在不适宜的温度、水分条件下贮藏，油菜籽容易出现结块、霉变现象。油菜籽发热霉变后，对出油率会有不同程度的影响：籽粒表面有白霉点，擦去霉点皮色正常的或皮色变白，肉色保持淡黄的，不影响出油率；皮色变白，肉质变红，有腐酸味的，出油率下降；结块，有酒味的，严重影响出油率；皮壳破烂，肉质成白粉状的，则不出油。

(1)温度。具有生命力的油菜籽与一切生命有机体一样，随时都在呼吸。呼吸时，要消耗本身的有机物质，呼吸作用愈强，有机物质的消耗愈大，其结果使油菜籽品质下降。若能将油菜籽的呼吸控制在极其微弱的范围内，既能维持基本的生命机能，保持其正常机体不受病菌侵害，又能将其消耗降至最低限度，使油菜籽处于休眠状态，从而达到改善贮藏条件、保持油菜籽的品质的效果。温度的高低，对种子呼吸强度和生命力有直接影响。在低温情况下，呼吸作用十分微弱，有利菜籽的安全贮藏。在良好的通气条件下，高温会使种子呼吸作用加快，有机物质消耗增多。大堆存放时，由于呼吸作用产生大量的热量，堆内极易发热，最高温度可达到70~80℃。且当温度升高到30~35℃时，虫害和螨类的影响加剧，从而减少储藏中种子的耐储存时间。

(2)水分。油菜种皮较薄，组织疏松，且籽粒细小，表面积大，在入库及仓储过程中极易吸水潮解，影响种子质量。种子水分越高，种子被破坏的可能性则越大。当水分超过8%~9%时，少数干生霉菌就会发生繁殖，逐渐造成种子霉变。如果把含水量为7%~8%的油菜籽堆放在密封条件不好的仓库内，在湿度较高的情况下，油菜籽的含水量只需7~8小时就会升到19%左右。实践证明，如果油菜籽含水量在13%以上时，可在一夜之间全部霉变，籽粒表面变成灰白，温度能突升10℃以上，但开始并无明显现象。因此，及时检查库存油菜籽的水分状况至为重要。因此，在正常的收获条件下，当种子水分含量超过10%时，每隔1~2周就要干燥种子，以避免受到损害。