海兰泡位于我国黑龙江左岸、精奇里江右岸两江汇合处，原是我国的一个村庄，1858年，沙俄东西伯利亚总督尼古拉·尼古拉耶维奇·穆拉维约夫与清朝黑龙江将军奕山签订了不平等的《瑷珲条约》，强行将海兰泡占领，并改名为布拉戈维申斯克，后来成为阿穆尔省的首府，至1900年，海兰泡有居民大约4万多人，居住在城内的中国人主要从事商业，其中有大商号近240家，小商号更是无数，此外还有大量的流动雇工、小商贩和手工业者，在郊区也住着很多的我国农民，中国侨民总计有1.5万左右人。

1900年6月初，沙俄总参谋长借口东北地区搞义和团运动，电令滨阿穆尔省总督戈罗戴科夫“密切监视”边境地区，为制止义和团运动的蔓延应采取“相应的措施”，23日，沙皇尼古拉二世宣布阿穆尔军区进入战争状态，25日，阿穆尔军区和西伯利亚军区同时实行军事动员，27日，这两个军区分别征召了16800人和9500人入伍，并在短时间内完成了军事总动员。

7月9日，沙皇命令两路俄军分别在伯力和双城子集结，待命进攻哈尔滨和牡丹江，15日，前往支援待命进攻哈尔滨的俄军两艘俄轮“米哈依尔号”与“色楞格号”驶入瑷珲江面，清朝瑷珲驻军“飞渡往阻”，“色楞格号”首先开炮射击，中国军队奋起还击，击伤“色楞格号”，重创“米哈依尔号”，击毙击伤俄官兵五人，沙俄阿穆尔省省长格里布斯基率骑步炮兵赶到瑷珲对岸的俄军哨所，炮击瑷珲城，黑河屯驻军以为俄军发起全面进攻，也开炮回击。

“黑龙江事件”发生后，海兰泡城内外笼罩着恐怖的气氛，沙俄迫害华人的事件有增无减，中国居民代表向格里布斯基请示城里的中国人是否需要撤离时，他欺骗代表说，中国人“可以不用担忧地留居原地”，随后他下令禁止中国人渡江，并扣留了全部渡船，派骑兵冲散了准备渡江的人群。

7月16日，格里布斯基命令俄军一个不留地逮捕所有的中国人，疯狂的大搜捕开始了，全副武装的沙俄士兵闯进中国人的住宅和商店，不分男女老幼，一律逮捕押走，“就连怀抱的婴儿也被强行拉了出来”，其中有1500多中国人逃到城外躲藏起来，最后也被俄兵搜出，稍有不从者就被刺刀活活捅死，活着的人“像关进兽栏子一样被赶进警察局”，仅不到一天的时间共搜捕了近3500人，警察局容纳不下，当晚又被押送到精奇里江边的一个锯木场里。

海兰泡大屠杀从1900年7月16日开始一直到21日，共夺去了5000多名中国人的生命，只有少数人游到对岸而得以逃生，据清朝东北地方当局的估计，仅江东六十四屯的人民“所遗房产、牲畜、粮食、犁具及资财器物，估计约值五六十万卢布”，而另一种估计为三百余万两，据俄国人记载，“中国人居住区有几百间商店和仓库，其中有价值千百万卢布的贵重物品”，沙俄当局在大搜捕的同时，还对中国人的商店和住宅全部封查加岗，被捕者遭到搜身，就连溺尸都被捞起来搜查，据估计，中国商人、雇工、农民、工匠等各类人员所损失的货物、现金、房产、家私、粮食等不下于一百万卢布，再加上六十四屯中国居民的损失，总共约为二百五六十万卢布。