在全球非殖民化潮流下，英国也开始讨论给予文莱独立的问题。英国首相威尔逊宣称英国同意在适当的时候把管理国家各个领域的全部职责移交给文莱。1966年，威尔逊宣布，女王陛下政府的政策是要使文莱承担各个方面的自治义务。英国和文莱有必要在适当的时候对两国在1959年签署的“保护地”协议进行修订。1967年，英国工党政府宣布将在1971年前从苏伊士运河以东撤军。文莱对此表示担忧，一方面担心自己的国内安全稳定和地区和平没有保障，另一方面担忧国内的自治体制还未健全不能独立运行。1967年10月5日，文莱年仅22岁的哈桑纳尔·博尔基亚继承王位。1968年8月1日，文莱为哈桑纳尔·博尔基亚举行了加冕典礼，成为文莱第29世苏丹，他誓言将承袭父亲第28世苏丹的内外政策。在其父亲的陪同下，29世苏丹于1968年11月到伦敦与英国对两国1959年的协议进行了审议；还对文莱的防务问题进行了磋商。12月，哈桑纳尔·博尔基亚再次赴伦敦与英国政府谈判，双方达成协议，解决了廓尔喀部队继续驻扎文莱的问题。经过谈判，1971年11月23日，文莱苏丹哈桑纳尔·博尔基亚与英国外交及联邦事务官安东尼·亨利·范肖·罗伊尔代表两国政府在斯里巴加湾签署了《文莱国苏丹和元首殿下与大不列颠及北爱尔兰联合王国女王陛下关于修订1959年协议的友好合作协议》。协议规定，文莱的对外事务继续由英国负责，文莱的国防和安全则由双方共同负责。除此之外，文莱的其他事务则由文莱自己负责。
协议对1959年协议进行了修改，规定 ：（1）将1959年协议中女王陛下派驻文莱代表的名称从“女王陛下高级专员”改为“英国高级专员”。（2）女王陛下继续享有文莱制定有关对外事务的法律的司法权。女王陛下同意将根据该条款通知苏丹已采取的或将采取的有关行动。（3）为满足文莱国防的基本需要，苏丹将建立、装备和维护维持国内公共治安所需的足够的部队，并使该军队成为文莱对外防务的第一道防线；文莱方面应该向女王陛下驻扎在文莱的军队或在苏丹同意下到文莱进行训练或演习的军队提供必要的地位和司法权规定；女王陛下应该在英国财力允许的情况下为苏丹军队的人事、管理、训练、组织和维持，以及苏丹警察部队的建设提供协助和专家咨询；以维护文莱国防为目的的女王陛下军队或获得女王陛下授权的人可以自由进出文莱；建立“文莱防务理事会”机构，对双方的行动进行协调和沟通。（4）苏丹的公共保卫部队负责维护文莱国内的公共秩序，但假如文莱面临外来攻击或威胁，双方协商决定分别或联合采取何种措施。假如不能区分内部还是外部威胁时，两国政府应该协商判定它是否受到外国的控制或者支持。1971年协议的签署使文莱认识到自己的国防和安全不能永远依靠英国的保护，自己的独立迟早势在必行。因此，文莱加紧了自己军队的建设。1975年，文莱和英国就廓尔喀部队和文莱的独立问题进行数次谈判。
直到1979年1月7日，两国才签署了《文莱英国友好合作条约》，双方约定该条约1983年12月31日起生效。该条约主要内容为 ：（1）文莱同意从1984年1月1日起恢复行使作为一个主权、独立国家的全部国际义务。（2）决心使两国长期、传统的密切友谊和合作关系继续保持下去。两国关系应该以密切友好的精神为指导，在认识到它们在本地区的和平与稳定的共同利益基础上，共同协商讨论涉及双方共同利益的问题，并以和平方式解决相互之间的分歧。（3）女王陛下政府将不再承担文莱政府在外交方面的责任。