盗墓者自古以来就十分猖獗，古墓抢劫犯在历史上也曾参观过许多名墓，即使在近代，盗墓者也不断出现。

由于国家对考古工作的重视，这些古墓中的文物继续被欣赏，越来越多的人开始参与古董生意，有些人甚至忽视了各种禁忌来盗取古人的陵墓，盗取文物来出售。

他们偷了文物，卖给了西方商人，导致大量文物外流。

当时，几乎所有明清帝王陵墓都是盗墓人参观的，但在1998年底，考古学家用不先进的设备对明孝陵进行了实地考察。

认定明小陵没有得到古墓盗窃的赞助，拒绝了有关明晓陵被盗的民间传言，这座陵墓也是当时为数不多的完整皇陵之一。很多人到了很陌生的地方，明小岭的地位是突出的，而且在规模上，位于南京的钟山，花了10万多人的时间，花了32年的时间，投入了大量的精力。

虽然当时南京没有被西方列强侵略，但在日本入侵中国期间，南京发生了大屠杀，占领南京期间，日军在南京进行了地毯搜索，甚至挖了三英尺寻宝。但正是在这样的情况下，明孝陵才得以完好无损。明代小陵之所以能在战争时期得到保存，与其建宫的方式是分不开的。

考古学家用严密的仪器测量了陵墓，发现宫殿的墓穴不是笔直的，而是蜿蜒曲折的。在古代，他们用来盗墓的工具根本找不到宫殿的入口。而整个墓穴的发掘也很奇怪，朱元璋在建造宫殿时，工匠要把山剪到腰间，在山的中间建宫殿，在封锁的宫殿里也放了一层光滑的鹅卵石，下面还有流沙。