首先，丞相制度到了明代初年的时候，本身已经进入了发展末期阶段，朱元璋废除丞相制度，倒也是符合这种历史趋势。从汉武帝时代开始，丞相的权力就开始不断削弱。

在汉武帝以前，非特殊原因，不能废丞相。而汉武帝时期，丞相变更频繁，丞相的权威已经不复存在。东汉的时候，将官员分为内外朝，丞相统领外朝官员，尚书台成为权力中枢。

到了隋唐时期，设立三省六部，三省最高长官以政事堂的身份，有人称之为集体宰相制度。宋代的时候，在丞相之下，设立参知政事等多个副职，分割相权。

明代早期的时候，官制大体上延续元代体制，同时略加修改。朱元璋本身很强势，丞相的权力其实并不大。

朱元璋废除丞相，直接原因是当时的李善长和胡惟庸等人争权夺利，因此触怒了他。根本原因在于，朱元璋希望加强中央集权，进一步强化皇帝权威。因此废除丞相制度，有一定的历史合理性。

其次，强化中央集权总体上来说是符合历史发展趋势的。但在中国传统社会的晚期，却又不得不以强化皇帝权力的方式来实现。这就带来了一系列负面影响。

具体来说，权力高度集中在皇帝一个人身上，则皇帝本人的个人能力，对于国家运作就会产生巨大影响。当皇帝没有能力驾驭官僚机构的时候，就必然会出现形式上不是宰相，但事实上长掌握宰相权力的人。在形式上废除宰相制度，并不能真正保障皇帝权力。

最后，最主要的负面影响在于，皇帝不得不以个人身份直接对抗整个官僚阶层。在明代的时候，皇帝把宦官视为政治帮手，就形成了宦官外臣之间的权力制衡关系。这就导致了宦官专权的现象。

清代的时候，由于独特的少数民族政权身份，所以八旗贵族成了皇帝最可靠的权力帮手。在这种情况下，形成了一个社会特权阶层，虽然不是宦官专权，但同样有恶劣的社会影响。