道教是多神教，崇奉的神灵很多，天神、地祇、人鬼无所不包。后世道教尊奉的最高神是三清，这是在长期历史发展变化过程中逐渐形成并定格的。

东汉时期道教出世，三张五斗米道尊奉天、地、水三官神。信道者有病须“叩头思过”；神职人员可为病人沟通，向三官神祷告请罪。这种三官神信仰带有很浓的原始自然崇拜色彩。进入魏晋以后，道教各派都假托神的名义撰造经书，所奉的尊神显得十分混乱。

南方葛洪不以老子崇拜为然，他结合荆楚地区有关盘古开天辟地神话及崇拜习俗，推出一位将天地万物始祖与道教始祖合二为一的尊神——元始天王： 昔……天地日月未具，状如鸡子，混沌玄黄。已有盘古真人，天地之精，自号元始天王，游乎其中。并将中国古史传说中的三皇五帝也都纳入这一道教创世神话之中。

北方寇谦之改革旧天师道，却是利用其对老子的信仰，对老子的崇拜，至少从汉代已经开始。东汉边韶《老子铭》说：“老子离合乎混沌之气，与三光为终始”，“道成身化，蝉蜕渡世”。并说老子自从伏羲神农以来，各个朝代都要改变形貌，来到这个世界“为圣者作师”。

五斗米道虽然并未留下奉老子为教主的明确记载，但《老子想尔注》中说：“一散形为气，聚形为太上老君”，并奉《老子》为教内诵习的主要经典，可见其地位之高。寇谦之的时代，至少在北方大地，老子已被奉为道教教祖是毫无疑问的。《魏书·释老志》就说，道教出于老子。老子先天地而生，之后才有世界万物的形成。老子既是上天诸帝的宗主，也是各路神仙的领袖。

到了梁陶弘景，道教各派神仙开始被整合成一个有层阶秩序的系统。《真灵位业图》前四个阶层居中位的尊神依次是“玉清虚皇道君，应号元始天尊”；“上清高圣太上玉晨玄皇大道君”，后来叫作上清灵宝天尊；“太极金阙帝君，姓李”以及“太清太上老君”。到了后来，玉清元始天尊、上清灵宝天尊和太清道德天尊的说法逐渐固定下来。

宋代朱熹认为，道教三清“盖效释氏‘三身’而为之耳”（《朱子语类·论道教》）。佛教有一佛显三身的说法，道教有一气化三清的说法，还有说三清都是元始天尊的化身的。道教三清尊神崇拜的形成，其中有佛教的影响，也与天师道旧来的所谓“玄、元、始”三气化为三清天的说法有关。

唐代皇帝奉老子为自家祖宗，道教因老子而兴盛。这种一而三，三而一的关于三清的说法，大为流行。三清神自此也就定格，成为道教至上神。

宋代特别崇奉的玉皇大帝，本来属于位置在三清之下的四位天帝（又叫四御）之一。玉皇大帝全称是“昊天金阙无上至尊自然妙有弥罗至真玉皇大帝”，也叫“玄穹高上玉皇大帝”。

宋代皇帝说自己的始祖是赵玄朗，他是道教教主，玉皇大帝也受到高规格待遇。对玉皇大帝的尊崇和普遍祭祀，造成了广泛而又久远的社会影响。宋代统治者撰造的赵姓道教教主，随着宋王朝的灭亡，没有在道教中保住其地位。但玉皇大帝却被当成了天上的皇帝。

后世道教中，太上老君位置是在玉皇大帝之上的。反映在道教宫观建筑配置上，三清殿必在四御之上。另外，道观供奉三清神像，通常元始天尊居中，手指间有一圆球，据说它象征天地未开、万物元始时的混沌情状。也是宇宙的第一代无极状态。