南京明故宫于1366年开始兴建，此时的朱元璋是以吴王身份修建新宫。两年后，朱元璋称帝，开始了大规模的建设，于1392年建成了占地面积达101万平方米的明故宫，前后历经26年。如今的南京明故宫仅存城门与残柱，那么南京故宫为何没有保存下来？

明英宗正统十四年（1449），天降雷雨，南京皇宫的谨身、华盖等殿被雷电所击中，引起大火，很多宫殿被烧毁。明宪宗成化二十一年（1485），南京突然刮起大风，刮倒了皇宫内的很多大树，倒掉的大树又压垮了大祀殿及皇城各门的兽吻。对于南京皇宫的这些损毁，英宗和宪宗的态度就是不管，随它的便。

清军入关以后，对明朝进行了大规模的清扫，其中就包括古都南京。当时清朝统治者为了加强南方的统治，特意在南方驻扎了大量的军队，并将军队的驻地设置在那时候的明朝旧都，要知道此时的南京故宫因为没有及时修缮已经非常破败了，加上清军的肆意破坏就更加所剩无几。清朝晚期以后，太平天国建立，先是在南京烧杀抢掠，后来天王又给自己建造新的宫殿，把明故宫能用的东西都拆卸的差不多。

今天的中都凤阳皇城最起码还有城墙、门、护城河、基址、丰富的遗址遗迹，而南京城的明故宫在解放后，又经历了大拆大建，现在明故宫遗址全被现代化建筑覆盖，仅剩几个门，几个石敦子、片瓦啥的，所以到今天明故宫现状连中都凤阳都不如，80的年代以后明故宫保护才被正视，但保护工作已越来越困难重重。