但英国政府对于文莱政府在执行对外关系时所需获得的外交和领事方面的特定请求将给予同情的考虑，包括：在文莱政府与和其没有直接外交关系的国家，或文莱政府与国际组织之间起联系渠道的作用；推动或协助文莱进入它所希望进入的国际组织；在文莱没有设代表的国家通过外交和领事机构向文莱公民提供保护；帮助文莱建立外交机构和训练外交人员；向文莱设计和颁发新护照提供咨询。（4）鼓励双方进行学术、科学、文化方面的合作，增进双方在文化和语言方面的相互了解；增进双方专业团体和文化机构之间的联系；鼓励双方学术、科学和文化交流。（5）双方保持现有的商业和贸易领域的密切联系。（6）英国政府在文莱政府的请求下，应该继续尽力帮助文莱公共部门的人事招聘和人员训练。根据1979年《文莱英国友好合作条约》，英国对文莱外交、安全和防务的保护一直持续到1983年12月31日。1983年5月，文莱官方宣布，英国将于1984年1月1日彻底放手文莱的国防和外交权力，文莱即时将完全获得独立。1984年1月1日，文莱苏丹国国家元首穆达·哈桑纳尔·博尔基亚·穆伊扎丁·瓦达乌拉在首都斯里巴加湾市举行的仪式上向全国宣读了独立宣言。宣言的全文为 ：赞扬宇宙之主阿拉，愿他的慈祥及和平普及我们的领袖。我们的文莱从来不是殖民地，但在1847年的一项特别协议下，英国与文莱1888年同意由英国政府负责文莱的外交事务。我们的上任苏丹，就是第二十八世苏丹奥马尔·阿里·赛里夫汀在1959年宣布了宪法，使国家更具有秩序及成为最高法律，以至今天。
通过我们与英国女王在1979年签署友好及合作条约以及我们与英国女王之间相互交换备忘录，两国同意在所有英、文两国以前的协定安排下，英国对文莱的所有权力、义务及责任，是不符合一个主权及独立国家的完整的国际责任的。这种情况已在1983年12月31日结束。在这种情况下，所有我们的特权，包括外交方面的责任，已经在1984年重回到文莱苏丹手中。所以，如今在慈爱阿拉的灵下，我文莱苏丹哈桑纳尔·博尔基亚，在此以我的名义，代表我、我的继承者与文莱人民宣告，从今天公元1984年1月1日，也就是我登基的第17年起，文莱在阿拉庇佑下，在伊斯兰教下，在平等、信任以及自由的原则下，永远是一个主权、民主及独立的马来伊斯兰君主宪国。永远追求阿拉的祝福与指示，维护人民的欢乐、福利、安全与和平。在相互尊重彼此的独立、主权、平等以及所有国家的领土完整，不受外来干预的原则下，与其他国家保持友好关系。愿受赞扬与圣明，受喜悦的阿拉，愿先知穆罕默德。祝福文莱以致永远！独立宣言对文莱的历史进行了总结，尤其是对文莱与英国的关系进行了定位：文莱不承认自己曾经是英国的殖民地，而认为自己是一个一向拥有主权的国家，因此在独立庆典上并没有举行文莱国旗和英国国旗的升降仪式。国家的完全独立使文莱人民欢呼雀跃。1984年1月1日午夜，成千上万的文莱人冒雨聚集在清真寺前欢呼自己祖国的新生，隆重庆祝国家独立。1984年2月23日，文莱在斯里巴加湾市新建成的哈桑纳尔·博尔基亚体育广场举行了独立庆典。文莱苏丹、政府高级官员和各界群众代表以及来自全世界71个国家的元首、政府首脑或特使的外国来宾4 500人，共3万余人参加了庆典。文莱政府还把2月23日定为文莱的国庆节。至此，文莱彻底独立，英国在文莱长达96年的殖民统治宣告彻底结束，文莱开启了新的历史征程。
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