《侏罗纪世界2》的时间点设置在侏罗纪世界主题公园及豪华度假村被失控的恐龙们摧毁四年后,纳布拉尔岛已经被人类遗弃,岛上幸存的恐龙们在丛林中自给自足。当岛上的休眠火山开始活跃以后,欧文与克莱尔想要保护岛上幸存的恐龙们免于灭绝 。下面是主要剧情。

侏罗纪世界乐园出事三年后,一伙人来到废弃的纳布拉尔岛上,从水下割取一块暴虐霸王龙的骨骼样本以获得DNA。过程中,队伍受霸王龙和海中沧龙的袭击,虽然失去了三人,但撤退前还是成功获取了样本。这时岛上火山即将爆发,岛上的恐龙将再次面临灭顶之灾。美国参议院举行听证会来决定是否要拯救岛上恐龙。

前乐园主管克莱尔成立了保护恐龙组织,以拯救岛上的恐龙。当参议院宣布不会做出拯救行动时,克莱尔接到了前乐园创始人本杰明爵士的电话邀请,来到爵士的庄园时,爵士表示他有意将所有恐龙移送至一座全新岛屿,让恐龙得以继续生存。由爵士助手米尔斯来负责运作,米尔斯表示需克莱尔一起上岛,来帮忙登录所有恐龙体内的追踪系统。还特别交代了一定要将岛上仅存的迅猛龙“布鲁”捕获。

克莱尔说服将布鲁养大的前男友欧文,一同回到岛上,同行的包括技术员富兰克林和古生物兽医琪雅。到达岛上后,四人跟着负责保卫工作的佣兵威特利到了岛上深处,此刻看到岛上一片废墟欧文也是感触良多。

克莱尔到达控制中心后,重新启动了定位系统,确定了布鲁的信号,他们驱车来到了丛林,欧文找到布鲁刚要接触时,威特利马上用麻醉枪攻击了布鲁,但药效没有立即发挥,布鲁就攻击了一个佣兵,被佣兵开枪所伤,欧文想跟威特利算账,被威特利麻醉枪一枪击中。威特利以琪雅生命为要挟,要求她治疗布鲁,但独自扔下了欧文在丛林中。

还在麻醉中的欧文动弹不得,一只三角龙从此经过,舔了欧文一脸口水,正好给他清醒清醒。这时,岛上火山开始爆发,岩浆到了欧文身边,欧文挣扎的起来后,找到一同被扔下的克莱尔和富兰克林,逃亡至海边,恐龙们也是疯狂逃窜跳入到海中。

威特利把有价值的恐龙,纷纷装入了运输船,还拔了一只恐龙的牙齿,做为纪念。佣兵们全部进入了运输船,欧文他们趁着船门没关,开着卡车急速的登上了运输船。望着岛上滚滚浓烟,一头巨大的雷龙,消失在了浓烟中,听到它的惨叫声,真是莫名的伤感。

在庄园里,爵士的外孙女梅西见到米尔斯跟一位拍卖师见面,得知他们计划将所有捕获的恐龙以高价卖到世界各地。而且由上部电影中的,吴博士利用基因工程哺育出全新肉食恐龙“暴虐迅猛龙”。梅西把此事告诉了爵士,爵士有点半信半疑,表示自己会查清楚。

在运输船上,欧文他们找到在车帐篷里,治疗布鲁的琪雅,为了救活失血过多的布鲁,冒险抽取霸王龙的一部分血液,过程中弄醒了霸王龙,差点成了它的盘中餐。好在有惊无险的拿到了血袋。回到车里给布鲁输了血,取出了子弹。

庄园这边,梅西潜到地下实验室时,吴博士正向米尔斯抱怨,带回死的布鲁一文不值。因为布鲁DNA只是一部分,关键是布鲁经过驯化,它的动物行为将成为新一代恐龙开始。梅西为了躲避他们时,在黑暗的角落,暴虐迅猛龙伸出了长长的手指,撩了她一下头发。吓得梅西惊叫连连,被米尔斯所发现,关了禁闭。

此时运输船抵达庄园附近的码头,开始将所有恐龙送入仓库。梅西将事情透漏给爵士后,爵士本想劝说米尔斯去自首,却被利益熏心的米尔斯用枕头窒息杀害。

跟随车队的欧文和布莱尔本想去报警,不慎被威特利所发现,被关入了铁笼。然而,欧文通过挑衅关在隔壁的冥河龙,打破了铁笼。正好遇到了从房子里逃出来的梅西,将其带至拍卖场上方。世界各地前来购买恐龙的富豪们,正在进行的拍卖。首次面世的暴虐迅猛龙出现了。此龙经过改造,只要通过红外线,按下声音按钮就会攻击目标。

欧文随后诱使冥河龙跑进拍卖现场大肆破坏,冥河龙横冲直撞使大部分富豪落荒而逃。

威利特进入拍卖场用麻醉枪制伏暴虐迅猛龙,本想拔下它的一颗牙留作纪念,却被不怕镇静剂的暴虐迅猛龙当场咬断手后撕碎而死。暴虐迅猛龙随即逃出了笼子。

在实验室,吴博士准备采取布鲁的血样后逃离,被富兰克林用镇静剂所麻醉,随即放出了布鲁。佣兵赶来制服布鲁时,不小心开枪打穿了氰化氢的罐子。

此刻欧文三人逃到了标本室,躲在三角龙骨架下,被暴虐迅猛龙发觉。被逼至屋顶时,布鲁出现了,纵身一跳与暴虐迅猛龙一起从天窗掉了下去,暴虐迅猛龙被三角龙头骨刺穿而死。而布鲁因体型较小,躲了过去。

这时,实验室发生爆炸导致内部的氰化氢气体泄漏,即将毒死所有被关押的恐龙,克莱尔刚要按下闸门按钮,被欧文所劝告:现在不在岛上,一旦释放恐龙逃离,将会造成不可挽回的地步。克莱尔为难了,却被梅西开启了闸门,她认为这些恐龙和她一样是“生命”的,必须让它们回归自由。

这边米尔斯刚想带走骨骼样本,就被刚逃出来的霸王龙和一只食肉牛龙撕成两半,骨骼样本也被霸王龙踩碎。欧文等人走出庄园后再次遇见布鲁,而布鲁拒绝跟欧文一起,跟其他同类离开了。

所有幸存的恐龙开始从荒郊野外奔至人类社会。侏罗纪世界将从此刚刚开始。。。。