广州医科大学，位于广东省广州市。是广东省直属重点大学。学校前身是1953年，由原广州市第一、二、三、四医士学校合并组建广州医士学校。1958年改名为广州医学院。1970年12月，更名为广州市医科学校。1973年6月，恢复广州医学院名称。2013年升级为广州医科大学。

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南方医科大学，位于广东省广州市。广东省属重点大学。学校前身是创建于1951年的中国人民解放军东北军区军医学校。学校1979年被确定为全国重点大学。2004年8月由军队整体移交广东省，更名为南方医科大学。

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南方医科大学和广州医科大学虽然目前同在广州市，但发展经历并不相同。南方医科大学原来是一所军医大学，而且有着优良的传统和多项“红色”基因，曾经参加抗美援朝，实力绝对不容小窥。而广州医科大学是由多所中专合并组建而成，无论是教学班底，还是教研实力，都要比南方医科大学相差甚远。虽然南方医科大学经过多次搬迁，但整体实力依旧不俗，早在1979年就被评为全国重点大学，这些是广州医科大学不能比拟的。

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根据教育部近期学科评估来看，南方医科大学7个B类学科，2个C类学科，最高评级为B+级，基础医学、公共卫生与预防医学、中西医结合；广州医科大学有1个B类学科，4个C类学科，其中最高评级为B-级，临床医学。

综合来看，南方医科大学的实力完胜广州医科大学。