19世纪中期的清朝，朝政日益腐败，各种隐藏的矛盾不断显现出来，化为各种各样的起义。太平天国、捻军，这些比较大的起义力量，带动了更多大大小小的武装暴动，层出不穷。同治元年，公元1862年，陕西回民起义，甘肃回民迅速跟进，范围囊括陕甘大部分地区。而且时间长达12年，史称同治回乱。

当时的陕甘总督杨岳斌对此一筹莫展，清廷遂派闽浙总督左宗棠任陕甘总督，掌平乱事。这时的回民起义，有三大军事中心，分别是马化龙为首的金积堡军事中心；马占鳌为首的河州军事中心；马文禄为首的肃州军事中心。左宗棠经过研究，决定以金积堡军事中心为突破口。

1868年11月，左宗棠分三路兵马，直指金积堡。

一开始回民起义军拼死抵抗，挡住了清军的进攻。但由于缺乏统一有效的领导和指挥，各自为战，给了清军各个击破的机会。回民起义军一路后退，向金积堡集中。随着战事日久，回民起义军的粮食、武器等都渐渐供应不上，人心开始涣散，叛逃不时出现。1870年12月31日，又有陈林率部叛逃。几天后，首领马化龙自缚投降，金积堡之战结束。

这次战役是左宗棠西北平叛的转折性战役，为后来的彻底平定西北奠定了基础。