天后，这些暴怒的修道士们便冲进了主教府邸并杀了他。

可怜的普拉特里乌斯先被抛尸街头，然后焚骨扬灰。由于整个帝国极端惊骇、厌恶在亚历山大发生的这起事件，所以新主教提摩太阿鲁乌斯想得到合法性的认可是不可能的，尽管他本人还没有打算建立一个脱离君士坦丁堡的教会。458年，经过全帝国东部主教的一次“公决”，新皇帝利奥一宵布撤除提摩太阿色乌斯的亚历山大主教一职，并将其流放到甘格拉。针对帝国对“一性论”派的再度迫害，科普特教会也很快作出回应。他们把矛头指向君士坦丁堡和察尔西顿派，称这些“二性论”派的追随者为“皇党”或麦尔凯特派，是帝国统治的走狗。这些依靠帝国军队的帮助而在大教堂中即位的大主教，大部分软弱无力地掌握着大主教的职位，因而不能对科普特人行使权力，也不能从他们那里获得尊敬。而这种行动又巩固了埃及的民族主义，那就是在科普特语言和传统基础之上遵奉“一性论”倍条和接受狂热修道士的领导。

—些修道士和神职人员经常聿埃及人和那些“耶路撒冷人”真正的基胬徒作比较。5世纪中期以来，埃及被一些大教堂和修道院所统治。修道士的贡献在于他们给5世纪的科普特基督教农民提供了一种自我觉醒的意识，这其中舍努特所起的作用尤为电要。此人据说活了11岁，曾经跟随希利尔参加过以弗所会议，并一直活到察尔西顿会议的召开。他回到埃及后狂热地忠于希利尔的学说，反对聂斯脱利及其同盟者。据说他以其神圣的力量摧毁了异教所崇拜的偶像，因而在土着埃及人中有相当高的声望。舍努特向来对希腊语贵族心存不满，并以其雄辩口才描绘了埃及人受压迫的状况，点燃了土着埃及人的想象力，把修道主义和一立存在的科普特农民运动结合起来。在修道院的引领下，埃及人的民族意识空前髙涨。埃及政府权力被弱化，乡村的权力被大地产者和修道院瓜分。这些修道院通常都拥有巨大财富，一些大修道院以类似庄园的形式组织劳动，他们通过“庇护”的方式控制了大最农民，拥有自己的佃户和家臣。

旗下的居民向修道院租借用来耕作和灌溉葡萄园的工具，他们的工作由修道院官员指导。位于三角洲的米塔尼亚修道院，甚至还有自己的舰队和船员，直接由修道院总管负责。修道院还有权向邻近村庄收取陚税。除了租赁和税收，埃及教会还以其他方式聚敛财富，如接受扪崤，包括阜。帝、官吏和一般信徒的捐款和献祭。教会甚至还通过买卖圣物敛财，如一些圣泉的水也被用小瓶装着贴上圣徒的名字出传。埃及教会的领袖洱一次用聚敛来的财富向帝0行贿，尽管目的不仅仅是出于个人原因。公元505年，新任亚历山大主教约翰二世以献祭的名义送给皇帝阿纳斯塔修斯一世900公斤黄金，作为其完全否定察尔西顿会议的回报。尽管这种献祭最终被拒绝，但在帝国统一敕令范畴下给埃及带来一定程度的宗教和平。在阿纳斯塔修斯统治后期，“一性论”的势力大大提升，使他们的领导者占据了东部主教的关键位置，连安提阿主教一职都被“一性论”者塞维努斯把持。

据统计，在安提阿教区内有大约50名忠于他的“一性论”主教。埃及教会及其支持者无时无刻不在幻想若有朝一日“一性论”能成为正统的基督教教义。而此时的拜占庭帝国在内外交困中也无暇顾及埃及教会。北方蛮族的入侵牵扯帝国大部分的精力，而宫廷内部的皇位之争更是拼得你死我活。在利奥一世去世后的两年内，帝国就发生了四次王位更迭，先后有利奥二世、泽诺、瓦西里斯库瓦西里斯库斯对埃及教会深表同情，他不仅召回了亚历山大前主教提摩太。阿鲁乌斯，而且准备否定《利奥的大卷》以及察尔西顿大会的决议。提摩太阿货乌斯野心勃勃地期待着亚历山大和“一性论”的胜利，但君士坦丁堡大主教阿卡西斯阻止了这一行动。加上不久之后，泽诺在蛮族的协助下又恢复了帝位，瓦西里斯库斯也终被困死在修道院中。提摩太阿鲁乌斯的梦想破灭了，而且在他死之前还再次受到流放的威胁。但皇帝泽诺和君士坦丁堡大主教阿卡西斯再也不能无视亚历山大教会的要求。